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Discussion: BioPerl et Primer3

  1. #1
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    Par défaut BioPerl et Primer3

    Bonjour,
    Lorsque je lance Primer3 depuis le BioPerl en utilisant les deux namespaces:

    use Bio::Tools::Run:: Primer3;
    use Bio::Tools:: Primer3;


    J'obtiens le message d'erreur suivant:

    can't locate object method new via package "Bio::Tools::Run::Primer3"
    (perhaps you forgot to load "Bio::Tools::Run::Primer3"? )


    Avez vous une idée sur ce message d'erreur?

  2. #2
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    Par défaut

    Le message d'erreur paraît assez clair, il ne trouve "new" dans ton package et t'informe que tu as peut être oublié de le charger.

    C'est normal qu'il y ait des espaces avant "Primer3" dans ton use ?

    Supprime les pour voir, je n'ai jamais vu d'espaces dans l'appel de package personnellement...

  3. #3
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    Par défaut

    Comme je suis nouveau dans ce forum, j'ai mis expret de l'espace pour éviter qu'un smileys n'apparaisse, je n'ai pas fait attention a l'option pour désactivé les smileys, en fait dans mon code les pakages sont bien écrits sauf ce que je pense que les deux pm dont je fait appel sont obsolètes maitenant ou bien mal formés. merci pour ton intervention

    Citation Envoyé par Quantactique Voir le message
    Le message d'erreur paraît assez clair, il ne trouve "new" dans ton package et t'informe que tu as peut être oublié de le charger.

    C'est normal qu'il y ait des espaces avant "Primer3" dans ton use ?

    Supprime les pour voir, je n'ai jamais vu d'espaces dans l'appel de package personnellement...

  4. #4
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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  5. #5
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    Par défaut

    Le voila,
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    use strict;
    use Getopt::Long;
    use Bio::Tools::Run::Primer3;
    use Bio::SeqIO;
    use Bio::DB::GenBank;
     
    my		$acc='DQ022571';
    my		$gb = Bio::DB::GenBank->new();
    my        $seq= $gb->get_Seq_by_acc($acc);
     
    	my $primer3 = Bio::Tools::Run::Primer3->new(-seq => $seq);
    	$primer3->program_name('primer3_core') unless $primer3->executable;
     
    	$primer3->add_targets('PRIMER_MIN_TM' => 56, 'PRIMER_MAX_TM' => 90);
     
    	my $results = $primer3->run;
     
    	unless ($results->number_of_results) {
    		print "No results for ",$seq->display_id;
    		next;
    	}
     
    	my @out_keys_part = qw(START
    								    LENGTH
    								    TM
    									 GC_PERCENT
    									 SELF_ANY
    									 SELF_END
    									 SEQUENCE );
     
    	print "\n", $seq->display_id, "\n";
     
    	for (my $i = 0 ; $i < $results->number_of_results ; $i++){
    		my $result = $results->primer_results($i);
     
    		print "\n", $i + 1;	
    		for my $key qw(PRIMER_LEFT PRIMER_RIGHT){	
    			my ($start, $length) = split /,/, $result->{$key};
    			$result->{$key . "_START"} = $start;
    			$result->{$key . "_LENGTH"} = $length;
    			foreach my $partkey (@out_keys_part) {
    				print "\t", $result->{$key . "_" . $partkey};
    			} 
    			print "\n";
    		}
    		print "\tPRODUCT SIZE: ", $result->{'PRIMER_PRODUCT_SIZE'}, ", PAIR ANY COMPL: ",
    		  $result->{'PRIMER_PAIR_COMPL_ANY'};
    		print ", PAIR 3\' COMPL: ", $result->{'PRIMER_PAIR_COMPL_END'}, "\n";
    	}
     
     
    sub usage {
       exec('perldoc',$0);
       exit(0);
    }
     
    __END__
    Citation Envoyé par djibril Voir le message
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  6. #6
    Expert Confirmé
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    Par défaut

    Coucou,

    Chez moi, ce code bug, mais je n'ai pas cette erreur de chargement. Ca vient peut-être du path?

    As-tu installé Primer sur ton PC? Où lui signales-tu son emplacement (-path )? ... tu utilises -program_name à la place.

    Une ligne de ce genre :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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      my $primer3 = Bio::Tools::Run::Primer3->new(-seq => $seq,
                                                  -outfile => "temp.out",
                                                  -path => "/usr/bin/primer3_core");

    Autre question si tu enlèves tout le code et ne laisse que :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    use strict;
    use Getopt::Long;
    use Bio::Tools::Run::Primer3;
    use Bio::SeqIO;
    use Bio::DB::GenBank;
    as-tu encore la même erreur?
    -- Jasmine --

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