Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,


Ma clé primaire est un nombre dont j'aimerais déduire 12 pour toutes les entrées de la table. UPDATE table SET ID = ID - 12

Quand je veux par contre ajouter 1, cela ne fonctionne plus car en commençant par le premier ID, il se retrouve avec des clé non unique. Par exemple, si mes ID sont 0, 1, 2 .... en voulant ajouter 1 à l'ID 0, il duplique la clé ID = 1.

Donc, cette requête fonctionne pour les soustractions mais pas les additions qui duplique les clés. Comment devrais-je faire si je voulais utiliser une addition?

J'espère que cela est clair




Merci pour votre aide,

[CinePhil]

On ne touche JAMAIS aux clés primaires !
C'est pour ça qu'on utilise des entiers auto-incrémentés.

Les exceptions :
- les clés primaires des tables associatives qui sont composées de clés étrangères, si la valeur de l'une des parties de l'association change par rapport aux autres. Exemple : si l'utilisateur 1 est possesseur de l'objet 12 et qu'il le donne à l'utilisateur 25, on change le possesseur de l'objet 12 dans la table associative.
- quand on remet une table à zéro après avoir testé son logiciel. On vide les tables et on remet les auto-incréments à zéro.

[Jasmine80]

je suis débutante désolée

... je n'ai qu'une base de données, avec une seule table composée d'une clé primaire simple et donc aucune relation. J'essaierai en vidant la table la prochaine fois, merci pour votre conseil.

[CinePhil]

Une seule table, ce n'est pas une base de données ! Tout au plus une feuille de tableur !

Utiliser un SGBD pour une seule table, c'est un peu comme acheter une Rolls pour aller chercher le pain au coin de la rue !

[Jasmine80]

Oui, je sais, j'ai hésité avec une feuille excel mais pour ma défense ...

1) je n'aime pas trop excel et les autres personnes du labo n'utilisent pas d'autres tableurs et sont contre le changement
2) quand il faut faire des requêtes complexes sur plusieurs champs, cela devient plus compliqué
3) dans le futur, on envisage la possibilité d'ajouter des tables
4) pour pouvoir partager les informations au sein de différents utilisateurs et de donner différents droits d'accès, je ne pense pas que cela soit faisable avec un fichier excel partagé

... pourquoi faire simple quand on peut faire compliqué, surtout qu'ainsi, j'apprends plein de choses.

[CinePhil]

Le princpe d'une BDD relationnelle est d'organiser les données de manière structurée en évitant au maximum les redondances d'informations et selon une logique sémantique.

Dans une feuille de tableur qui donne la liste par exemple des commandes reçues par l'entreprise, tu auras une colonne "Client" qui contiendra probablement plusieurs fois le même nom de client. Pour peu qu'au bout de la 124ème ligne, quelqu'un saisisse le client avec une autre orthographe, le jour où tu veux interroger les commandes par client, tu as des résultats faux.
En base de données, on crée une table client et une table commande puis on associe les deux via une clé étrangère dans la table commande qui référence l'identifiant du client. Le nom du client n'est écrit qu'une seule fois et l'interface utilisateur permet de sélectionner le client qui a passé la commande qu'on est en train d'enregistrer ou d'en créer un nouveau pour l'affecter à la commande.

Commence déjà par écrire les règles de gestion des données dont tu disposes et construit le modèle conceptuel de données. Ensuite, tu répartis les données de ta table unique dans les tables structurées de la base de données que tu auras créée.

Tu pourras nous proposer ton MCD dans le forum Schéma.

[Jasmine80]

Le princpe d'une BDD relationnelle est d'organiser les données de manière structurée en évitant au maximum les redondances d'informations et selon une logique sémantique.

Dans une feuille de tableur qui donne la liste par exemple des commandes reçues par l'entreprise, tu auras une colonne "Client" qui contiendra probablement plusieurs fois le même nom de client. Pour peu qu'au bout de la 124ème ligne, quelqu'un saisisse le client avec une autre orthographe, le jour où tu veux interroger les commandes par client, tu as des résultats faux.
En base de données, on crée une table client et une table commande puis on associe les deux via une clé étrangère dans la table commande qui référence l'identifiant du client. Le nom du client n'est écrit qu'une seule fois et l'interface utilisateur permet de sélectionner le client qui a passé la commande qu'on est en train d'enregistrer ou d'en créer un nouveau pour l'affecter à la commande.].

Merci pour tes conseils

Commence déjà par écrire les règles de gestion des données dont tu disposes et construit le modèle conceptuel de données. Ensuite, tu répartis les données de ta table unique dans les tables structurées de la base de données que tu auras créée.

Tu pourras nous proposer ton MCD dans le forum Schéma.

Ca me rappelle mes cours de master en bioinformatique, je vais m'y remettre, ça me fera le plus grand bien. Merci beaucoup pour ces liens et bonne fin de semaine.

[Jasmine80]

Bonjour CinePhil,



J'ai lu les 2 liens conseillés.

Le premier (Règle de gestion bien écrite => Modélisation des données facile) est très clair en théorie, il faut que je teste avec la pratique. Je vais peut-être me rendre compte que je n'ai pas si bien compris que cela.

Le point 5 du second lien (Petit guide d'analyse des données à l'aide de la méthode MERISE - 5. De la théorie à la pratique) est déjà trop complexe, mais je me dis que je vais commencer par créer le diagramme de classes. De plus, les outils m'aideront à passer du MCD au MPD ... c'est leur fonction, si j'ai bien compris.

Sous Windows 7, quel outils de modélisation me conseilles-tu? Il y a toute une liste dans le point 8.2. de ton second lien. Sur base de quels critères choisir?


Les personnes de mon laboratoire ont besoin d'informations faciles à visualiser et à interroger. Ils n'y connaissent rien en informatique. Je vais créer une base de données optimale, en suivant tes conseils, pour apprendre et m'améliorer. Néanmoins, si cela s'avère trop complexe et pas pratique pour être interrogé par des biologistes, je travaillerai avec un simple tableur ou ferai une DB mode 'bébé' avec une seule table. C'est peut-être absurde et pas optimale mais je regarde l'aspect pratique et la facilité de manipulation.




Merci beaucoup,

[CinePhil]

Le premier (Règle de gestion bien écrite => Modélisation des données facile) est très clair en théorie, il faut que je teste avec la pratique. Je vais peut-être me rendre compte que je n'ai pas si bien compris que cela.

Si tu as des difficultés,

Tu pourras nous proposer ton MCD dans le forum Schéma.

mais je me dis que je vais commencer par créer le diagramme de classes.

Ne pas confondre "Diagramme de classe" qui est dans le langage UML, et "Modèle Conceptuel de Données" (MCD) qui est dans la méthode Merise.
Le MCD est plus clair pour modéliser une base de données à mon avis.

De plus, les outils m'aideront à passer du MCD au MPD ... c'est leur fonction, si j'ai bien compris.

Oui.

Sous Windows 7, quel outils de modélisation me conseilles-tu? Il y a toute une liste dans le point 8.2. de ton second lien. Sur base de quels critères choisir?

L'article étant un peu ancien, peut-être qu'il y a des outils qui n'existentent plus et il en manque d'autres.
La star, c'est Power AMC. Win Design est pas mal utilisé aussi par les professionnels. Ce sont deux outils payants.

Du côté gratuit, Open Modelsphere est assez complet, même si pour certaines choses il faut chercher un peu. Dans le forum Schéma, fsmrel donne quelques manipulations dans certains de ses messages.

Les personnes de mon laboratoire ont besoin d'informations faciles à visualiser et à interroger.

Alors il faudra développer une interface graphique en plus de la base de données.

Je vais créer une base de données optimale, en suivant tes conseils, pour apprendre et m'améliorer. Néanmoins, si cela s'avère trop complexe et pas pratique pour être interrogé par des biologistes, je travaillerai avec un simple tableur

Les tableurs modernes peuvent interroger directement les bases de données maintenant je crois. Tu auras de l'aide dans le forum Excel pour ça, puisque c'est l'outil dont tes collègues ne semblent pas vouloir se séparer.

ou ferai une DB mode 'bébé' avec une seule table. C'est peut-être absurde et pas optimale mais je regarde l'aspect pratique et la facilité de manipulation.

Si j'ai bien compris, il s'agit d'une BDD bioinfo ? Tu vas sans doute avoir un gros volume de données. Un tableur ne pourra alors probablement pas l'absorber et une seule table entraînera probablement des performances qui se dégraderont avec l'augmentation du volume de données.

Avec une BDD bien structurée, on peut interroger sans problème des tables de plusieurs dizaines de millions de lignes.

Bon courage !



Merci beaucoup,[/QUOTE]

[Jasmine80]

Merci pour ta réponse si rapide, je vais installer Open Modelsphere.

C'est une mini BDD bioinfo, à peine 2000 entrées. C'est pourquoi le second B de DBB?

Je vais utiliser le MCD vu que tu me le conseilles, puis je posterai ma réponse.

Une interface graphique en php/html ou est-ce possible en Perl?

[CinePhil]

C'est pourquoi le second B de DBB?

Tu veux dire le second D de BDD ?

BDD = Base De Données.

[Jasmine80]

La base de données contient la liste des souches bactériennes que possède le laboratoire.


Définition des différentes entités et de leurs champs respectifs :


entité contenant toutes les références associées à l'entrée

Reference :
• Cle auto-incrémentée
• Référence Interne CTMA
• Référence Interne autre que celle du CTMA
• Référence Externe
• Accession


entité contenant les données biologiques servant à la classification de la souche

Classification :
• Genre
• Espèce
• Sous-espèce
• Autres : Variant, Type, Groupe


entité contenant les informations relatives à la souche stockée

Stock_informations :
• Autres formes existantes : Stock glycérol, culot sec,
• Souche de terrain ou référence
• Source


entité relative au stock d'ARN ou d'ADN contenant les informations de celui-ci

Stock_DNA_RNA
• Concentration en ng/µL
• Date (extraction ADN, réception, …)
• Notation tube-aliquot
• Local
• Congélateur
• Tiroir
• Boîte de rangement
• Case de la boîte de rangement



entité relative au stock glycérol contenant les informations de celui-ci (cette entité peut ne pas exister pour une entrée)

Stock_glycerol
• Date (extraction ADN, réception, …)
• Notation tube-aliquot
• Local
• Congélateur
• Tiroir
• Boîte de rangement
• Case de la boîte de rangement



entité contenant le nom du responsable de la souche

Manager
• Manager


entité contenant des informations complémentaires facultatives (cette entité peut ne pas exister pour une entrée)
Complementary_data
• Tests effectués confirmant l'identité
• Séquences (séquence unique ou format fasta possible *)
• Documentations liées
• Remarques



Cela te semble-t-il correct ... ça doit-être difficile sans connaitre entièrement le sujet, mais peut-être que ton oeil expert pourra me mettre en garde contre quelque chose.


Voici les informations des types des champs :



Uploaded with ImageShack.us



Merci beaucoup,

[Jasmine80]

J'essaie d'établir les relations et la cardinalité.

entité Référence 1:1 ... réfère ... 1:N entité Classification


Je n'ai évidemment qu'une référence (ID clé primaire) par entrée (souche bactérienne) dans la table. Et cette ID est obligatoire. Chaque entrée n'a qu'une seule classification. Chaque entité Référence réfère donc 1:1 entité Classification. Par contre, plusieurs entrées de la table peuvent avoir une classification parfaitement identique. Donc, de mêmes entités Classification (communes à plusieurs entrées) peuvent être référées par différentes entités Référence 1:N. J'essaie d'imaginer les ensembles, ça aide beaucoup.

Pensez vous que cela soit correct comme raisonnement?



Autre question : j'ai 7 entités, je suppose que je dois toutes les relier 2 à 2?



Merci.