Discussion :

[mathgon]

Bonjour à tous et à toutes,

Je souhaite effectuer un blastn sur les serveurs du NCBI au moyen de Bio::Tools::Run::RemoteBlast. Pas de problème pour la configuration des paramètres "standards" tels qu'ils sont définis ici.

Mon problème concerne les paramètres un peu plus exotiques comme les pénalité d'ouverture, extension de gap et penalité de mismatch, déclarés par avec les paramètres -E, -w, -G, -q lorsque j'effectue ce type d'analyse local.

Avez-vous une idée ou un lien présentant une solution à me proposer?

[Gardyen]

quelle version de bioperl utilises-tu ?

dans la 1.6, il existe une méthode submit_parameter pour ce genre d'opération.

si je ne trompe pas, tu dois utiliser ces paramètres:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
 
my $prog = 'blastp';
my $db   = 'swissprot';
my $e_val= '1e-10';
 
my @params = ( '-prog' => $prog,
	'-data' => $db,
	'-expect' => $e_val,
	'-readmethod' => 'SearchIO' );
 
my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
$factory->submit_parameter("GAPCOST", "11 1");
$factory->submit_parameter("NUCL_PENALTY", "-3");