Discussion :

[Kevin.Rousseeuw]

Bonjour à tous,

Je souhaiterais travailler sur une matrice de distance ayant une taille de 200 000 * 200 000, sauf qu'il est impossible (apparemment) de la créer.
Existe-t-il des outils sous R permettant de gérer les grosses matrices?

Je vous remercie d'avance pour vos réponses.

Kévin Rousseeuw

[lilly74]

Bonsoir,

connaissez-vous le package bigmemory?

Il est disponible sur le site du CRAN ici

Je pense que des bio-informaticiens vous répondront plus précisément que moi

Bonne continuation!

[Kevin.Rousseeuw]

Bonjour,

Merci lilly74 pour votre package, je ne le connaissais pas.
J'ai fait quelques essais (non concluant pour le moment) mais je ne désespère pas.
Une partie de mon problème viendrait également de ma mémoire. J'ai fait un memory.limit(4095) mais j'ai toujours une mémoire insuffisante.
Je vous tiens au courant si cela se débloque.

Kévin Rousseeuw

[MMDM12]

Bonjour,
Je pense aussi qu'il existe un autre package "ff" qui traite des données volumineux.
Je ne l'ai pas essaye encore.
Mais de toute façon tu pourra toujours chercher des fonction R en faisant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

RSiteSearch("fonction")

sur ta console ou utiliser le moteur de recherche Rseek.

Bonne continuation

[Kevin.Rousseeuw]

Bonjour,

Merci MMDM12 pour votre package. En analysant ses fonctions je suis arrivé à la conclusion qu'aucune fonction ne pouvait régler mon problème. En effet, les fonction qui lui sont associées servent à utiliser les objets et non à les créer.
Je continue mes recherches et vous tient au courant si la situation se débloque.

Kévin Rousseeuw

[Kevin.Rousseeuw]

Bonjour à tous,

Après plusieurs essais, j'ai essayé d'augmenter la mémoire Ram que j'utilisais. Et ça marche !
Donc si vous voulez créer une matrice 200 000 * 200 000, il vous suffit d'avoir suffisamment de mémoire Ram. Personnellement, j'ai utilisé un serveur de mon laboratoire qui a une centaine de Go. Par contre, je ne connais pas la valeur minimale de mémoire à avoir pour la créer.

Voilà, passez tous une bonne journée et encore merci pour votre aide

Kévin Rousseeuw