Réarranger des stacks d'images

**mimolette** · 30/04/2012, 10h54

Bonjour ,

Je fais de la microscopie, et voila plus precisement ce que je fais:
Je prends une position dans un materiau puis je fais un stack de 10 images en z dans ce materiau. Ensuite 5 minutes plus tard je refais un stack , 10 min plus tard etc..
Donc au final j'ai x stacks en z à chaque temps.
Or ce que j'ai besoin de faire, c'est réarranger les stacks pour qu'ils ne soient plus fonction du temps, mais de la position en z.c'est a dire la premiere image du stack 1 avec la premiere image du stack 2 etc.
Comme je ne suis pas forcement completement clair je joins un schéma de ce que j'aimerai avoir au final.
http://imageshack.us/photo/my-images...entstacks.jpg/
Est-il possible de faire ça en python? des bibliothèques qui gèrent les stacks?

Merci

**Alexis.M** · 30/04/2012, 11h31

Je n'ai pas bien compris quel est le résultat final que tu désires mais apparemment il s'agit de changer l'ordre d'indexation du tableau contenant toutes les images.

Si l'intégralité de tes données tiens en mémoire, et que tu les a rangées dans un tableau numpy 'a' de taille (ntemps,nz,largeur,longueur) en faisant a.swapaxes(0,1) tu te retrouve avec un tableau de taille (nz,ntzmps,largeur,longeur)

**VinsS** · 30/04/2012, 14h56

Salut, tes images originales sont en tiff, je suppose, regarde ici:

http://www.developpez.net/forums/d11...f-sous-opencv/

Pour les "restacker" dans un nouveau fichier, je ne l'ai jamais fait.

Si tes images ne sont pas en tiff, donnes plus de détails ou éventuellement un fichier exemple.

**mont29** · 30/04/2012, 15h02

Mettons que tu aies tes données organisées en liste, au départ sous cette forme*:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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in_data = [# t1
           [a1, a2, a3, a4, a5, a6, a7, a8, a9, a10],
           # t2
           [b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7, b8, b9, b10],
           # t3
           [c1, c2, c3, c4, c5, c6, c7, c8, c9, c10],
           # etc.
          ]

… et que tu veuilles obtenir*:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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out_data = [# z1
            [a1, b1, c1, ...],
            # z2
            [a2, b2, c2, ...],
            # z3
            [a3, b3, c3, ...],
            # etc.
           ]

Alors, il suffit de faire*:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

out_data = list(zip(*in_data))

Difficile de t’aider plus que ça sans savoir sous quelle forme se présentent tes données (images).

**mimolette** · 30/04/2012, 16h11

Bonjour,

Alors effectivement c'est quasiment le même exemple que edding4, J'ai un stack en tif. Pour splitter le stack original j'utilise PIl:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import Image, ImageSequence
 
im = Image.open("stack.tif")
 
index = 1
for frame in ImageSequence.Iterator(im):
    frame.save("pos%d.tif" % index)
    index = index + 1

je peux donc avoir accès aux images une par une dans un nouveau fichier.
Le problème c'est que ne parvient pas a les restacker.
Avec PIl je n'ai pas reussi à le faire , et avec libtiff, j'ai du mal à l'installation, je peux import libtiff mais je n'arrive pas par exemple a importer les modules:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 from libtiff import TIFFfile, TIFFimage

Mais peut être y a t-il un autre moyen de procéder?

**mimolette** · 30/04/2012, 16h51

Petite mise à jour, les modules PyLibTiff fonctionnent depuis que je les ai installés depuis http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
reste a voir si c'est possible de restacker!

**VinsS** · 30/04/2012, 22h17

Libtiff dont je parlais est un front-end à utiliser en ligne de commande donc.

Pour l'utiliser avec python il faut passer par subprocess.

Je n'ai pas d'image de ce type sur mon pc, si tu peux nous joindre un exemple, je peux tester ce que tu veux faire.

Pour Pylibtiff, je ne connaissais pas, parceque pas dans les dépôts de ma version Linux.

**mimolette** · 30/04/2012, 23h17

Merci VinsS,
Je n'ai pas accès aux images ce week end , mais c'est exactement les memes stack que dans le poste que tu as cité plus haut http://www.developpez.net/forums/d11...f-sous-opencv/. Je l'ai récupéré et il est identique, tif 16 bit. Peut être peux tu faire un test avec ce stack. Perso je n'ai pas réussi a restacker les 2.

**VinsS** · 30/04/2012, 23h46

En fait j'en ai construit avec des tiff simples que j'avais.

Et ça donne ceci avec libtiff et subprocess.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: utf-8 -*-
 
import sys
import os
import subprocess
 
def unstack(path, pref):
    sp, er = subprocess.Popen(["tiffsplit", path, pref], universal_newlines=True, 
                                stdout=subprocess.PIPE).communicate()
 
    return er
 
def stack(imgs):
    imgs.insert(0, "tiffcp")
    sp, er = subprocess.Popen(imgs, universal_newlines=True, 
                                stdout=subprocess.PIPE).communicate()
 
    return er
 
if __name__ == '__main__':
    # Images originales
    paths = ["raws_0.tiff", "raws_1.tiff", "raws_2.tiff"]
    for idx, path in enumerate(paths):
        im = "_".join(["img", str(idx)])
        print "Unstack ", path
        uns = unstack(path, im)
        if uns is not None:
            print uns
            sys.exit()
 
    # Les images extraites s'appellent 'img_0aaa.tif', 'img_0aab.tif' ...
    for i in range(97, 100):
        fls = []
        for j in range(3):
            fls.append(''.join(['img_', str(j), 'aa', chr(i), '.tif']))
        fls.append(''.join(['result_', chr(i), '.tiff']))
        # Les nouvelles tiff empilées s'appellerons 'result_a.tiff', 
        # 'result_b.tif', ...
        print "Stack serie:", chr(i)
        st = stack(fls)
        if st is not None:
            print "Failed:", st
 
    print 'done'

Pour Pylibtiff, j'ai regardé, c'est pas beaucoup mieux documenté, je vois.

Avec libtiff ce sont les man qui servent de doc, mais il y a un man par fonctionnalité, donc il faut connaître ces fonctionnalités pour commencer.

J'ai trouvé ceci:

http://www.remotesensing.org/libtiff/man/index.html

Edit: J'ai simplifié le code, le retour des commandes est une chaîne vide.

**mimolette** · 01/05/2012, 12h55

Merci VinsS,
Cela dit ça commence à dépasser mes compétences!
Pour arriver à faire tourner ton script il fait que j'installe libtiff? j'ai essayé à partir du package ici http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/tiff.htm , l'ai installé , mais je ne vois pas comment ça fonctionne. En fait j'ai une connaissance plutôt limitée de la manière dont fonctionne les bibliothèques.
Et a partir de Pylibtiff je ne comprend pas beaucoup mieux comment faire tourner fonctions.

**VinsS** · 01/05/2012, 13h57

Je suppose que tu es sous Windows et que tu as installé avec l'.exe proposé.

Dans ce cas, tu ne dois rien faire, le code doit tourner tel quel.

Tu peux le vérifier directement en rentrant dans une ligne de commande:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
tiffsplit monFichier.tiff

Si tu retrouves bien les images séparées, alors le code python le fera.
Si ça retourne une erreur, tu la copies ici.

**mimolette** · 01/05/2012, 14h06

Je suis bien sous windows.
Si j’écris tiffsplit monFichier.tiff dans idle j'ai:
SyntaxError: invalid syntax

**mont29** · 01/05/2012, 15h10

Non, pas idle, directement dans une console windows (tiffsplit est un programme “normal”, rien à voir avec python

).

**VinsS** · 01/05/2012, 15h10

Ah, quand je disais en ligne de commande, ce n'est pas avec python mais dans un terminal.

Evidemment, il faut changer le nom du fichier aussi.

Edit: As-tu testé le code avec le fichier exemple ?, Il faut changer le nom du fichier Substack (1-2).tif parceque les parenthèses ne sont pas acceptées.

**mimolette** · 01/05/2012, 15h48

Je n'y comprend pas grand chose..
Si je lance tiffsplit stack.tiff (mon fichier stacké ) dans l'invite de commande windows
j'obtiens: "tiffsplit n'est pas reconnu en tant que commande interne ou externe ..."

Si je lance ton programme en python, après avoir créé les raws_0.tiff raws_1.tiff et raws_2.tiff
jobtiens:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Unstack  raws_0.tiff
 
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Documents and Settings\Dell\Bureau\restack.py", line 26, in <module>
    uns = unstack(path, im)
  File "C:\Documents and Settings\Dell\Bureau\restack.py", line 9, in unstack
    stdout=subprocess.PIPE).communicate()
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 672, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 882, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 2] Le fichier spécifié est introuvable

**VinsS** · 01/05/2012, 16h26

Et si tu modifies la fin du fichier comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if __name__ == '__main__':
    # Images originales
    paths = ["raws_0.tiff", "raws_1.tiff", "raws_2.tiff"]
    for idx, path in enumerate(paths):
 
        # ces trois lignes en plus
        if not os.path.isfile(path):
            print "No such file %s" % path
            break
 
        im = "_".join(["img", str(idx)])
        print "Unstack ", path
        uns = unstack(path, im)
        if uns is not None:
            print uns
            sys.exit()
    ...

**mimolette** · 01/05/2012, 17h49

j'obtiens exactement la même erreur.
Il y a bien besoin de libtiff pour faire tourner ton script?
peut-être est-il mal installé? Au début du programme tu ne fais pas appel a libtiff.

**VinsS** · 02/05/2012, 05h37

C'est normal qu'il n'y ait pas d'appel à libtiff en début de code, libtiff n'est pas un module python il n'y a donc pas lieu de l'importer.

C'est subprocess.Popen() qui l'exécutera comme si tu l'avais entré dans une console.

J'ai l'impression que cette commande doit différer sous Windows.

Sur cette page: http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/tiff.htm, je lis ceci:

The GnuWin32 distribution comes in two versions. The ordinary version uses the standard Unix equivalents, such as fopen and read, for input and output, the other version (Tiff-win32) uses the Win32 API functions, such as CreateFile and ReadFile, for input and output. The ordinary version (Tiff) is more suitable for porting Unix programs, the Win32-API version is more suitable for writing Win32 programs.

Il y a bien deux versions Win différentes proposées au téléchargement.

La tiff-win32-3.8.1-2 appellée version 'ordinaire' ci-dessus
http://sourceforge.net/projects/gnuw...1.exe/download

Et la version 'pure Windows' tiff-win32-3.6.1-2
http://sourceforge.net/projects/gnuw...2.exe/download

J'ai comme l'impression que cette deuxième version ne permet pas l'usage qui en est fait dans mon code exemple. Ce qui expliquerait ton message:

Si je lance tiffsplit stack.tiff (mon fichier stacké ) dans l'invite de commande windows
j'obtiens: "tiffsplit n'est pas reconnu en tant que commande interne ou externe ..."

(À moins qu'il n'ait fallut donner le chemin complet de tiffsplit)

Hélas sous Windows, je risque mal de t'être d'un grand secours.

**mont29** · 02/05/2012, 07h44

Je crois bien que sous windows, il faut donner le chemin complet d’un programme, dans la console (ah, windows…

).

**mimolette** · 02/05/2012, 11h49

Merci pour ces explications,
je vais essayer de fouiller un peu dans ce sens pour arriver à faire tourner libtiff avant de revenir au code! Dommage qu'il n'y ai pas une librairie simple sous python du type im=restack()

Réarranger des stacks d'images

Python

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