Discussion :

[anoir19]

Bonjour,

J'ai un petit problème

Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i=1;i<=90;i++){
int higher =303;
int random = (int)lower + (int)(Math.random() * ((higher- lower) + 1));
//int random = (int)(Math.random() * (higher-lower)+lower) ;
//zero[i] =AlphabetManager.createSymbol(String.valueOf(random), Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
zero[i] =AlphabetManager.createSymbol(String.valueOf(r.nextInt(303)), Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
System.out.print("outing"+zero.length);
symbols.add(zero[i]);
}
 
for(i=1;i<=90;i++){
 e1 = new Edit(org[i], 0, DNATools.createDNA("-"));
    sy1.edit(e1);
}

lorsque je lance l'exécution parfois il renvoie cette exception

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException
at org.biojava.bio.symbol.SimpleSymbolList.edit(SimpleSymbolList.java:323)

et parfois il continue parfaitement, j'aimerais bien savoir pourquoi des fois il affiche cette exception ?

Merci d'avance pour votre aide.

[Gardyen]

en consultant la doc biojava, on voit que la méthode edit peut lancer une IndexOutOfBoundsException:

IndexOutOfBoundsException - if the edit does not lie within the SymbolList

par conséquent ton random produit parfois un symbole qui ne fait partie de ton alphabet de départ ?
je ne vois pas vraiment ce que tu veux réaliser avec ce random, donc je ne peux être plus précis

[anoir19]

en consultant la doc biojava, on voit que la méthode edit peut lancer une IndexOutOfBoundsException:

par conséquent ton random produit parfois un symbole qui ne fait partie de ton alphabet de départ ?
je ne vois pas vraiment ce que tu veux réaliser avec ce random, donc je ne peux être plus précis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i=1;i<=90;i++){
int higher =303;
int random = (int)lower + (int)(Math.random() * ((higher- lower) + 1));
org[i] =AlphabetManager.createSymbol(String.valueOf(r.nextInt(303)), Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
System.out.print("outing"+zero.length);
symbols.add(org[i]);
}
 
for(i=1;i<=90;i++){
 e1 = new Edit(org[i], 0, DNATools.createDNA("-"));
    sy1.edit(e1);
}

d'accord je vous explique je travail sur optimisation d'un alignement Multi-objectif j'ai un chromosome d'ADN d'une longueur bien définie
par exemple: ACTG------GCCT

et j'ai utilisé ces séquences ADN dans un algorithme génétique a la place de représenté toute la séquence je represente seulement les positions des gaps (-) dans le tableau org[i]
donc pour créer la population initiale il faut créer plusieurs chromosomes c'est de cette raison j'ai utilisé le rondom pour donner des positions aléatoires

puis je récupéré les positions et j’insère les gap dans la séquence .

comment résoudre cette exception ??

[sinok]

Pourquoi ne traites tu jamais la premier élément de tes tableaux.

Rappel, en java (et dans tous les autres langages), l'index des tableau commence à 0 et finit à 1.

De fait, un tableau de 90 cases aura des index allant de 0 à 89.

De fait tes boucles sont éminemment suspicieuses en commençant à 1.

[anoir19]

Pourquoi ne traites tu jamais la premier élément de tes tableaux.

Rappel, en java (et dans tous les autres langages), l'index des tableau commence à 0 et finit à 1.

De fait, un tableau de 90 cases aura des index allant de 0 à 89.

De fait tes boucles sont éminemment suspicieuses en commençant à 1.

je pense que c'est pas ça le problème commencer de 1 à90 ou de 0à 89 ou de 2à 91 l'essentiel il faut pas dépassé la taille du tableau

[tchize_]

Justement, manifestement tu semble penser que pour un tableau de taille 90 on peux accéder à l'index 90, ce qui n'est pas le cas. Et visiblement tu édite des symboles "trop loin" dans les listes interne de ta librairie.

Pourquoi parfois exception aprfois pas? Ben je suppose que ça ne se produit que quand ton random sort la valeur 302