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  1. #1
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    Par défaut Gbrowse Galaxy et Perl

    Bonjour,

    Je suis face à un problème. J'ai l'outil Gbrowse et l'outil Galaxy l'un séparé de l'autre. Mon but est de les relier (dans un sens comme dans l'autre). L'objectif final étant de rentrer des données sur Galaxy, de lancer Gbrowse avec celles ci pour enfin visualiser le résultats souhaités. J'avais pensé à utiliser du BioPerl (avec certainement du shell incorporé), mais aucune recherche n'a pu aboutir (modules déjà codé, méthodes à aborder) ...

    Donc si vous avez une quelconque idée à ce sujet, je suis preneuse (j'ai pas mal fouillé sur le net sans avoir plus d'information que la documentation de Gbrowse donnant une commande
    galaxy outgoing = http://main.g2.bx.psu.edu/tool_runner?tool_id=TOOL_ID
    ainsi que pour le incoming)

  2. #2
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    Par défaut

    si j'ai bien suivi, tu as Galaxy sur ton serveur?

    dans ce cas la configuration que tu cites correspond à l'installation d'un nouvel outil dans Galaxy (cf la) où tu détermines le TOOL_ID et tu utilises ensuite Galaxy pour communiquer avec Gbrowse

    j'ai bon ?
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  3. #3
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    Par défaut

    En fait j'ai fait une erreur, je veux relier Gbrowse à Galaxy (plutôt dans ce sens), faire la visualisation dans Gbrowse récupérer ce qu'il m’intéresse dans cette visualisation et donner cette sélection à Galaxy pour la suite des analyses.

    Désolé je débute sur le projet donc j'ai un peu de mal moi même à voir comment doivent être engendré les éléments ^^'

    En tout cas merci Gardyen parce que dans ce que j'ai formulé plus haut, tu avais touché dans le mil avec ta réponse. Et pour répondre oui j'ai un galaxy et un gbrowse sur le seveur

  4. #4
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    Par défaut

    dans les 2 cas le passage de l'un à l'autre se fera via le format GFF.
    Je ne connais pas bien gbrowse, mais il semble y avoir un outil inclus appelé gbgff, qui transforme les données visualisées dans gbrowse en fichier d'annotations, ce fichier étant ce que tu cherches à utiliser dans galaxy ?
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  5. #5
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    Par défaut

    Tout à fait ^^ par contre serais tu comment utiliser ce gbgff ?

  6. #6
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    Par défaut

    en configurant les 2 outils de la manière décrite, normalement un bouton 'envoyer cette région à Galaxy' apparait dans gbrowse (testé sur un serveur Galaxy public: Get Data->Wormbase)

    c'est bien ce que tu recherches ?
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  7. #7
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    Par défaut

    C'est tout à fait ça. Le seul soucis est que quand je modifie le fichier espece.conf avec les lignes suivantes :
    - galaxy outgoing http://hostname/cgi-bin/gbgff
    - (galaxy incoming non important ici à priori)

    Je n'obtiens aucun bouton et aucun changement dans la page du gbrowse ...
    J'ai certainement oublié quelques choses mais quoi ? En se référant aux peu de documents trouvés, il ne mette aucunes autres modifications.

  8. #8
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    Par défaut

    hum j'ai l'impression que tu as pris le problème à l'envers ...

    cf la doc:
    galaxy outgoing

    If you would like GBrowse to be able to send data to the Galaxy bioinformatics analysis tool, then set this option to the URL for the Galaxy server you would like to use. A good default is:

    galaxy outgoing = http://main.g2.bx.psu.edu/tool_runner?tool_id=TOOL_ID


    Without this option, GBrowse will be able to receive and process queries from Galaxy servers, but will not be able to initiate a connection. (Note, this option used to be named "galaxy", which still works for backward compatibility). [TOOL_ID] will be provided by Galaxy developers.

    galaxy incoming

    Use this option to change the URL that Galaxy will use when it tries to fetch GFF3-formatted data from GBrowse. The default is:

    http://yourhostname/cgi-bin/gbgff
    je pense que les 2 sont importants, afin que chaque application sache comment communiquer avec l'autre
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  9. #9
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    Par défaut

    Je viens de trouver le lien dans 'export as' (et j'avais aussi laissé le incoming mais j'avais oublié son importance, il est vrai).

    Par contre je dois avoir un problème dans mes url parce que j'arrive bien sur la page de galaxy du nouveau tools mais rien n'a été transféré (la séquence sélectionné par exemple). Je vais essayé de voir ceci de plus près (sans trop savoir par où partir).

    Merci encore en tout cas ^^

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