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  1. #1
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    Par défaut expressions regulieres en perl

    Bonjour,

    je veux parse un fichier csv ou les champs sont separer par \t avec les expressions regulieres, mais j'ai un probleme avec un champs.

    Voila un exemple de ligne que jèai dans mon fichier:


    AAGASWIQFDEPLLVMDLDSHK 3 AAGASWIQFDEPLLVM[Oxidation (M)]DLDSHK 0 0

    AAFDEAEK 2 0 0 0

    je parse comme suite:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    while (<F>){
    		if ($_ =~/^(\w+)\t(\d+)\t(\w+)\t(\d+)\t*/){
    		$sequence = "$1";
    		$charge = "$2";
    		$modification = "$3";
     
    		print OUT "$sequence\t$charge\t$modification\n";
    	}
    }
    Mon probleme c'est que j'arrive pas à recupere jute le champs modification, car ce champs parfois j'ai un truc comme cela :
    AAGASWIQFDEPLLVM[Oxidation (M)]DLDS
    parfois
    AAGASWIQFDEPLLVM
    et parfois j'ai rien

  2. #2
    Membre émérite Avatar de Gardyen
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    Par défaut

    ce n'est pas plus simple d'utiliser split ?
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    while (<IN>){
    	chomp;
    	my ($sequence, $charge, $modification) = split /\t/;
    	print "$sequence\t$charge\t$modification\n";
    }
    avec juste un test sur l'une des valeurs si besoin est
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

  3. #3
    Membre régulier Avatar de elvivo
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    Par défaut

    Sinon pour repondre a la question initiale, ta regex matche le 3e champ par \t(\w+)\t, or dans ton example, AAGASWIQFDEPLLVM[Oxidation (M)]DLDSHK ne contient pas que des \w. Il y a les [] et les () qui empeche la regex de fonctionner.

    Mais je suis d'accord avec Gardyen. Un split sera plus simple si tu es certain que les champs ne peuvent pas contenir le separateur.
    In code we trust !!

  4. #4
    Candidat au titre de Membre du Club
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    Par défaut

    Oui C plus simple!!!

    Merci

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