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  1. #1
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    Par défaut Informations et questions sur le metier de bio-informaticien

    Bonjour a tous,

    Dans le cadre d'une Licence de biologie et aussi dans une eventuelle reconversion professionnelle, je me pose pas mal de questions sur ce metier.

    Seriez vous pret a repondre a quelques questions sur votre metier? Si oui pourriez-vous m'envoyer un message prive avec votre adresse email, je vous enverez une liste de questions (10).

    Je vous remercie

    Fabrice

  2. #2
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    Pourquoi ne pas poser les questions directement sur le forum ?

    Tout le monde pourrait répondre à chaque question, ce qui est important puisque les avis divergent sur certains points.

    De plus, ça permettrait aux futures personnes qui cherchent des infos sur la bioinfo d'avoir un aperçu rapide du domaine, sans reposer 50x les mêmes questions aux mêmes personnes.

  3. #3
    Invité de passage
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    Ok bonne idee, alors les questions sont les suivantes:

    - Quelle est la description de votre poste ?



    - Quelle formation avait-vous suivi ?



    - Travaillez-vous dans un service de bio-informaticien ou êtes-vous attache à un autre service ?.



    - Quelle est la part en pourcentage d’informatique dans votre de métier ? De biologie ? De mathématiques ? D’autres compétences ?



    - Pourriez-vous me donner quelques exemples de projets dans lesquels vous êtes impliqués et comment intervenez-vous dans ceux-ci ?



    - Etes-vous amené à développer des logiciels pour répondre aux besoins des chercheurs ? Ou votre rôle est plutôt de savoir quels outils utiliser et comment les utiliser ?



    - Quels sont les langages, technologies, systèmes que vous utilisez le plus ?




    - Décririez-vous le métier de bio-informaticien comme un métier d’assistance aux chercheurs ? Ou est-ce un métier qui permet aussi de mener des projets de recherche de façon autonome ?




    - Que conseilleriez-vous à quelqu’un qui cherche à se reconvertir dans la bio-informatique ?


    - Quelle est votre vision de ce métier dans les années à venir ?

  4. #4
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    - développer une base de connaissances
    - licence de biologie puis master bio-info
    - je suis rattaché à un groupe particulier
    - dans ce projet-là, 90% d'info, 10% de bio pour le moment mais une fois l'outil finalisé, le rapport changera
    - dans le job précédent, avec un groupe de plusieurs bio-informaticiens, chacun avait un projet bien spécifique, mais tous interagissaient, ce qui fait qu'on se donnait des coups de mains pour des points spécifiques.
    - ça dépend fortement de la nature du job, mais les 2 composantes sont présentes. si on t'engage pour un projet de recherche, alors la 2e sera majoritaire, mais si c'est pour fournir un service...
    - java,perl, mysql, mais tout dépend du projet et l'environnement
    - même réponse que plus haut, cela dépend fortement du boulot demandé
    - d'être motivé et curieux, le domaine évolue assez vite, de nouvelles technologies et méthodologies apparaissent régulièrement, il faut souvent réapprendre
    - wait and see
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

  5. #5
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    ok merci, es tu dans le public ou dans le prive?

  6. #6
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  7. #7
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    Aller je me lance :

    - Quelle est la description de votre poste ?
    question poste j'en ai occupé plusieurs donc ca varie beaucoup... Perso, c'est allé du développement pur d'applis en testant de nouveaux algo, à faire des analyses stats, de l'extraction de données brutes et développer des bases de données ainsi les webservices qui vont avec, faire du calcul parallèle et gérer un cluster, utiliser des pipelines d'outils existants et j'en passe...

    - Quelle formation avez-vous suivi ?
    licence de biochimie pour retomber en 1ère année de math-info puis un IUP informatique et enfin un DESS bioinformatique complété par un DU biostatistique. Mais la plupart des bioinformaticiens que je connaisse ont complété leurs études en bio ou info par une année de bioinfo.

    - Travaillez-vous dans un service de bio-informaticien ou êtes-vous attache à un autre service ?
    pour le moment seul bioinformaticien de l'équipe. Avant, ingénieur bioinfo dans une équipe de recherche et encore avant dans un service bioinfo d'une start-up

    - Quelle est la part en pourcentage d’informatique dans votre de métier ? De biologie ? De mathématiques ? D’autres compétences ?
    pareil ca peut dépendre de tes fonctions. Perso, à tous les niveaux j'ai toujours eu une beaucoup plus grosse part d'info que de bio vu que je manipule plus. La biologie, dans mon cas, sert plutôt à essayer d’interpréter les résultats. Il peut y avoir aussi des maths ainsi que des stats suivant les projets.

    - Pourriez-vous me donner quelques exemples de projets dans lesquels vous êtes impliqués et comment intervenez-vous dans ceux-ci ?
    les projets sont variés : ca peut aller à développer un site web et les BD qui vont avec pour accéder à de gros volumes de données à de la découverte de nouveaux gènes/molécules par exemple avec les nouvelles technologies de séquençage. Disons que c'est comme en info : trop de projets différents...

    - Etes-vous amené à développer des logiciels pour répondre aux besoins des chercheurs ? Ou votre rôle est plutôt de savoir quels outils utiliser et comment les utiliser ?
    encore une fois ca dépend du projet mais les deux. Avec mes commentaires précédents je pense qu'il n'y a pas grand chose à ajouter.

    - Quels sont les langages, technologies, systèmes que vous utilisez le plus ?
    ca dépend des habitudes et du contexte mais pour ma part le perl pour tout ce qui est parsing de texte est mon langage favori (surtout quand il s'agit de parser des fichiers texte compressés de 40Go ). Le bash est aussi mon ami vu que je trouve Linux beaucoup plus pratique mais ca c'est à chacun de voir. Sinon du C, du R pour les stats, un SGBD (postgresql pour ma part), de l'administration système et d'un cluster, du web etc etc...

    - Décririez-vous le métier de bio-informaticien comme un métier d’assistance aux chercheurs ? Ou est-ce un métier qui permet aussi de mener des projets de recherche de façon autonome ?
    Les deux si le poste le permet.

    - Que conseilleriez-vous à quelqu’un qui cherche à se reconvertir dans la bio-informatique ?
    De bien aimer la biologie en général ainsi que l'informatique.

    - Quelle est votre vision de ce métier dans les années à venir ?
    Carpe Diem je dirais pour rejoindre Gardyen

    - Es tu dans le public ou dans le prive?
    J'ai testé les deux mais seulement 1 an de privé pour 5 ans de public (avec une préférence certaine pour ce dernier )

    En espérant que cela puisse donner un léger aperçu de ce métier injustement méconnu

  8. #8
    Rédactrice/Modératrice

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    - Quelle est la description de votre poste ?
    Responsable des activités bioinformatiques et informatiques de ma division

    - Quelle formation avez-vous suivi ?
    Maîtrise de biologie moléculaire + Master de Bioinformatique
    Mais je pense que les compéténces en bioinfo s'acquièrent avec l'expérience.


    - Travaillez-vous dans un service de bio-informaticien ou êtes-vous attache à un autre service ?.
    Equipe bioinformatique dans un service de génomique


    - Quelle est la part en pourcentage d’informatique dans votre de métier ? De biologie ? De mathématiques ? D’autres compétences ?
    Cela dépend des projets et des besoins. C'est un mélange de bio (à ne pas oublier), de stats et d'informatique. Et il est indispensable d'aimer les 3 pour poursuivre dans cette voie

    - Pourriez-vous me donner quelques exemples de projets dans lesquels vous êtes impliqués et comment intervenez-vous dans ceux-ci ?
    Secret professionnel !


    - Etes-vous amené à développer des logiciels pour répondre aux besoins des chercheurs ? Ou votre rôle est plutôt de savoir quels outils utiliser et comment les utiliser ?
    Les deux, c'est toujours fonction des projets et des besoins. Mais développer pour développer, il faut passer son chemin...


    - Quels sont les langages, technologies, systèmes que vous utilisez le plus ?
    Perl, python, R, bash, PHP, HTML, MySQL


    - Décririez-vous le métier de bio-informaticien comme un métier d’assistance aux chercheurs ? Ou est-ce un métier qui permet aussi de mener des projets de recherche de façon autonome ?
    Le mot assistance est pour moi péjoratif. Je vois la bioinfo comme un outil supplémentaire. Comme il est nécessaire d'avoir des pipettes, des scanners, des centrifugeuses, la bioinfo est un moyen supplémentaire d'obtenir et d'analyser des données. Le but est toujours de faire de la bio !


    - Que conseilleriez-vous à quelqu’un qui cherche à se reconvertir dans la bio-informatique ?
    D'aimer la bio ! Sinon, impossible de s'adapter et d'être compétent !


    - Quelle est votre vision de ce métier dans les années à venir ?
    Grande question.... Je pense qu'il y aura des vagues. Au début des microarrays, le besoin de bioinfo à été grand. Puis les outils se sont démocratisés, et les biologistes ont pensé (à tort ou à raison) pouvoir être autonomes. Les offres se sont fait beaucoup plus rares.
    Aujourd'hui, avec les technologies NGS, les besoins augmentent et les offres aussi. Jusqu'à quand....

    Je vais également me positionner en tant que recruteur. Il est difficile de trouver des jeunes bioinfos aujourd'hui qui soient capables de s'adapter à différents projets et qui aiment la bio.
    Je cherche à remplacer quelqu'un de mon équipe. Il n'aime pas la bio, ne veut que coder et voit le biologiste comme un inculte avec qui il est difficile et sans intérêt de discuter...
    Je porte la double casquette info/bioinfo, mais j'essaie de conserver une visière de biologiste !
    Cela demande du courage d'en tirer du plaisir
    Quand on n'a qu'un marteau, tous les problèmes ressemblent à un clou

  9. #9
    Invité de passage
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    Bonjour,nous sommes étudiants en L2BIO à l'Université d’Évry Val-d'Essonne et nous cherchons des contacts dans le milieu de la bio-informatique dans le cadre d'un projet professionnel personnalisé.

  10. #10
    Invité de passage
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    Si vous êtes disposés à nous répondre envoyez nous votre adresse mail.
    Bien cordialement.

  11. #11
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    Bonjour

    Allez, je me lance, étant aïeul du forum Perl:
    - Quelle est la description de votre poste ?
    Présentement, je suis responsable LIMS d'une société pharmaceutique en France. Je développe des petites applications pour les biologistes et les chimistes et suis intégrateur de solutions externes.

    - Quelle formation avait-vous suivi ?
    DEUG, Licence, maîrtise de bio (oui, bon ça va, on a vu que j'étais un vioc de 35 ans !) puis DESS compétecnes complémentaires informatique

    - Travaillez-vous dans un service de bio-informaticien ou êtes-vous attache à un autre service ?
    Et bien, je suis rattaché au service LIMS de la maison mère en Belgique, mais jet ravaille en France.

    - Quelle est la part en pourcentage d’informatique dans votre de métier ? De biologie ? De mathématiques ? D’autres compétences ?
    90% informatique, 5% chimie, 5% biologie.


    - Pourriez-vous me donner quelques exemples de projets dans lesquels vous êtes impliqués et comment intervenez-vous dans ceux-ci ?
    Allez, au hasrad, intégration d'une solution externe pour remplacer notre LIMS, ne serait-ce que pour la visualisation des résultats expérimentaux. J'en ai été le pionnier et je suis l'administrateur "corporate". Ca m'a permi d'ailleurs de présenter mon travail lors d'une conférecne organisée par la société qui produit cette solution et de me faire des contacts remarquables.

    - Etes-vous amené à développer des logiciels pour répondre aux besoins des chercheurs ? Ou votre rôle est plutôt de savoir quels outils utiliser et comment les utiliser ?
    Je développe également des petites solutions pour mes chercheurs. Autrement dit, ce que la solution propriétaire ne sait pas encore faire, je le fais.

    - Quels sont les langages, technologies, systèmes que vous utilisez le plus ?
    Pêle-mêle: Java, C#, PL/SQL, PHP, JS, sh, R, ...

    - Décririez-vous le métier de bio-informaticien comme un métier d’assistance aux chercheurs ? Ou est-ce un métier qui permet aussi de mener des projets de recherche de façon autonome ?
    Les 2 mon capitaine! Notre fonction première est je pense de FACILITER et de FAVORISER le travail des chimistes et biologistes. Cependant, cela peut aussi nous amener à résoudre des problématiques encore peu aborder au niveau fondamental: recherche de docking, visualisation, statistiques,...

    - Que conseilleriez-vous à quelqu’un qui cherche à se reconvertir dans la bio-informatique ?
    D'aller à l'étranger ! Sans rire, votre première expérience dans le milieu doit se faire à l'étranger, si possible dans une bonne boîte ou une bonne unité de recherche. L'avantage est double:
    1) au mieux, vous restez dans votre 1ère structure à l'étranger parce que vous vous y plaissez et vous apportez satisfaction.
    2) vous revenez en Europe avec une expérience en béton sur votre CV qui vous donnera de la légitimité pour un poste aileurs.

    - Quelle est votre vision de ce métier dans les années à venir ?
    Clairement orienté sur les pharmas ou les start-ups en biotecho. Il est vrai qu'en ce moment, après la vague "OMICS", maintenant c'est la mode Next-Gen Sequencing. Pourquoi pas mais rappelez-vous que ceci est effet de mode jusqu'à ce qu'une nouvelle technologie apparaisse. Après, je dis pharma car les sociétés pharmaceutiques recrutent mais attendez-vous à travailler sur des solutions existantes et à faire du relationnel au sein de l'entreprise. Le bioinformaticien qui se terre dans son bureau à tout à perdre en crédibilité.

    Bon courage la jeunesse !
    GLDavid
    Consultez la FAQ Perl ainsi que mes cours de Perl.
    N'oubliez pas les balises code ni le tag

    Je ne répond à aucune question technique par MP.

  12. #12
    Invité de passage
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    Hello tout le monde !

    Je suis aussi en étude de bioinfo à Paris et je cherchais des infos pour bosser le mémoire ... ( pas facile ! ) et le mieux c'est de te renseigner directement auprès des entreprises pour avoir le maximum d'informations sur les formations etc !

    Je peux t'en donner quelques une : www.soladis.fr par exemple qui possède aussi un centre de formation dans ce domaine

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