Discussion :

[tirex92]

Bonjour à tous,

je suis totalement débutant avec Image J, et malgré mes recherches je ne trouve pas l'outil adapté pour détecter et compter des spermatozoïdes d'insectes (fines lignes noires) sur une photo de lame prise sous microscope.
J'ai essayé de retoucher un peu l'image (Threshold Colour) pour faire ressortir les lignes noires car j'ai pas mal de bruits. Puis j'ai essayé le plugin Cell Counter, sans vraiment avoir trouvé comment cela fonctionnait malgré le tutoriel. En fait, je n'ai pas bien compris où trouver les marqueurs à charger. Un marqueur de type "ligne" serait bien sûr pratique.

J'aimerais donc bénéficier de vos précieux conseils pour arriver à mes fins !
L'idéal serait en plus de pouvoir traiter mes photos par lots.
Je vous joins une photo.

Merci d'avance !!

[ToTo13]

Bonjour,
tout d'abord c'est plus un problème de faisabilité que d'ImageJ, donc la question va être déplacée.

Il n'y a pas de plugin tout fait en ImageJ pour ce que tu recherches, il va falloir le faire toi même.

Au niveau méthodologie, je commencerai par transformer mon image en niveaux de gris.
Puis, comme tu veux les structures sombres, je ferai un Top-Hat (morphologie mathématique) pour ne garder que celles-là.
Après j'utiliserai un détecteur de ligne tel que Hough car tout tes candidats ont une structure bien droite.

Je pense que les ouvertures/fermetures par longueur de chemin développées par Vincent Morard dans sa thèse pourraient parfaitement s'adapter dans ton problème. En revanche, je doute qu'il existe une librairie en ligne qui développe ces concepts.

[tirex92]

Merci beaucoup pour la réponse !

Le travail de l'image est désormais bien meilleure que ce que j'ai pu obtenir auparavant (voir en PJ).
Par contre, je bloque toujours avec l'utilisation du plugin Hough Transform (GHT). C'est bien celui-la qu'il fallait installer ?

Est-ce que je pourrais avoir de l'aide pour comprendre comment l'utiliser svp ?

Merci !

Concernant la fabrication d'un plugin c'est malheureusement bien au-dessus de mes compétences, même si j'aimerais vraiment pouvoir le faire par moi-même.

Merci d'avance pour votre aide

[ToTo13]

Par contre, je bloque toujours avec l'utilisation du plugin Hough Transform (GHT). C'est bien celui-la qu'il fallait installer ?
Est-ce que je pourrais avoir de l'aide pour comprendre comment l'utiliser svp ?

Jamais eu à l'utiliser :s.
Par contre tu pourrais peut être essayer l'applet faite par PseudoCode.
Peut être en a t-il une pour ImageJ ?


Comme tu as déjà un bon résultat facilement exploitable, une autre solution pourrait être :
- seuillage binaire pour isoler les différentes composantes
- séparation des composantes
- caractéristiques basiques (il me semble qu'un plugin propose des indices de type "roundness") ou alors séparation par la taille des composantes.

[pseudocode]

Jamais eu à l'utiliser :s.
Par contre tu pourrais peut être essayer l'applet faite par PseudoCode.
Peut être en a t-il une pour ImageJ ?

Non, je ne l'ai pas porté pour ImageJ.

Et je suis d'accord avec toi: l'image est suffisamment propre pour trouver les composantes. Un filtre dans le style de Canny permet facilement d'isoler les "fils" qu'on voit sur l'image.

[tirex92]

Merci beaucoup pour vos réponses ! A chaque post, j'avance à grands pas !

J'ai essayé de faire une analyse de particules après avoir transformé l'image par un Adjust / Threshold (apparemment nécessaire pour lancer la détection) et configuré l'analyse pour ne détecter les items qu'à partir de 200px.
Il me détecte les 5 cellules de mon image, en les numérotant sur une copie d'image qui plus est !! C'est nickel.
Par contre, j'ai voulu lancé d'autres analyses en changeant un peu les configurations, et impossible d'avoir à nouveau l'image avec les items détectés numérotés. C'est pourtant essentiel pour que je puisse vérifier qu'il a comptabilisé les bonnes choses. Sauriez-vous comment faire ??

Je n'ai pas (encore) trouvé le plugin pour le filtre de Canny.
Concernant l'applet de Pseudocode, j'ai essayé mais il me trace plus de lignes que d'items.
Enfin, j'avoue que j'ai un peu de mal à retrouver les fonctions dans ImageJ pour les filtres à appliquer ("seuillage binaire", "séparation des composantes").

Si j'arrive à faire re-apparaître l'image numérotée, est-ce que vous pensez que ce serait possible de configurer un traitement par lot (filtres puis Analyze Particles) pour traiter toutes mes photos d'un coup ?

Merci beaucoup de votre aide !

[ToTo13]

Tu peux faire des scripts avec ImageJ pour automatiser tes traitements.

Ajuster des paramètres sur une image est généralement gage d'échec sur les autres.
Il faudrait nous montrer plusieurs images afin que l'on puisse juger de la variabilité et proposer des solutions pour la contourner.

[tirex92]

Bonjour,

merci pour vos conseils.
Je viens de réaliser une nouvelle série de photos pour mesurer l'ampleur des dégâts ... euh, pardon, de la variation.
Et malheureusement, c'est très variable car j'ai beaucoup d'autres items sur mes lames (issus de mes dissections) qu'il m'est impossible de limiter au préalable.
J'ai testé pas mal de configurations de comptage sous ImageJ, selon vos conseils, et bien que les valeurs ne sont pas abberrantes, elles sont loin d'être satisfaisantes pour me lancer dans un traitement par lots.
Il me faudrait en fait un outil qui détecte les pixels de même couleur (dans mon cas noir ou blanc selon la correction utilisée), contigüs et dont je puisse fixer le seuil minimal de nombre de pixels.
Mais même dans ce cas, j'ai parfois des cellules qui se chevauchent, se croisent, s'entortillent dans tous les sens. Bref, ca me parait compliqué, du moins à mes yeux de novice sous ImageJ.

Merci encore de votre aide précieuse,

Rémi

[ToTo13]

Pour les croisements, il faudrait que l'on ait une image. Sans, j'aurai tendance à dire qu'il faudrait faire un squelette, suivi d'une détection d'intersection, puis une sorte de carte de cohérence (détection la direction principale en chaque point afin de remettre les morceaux de segments ensembles).

Pour isoler les composantes, tu peux déjà faire un seuillage, inverser l'image si nécessaire (afin de toujours travailler en noir ou blanc) et enfin un étiquetage des composantes connexes.

[tirex92]

Bonjour,

merci pour ta réponse et désolé pour les délais de la mienne.
Comme je le disais au début de mon post, je débute avec ImageJ et j'avoue que je suis pour l'instant incapable de trouver les fonctions de "squelette", "détection d'intersection" etc. sous ImageJ.
Si tu peux m'aider à trouver ces fonctions, je serais très intéressé pour les tester.
Je poste 5 photos que j'ai prises en contraste de phase pour te montrer l'ampleur de la tâche ...

Merci d'avance !

Rémi

PS: j'ai compressé les photos pour les poster sur le forum

[ToTo13]

Pour le squelette, il doit y avoir un plugin additionnel qui fait cela.
Pour les intersections et la carte de cohérence, j'ai peur qu'il faille le programmer toi même.