Discussion :

[hajarita]

Bonjour Je veux ajouter les lignes
DEFINITION et
VERSION
dans un fichier genbank
J`ai trouve cela sur internet:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $comment = Bio::Annotation::Comment->new;
$comment->text("This looks like a good TATA box");
my $coll = new Bio::Annotation::Collection;
$coll->add_Annotation('comment',$comment);
$objet_seq2->annotation($coll);

Mais c`est pour ajouter la ligne :COMMENT
Quelqu`un a une idee s`il vous plait
Merci d`avance

[Quantactique]

Si tu remplace par Version ça fonctionne pas ?

Je sais que pour récupérer la version et la description il faut faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $version = $objet->version();
my $desc = $objet->desc();

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $version = Bio::Annotation::Version->new;
$version->text("Regarde bien comment est formée la ligne VERSION dans ces fichiers");
my $coll = new Bio::Annotation::Collection;
$coll->add_Annotation('version',$version);
$objet_seq2->annotation($coll);

J'ai jamais essayé ce genre de choses donc je promet rien. Sinon si tu veux modifier un fichier tu peux utiliser le module :
Tie::File
Il lie le fichier à un tableau et tout ce que tu fait sur le tableau se fait dans le fichier.

Je te met un exemple d'utilisation :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Tie::File;
 
my @tab;
 
#Initialisation du tableau (1 ligne du fichier = 1 colonne du tableau)
tie @tab, 'Tie::File', 'fichier.txt' or die "\nErreur $!\n";
 
shift(@tab);
#Supprime le premier élément du tableau => la première ligne du fichier
 
unshift('toto', @tab); 
#Ajoute un élément au début du tableau => en première ligne du fichier
 
reverse(@tab)
#Assez explicite...
 
splice (@tab, début, nb, 'element a inserer facultatif');
#Enlève nb éléments du tableau à partir de l'indice début => supprime les lignes
On peut éventuellement remplacer les éléments supprimés :
splice(@tab, 1,1, ('a l indice1','a l indice2'));
#On a supprimé à partir de la case d'indice 1 et sur 1 de long (juste la case $tab[1] bref). 
#On a ensuite rajouté 2 éléments à l'indice 1 et à l'indice 2 (on a décalé tout le tableau)
 
pop(@tab); 
#Supprimer à la fin du tableau => fin de fichier
 
push(@tab, $val); 
#Ajouter a la fin du tableau => fin de fichier
 
untie @tab; #Fin du traitement de fichier grâce au tie

Je n'ai jamais utilisé le splice de façon très complexe mais il me semble que tu devrais t'en sortir avec. Entre "tie" et "untie" tout ce que tu feras subir à @tab se répercuteras sur le fichier.

Je me suis un peu servit tu Tie::File personnellement donc si tu veux je t'envoie le script que j'ai fait pour mes test, il est assez simple mais ça pourrais t'aider.

Dit moi et je t'envoie si tu le veux.