bonsoir les amis , je sais que c'est un forum perl et c'est le seul endroits qui gère le domaine du bio-informatique
j'ai réalise ce code source et je veux créer une population un peux spéciale (c'est à dire une population représenté par l'emplacement des gaps)
aidez moi S'il vous plait
Code :
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package biojava;
 
import java.io.BufferedInputStream;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.IOException;
import java.util.HashMap;
import java.util.Iterator;
import javax.sound.midi.Sequence;
import org.biojava.bio.BioException;
import org.biojava.bio.dist.Count;
import org.biojava.bio.dist.Distribution;
import org.biojava.bio.dist.DistributionTools;
import org.biojava.bio.dist.IndexedCount;
import org.biojava.bio.dist.UniformDistribution;
import org.biojava.bio.seq.RNATools;
import org.biojava.bio.seq.SequenceIterator;
import org.biojava.bio.seq.db.SequenceDB;
import org.biojava.bio.seq.io.SeqIOTools;
import org.biojava.bio.symbol.Alphabet;
import org.biojava.bio.symbol.AlphabetManager;
import org.biojava.bio.symbol.FiniteAlphabet;
import org.biojava.bio.symbol.Symbol;
import org.biojava.bio.symbol.SymbolList;
import org.biojavax.ga.Population;
import org.biojavax.ga.impl.SimplePopulation;
import org.biojavax.ga.util.GATools;
 
public class PositionGap {
 
    public static void main (String[]args) throws BioException, FileNotFoundException, IOException{
        int count;
        int position=1;
 
        HashMap hash= new HashMap();
    String filename = "D:\\RV20_BBS20002.AFA";
//get the alphabet
 FiniteAlphabet a =     (FiniteAlphabet) AlphabetManager.alphabetForName("DNA");
 
//open the file and read the sequences
FileInputStream fis = new FileInputStream(filename);
SequenceDB seqdb = SeqIOTools.readFasta(fis, a);
SequenceIterator stream = seqdb.sequenceIterator();
 
while(stream.hasNext()){
     count=0;
    org.biojava.bio.seq.Sequence dna=stream.nextSequence();
 
    Iterator ai = a.iterator();
 
   for(int i=1;i<=dna.length();i++){
    //System.out.println(dna.getName());
     Symbol sym = dna.symbolAt(i);
 
 
      Symbol gap =dna.getAlphabet().getGapSymbol();
 
 
     if(sym.equals(gap) ){
         position=i;
         System.out.println(" la position :"+position);
 
      hash.put(gap.getName(), new Integer(position++));
      System.out.print("hash = " + hash + "\n");
 
 
     }
 
     Distribution bin_dist = new UniformDistribution(GATools.getBinaryAlphabet());
 
		// initialize the population
		Population pop = new SimplePopulation("demo population");
 
 
 
 
    }
     System.out.println("________fin de sequence________");
 }
 
 
 
 
 
    }
}