recuperer le meilleur hit d'un blast [Résolu]

karaudrey88 · 03/12/2012, 16h25

Bonjour,
J'ai plusieurs fichiers blast et j'aimerais savoir comment peut-on garder les informations essentielles, dans mon cas cela correspondrait a ne conserver que les informations du meilleur hit. Quelqu'un pourrait il m'aider? Merci

Gardyen · 04/12/2012, 11h24

Si je me souviens bien, les hits sont déjà classés en ordre décroissant de score/e value, il te suffit donc de ne prendre que le premier résultat. Regarde le module Bio::SearchIO si tu n'as pas encore de parser BLAST

karaudrey88 · 05/12/2012, 13h56

ok merci

03/12/2012, 16h25	#1
karaudrey88 Nouveau Membre du Club Étudiant Inscription : mars 2012 Messages : 63 Détails du profil Informations personnelles : Sexe : Localisation : France Informations professionnelles : Activité : Étudiant Secteur : Service public Informations forums : Inscription : mars 2012 Messages : 63 Points : 29 Points : 29	recuperer le meilleur hit d'un blast Bonjour, J'ai plusieurs fichiers blast et j'aimerais savoir comment peut-on garder les informations essentielles, dans mon cas cela correspondrait a ne conserver que les informations du meilleur hit. Quelqu'un pourrait il m'aider? Merci
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04/12/2012, 11h24	#2
Gardyen Membre chevronné Inscription : août 2005 Messages : 502 Détails du profil Informations personnelles : Âge : 33 Localisation : France Informations forums : Inscription : août 2005 Messages : 502 Points : 685 Points : 685	Si je me souviens bien, les hits sont déjà classés en ordre décroissant de score/e value, il te suffit donc de ne prendre que le premier résultat. Regarde le module Bio::SearchIO si tu n'as pas encore de parser BLAST __________________ Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro. Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes
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05/12/2012, 13h56	#3
karaudrey88 Nouveau Membre du Club Étudiant Inscription : mars 2012 Messages : 63 Détails du profil Informations personnelles : Sexe : Localisation : France Informations professionnelles : Activité : Étudiant Secteur : Service public Informations forums : Inscription : mars 2012 Messages : 63 Points : 29 Points : 29	re ok merci
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