1. #1
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    Par défaut installation du module Boulder::Blast

    Bonjour à tous,


    Pourriez-vous me dire dans quel repository trouvez-vous le module Boulder ... je voudrais l'installer via ppm mais je ne le trouve plus dans mes 2 repositories de bioperl



    d'avance merci,
    -- Jasmine --

  2. #2
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    Par défaut

    Fais cpan
    install Boulder.

  3. #3
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    Par défaut

    Bonjour Djibril et merci pour ton aide.

    J'ai un message comme quoi ce module n'est pas disponible sur cpan



    EDIT : pq le répertoire où s'est installé Perl par défaut s'appelle-t'il Perl164?
    -- Jasmine --

  4. #4
    Responsable Perl et Outils

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    Par défaut

    Par ce que tu doit être sous une machine 64 bits.

  5. #5
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    Par défaut

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    cpan
    install LDS/Boulder-1.30.tar.gz

  6. #6
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    Par défaut

    ... ça ne fonctionne pas


    http://imageshack.us/f/607/boulder.png/

    (on peut agrandir l'image en double cliquant dessus)


    ... le message est claire il semblerait manquer un compileur C, mais il n'arrive pas à installer Dmake et MinGW via ppm

    ... un problème de proxy


    merci
    -- Jasmine --

  7. #7
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    Par défaut

    Comment installer 'dmake' et 'MinGW gcc compiler' via ppm ... c'est ce que le message d'erreur me suggère.

    Merci.
    -- Jasmine --

  8. #8
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  9. #9
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    Par défaut

    Merci Philou, c'est ce dont j'avais besoin :

    Le site renseigné semble avoir été mis à jour car la capture d'écran ne correspond plus au lien, il y a maintenant 3 exécutables pouvant être téléchargés :

    PSDK-amd64.exe 1.3 MB Download
    PSDK-ia64.exe 1.4 MB Download
    PSDK-x86.exe 1.3 MB Download



    Lequel dois-je installer? En as-tu une idée?


    Merci beaucoup.
    -- Jasmine --

  10. #10
    Membre confirmé Avatar de Beniou
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    Par défaut

    Bonjour,

    La version dépend de ton processeur :
    - PSDK-amd64.exe => processeur intel ou amd 64 bits
    - PSDK-ia64.exe => processeur itanium 64 bits
    - PSDK-x86.exe => version 32 bits

    Si tu disposes d'un processeur 64 bits, je dirais qu'il y a 99% de chance que ce soit le premier que tu dois prendre, à savoir le PSDK-amd64.exe.

  11. #11
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    Par défaut

    Je dirais pareil que Beniou
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  12. #12
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    Par défaut

    Oui, merci, c'est un : Intel(R) Core(TM) i7-2600 CPU @ 3.40 GHz
    -- Jasmine --

  13. #13
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    Par défaut

    L'installation s'est bien passée

    Pourriez-vous m'aider pour cette étape, s'il vous plait? (provient du lien donné par Philou)
    Use the SetEnv.cmd script to set the PATH, LIB, and INCLUDE environment variables to the correct value for building ActivePerl extensions with this command:

    "C:\Program Files\Microsoft Platform SDK\SetEnv.Cmd" /XP64 /RETAIL

    1) où trouver le script SetEnv.cmd
    2) quelles sont les valeurs correctes à attribuer aux variables d'environnement : PATH, LIB, et INCLUDE
    3) la commande renseignée semble incomplète, c'est le chemin vers un répertoire ... pourriez-vous m'éclairer


    Merci beaucoup pour votre aide à tous les 2
    -- Jasmine --

  14. #14
    Rédacteur/Modérateur

    Avatar de Lolo78
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    Par défaut

    Je n'utilise pas Perl sous Windows, mais la commande à utiliser semble figurer dans ta question:

    "C:\Program Files\Microsoft Platform SDK\SetEnv.Cmd" /XP64 /RETAIL

  15. #15
    Responsable Perl et Outils

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    Par défaut

    Tout est pourtant expliqué dans cet article : http://djibril.developpez.com/tutori...ation-modules/.

  16. #16
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    Par défaut

    Merci Djibril,

    j'ai rajouté le repository : bribes : http://www.bribes.org/perl/ppm64/

    Donc en résumé :
    0) je lis le README du module Boulder::Blast pour voir si il est compatible sur Windows 7
    1) j'installe Microsoft Visual C++ 2010 Express.
    2) je rajoute C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0\VC\bin dans PATH
    3) j'installe le module PPM::Make


    merci et bon weekend
    -- Jasmine --

  17. #17
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    Par défaut

    Tout s'est bien passé jusque là

    la suite :

    téléchargez le module sur le site du CPAN et décompressez-le ; OK
    cd RepertoireModule ; OK
    perl Makefile.PL ; OK
    nmake (ou dmake) ; OK
    nmake test (ou dmake test) ; KO
    nmake install (ou dmake install).
    ... j'ai une erreur fatale




    Uploaded with ImageShack.us


    Avez-vous des conseils?

    merci pour votre aide et merci beaucoup à Djibril pour ses tutoriels
    -- Jasmine --

  18. #18
    Responsable Perl et Outils

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    Par défaut

    fais ceci :
    et si ça ne fonctionne pas, force install Boulder

  19. #19
    Membre confirmé Avatar de Beniou
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    Par défaut

    Juste comme ça : ca ne pourrait pas venir d'un module apparemment manquant pour les tests ?
    Can't locate DB_File.pm in @INC...

  20. #20
    Membre émérite
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    Par défaut

    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    cpan
    force install LDS/Boulder-1.30.tar.gz

    ça a fonctionné, merci pour votre aide à tous
    -- Jasmine --

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