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Discussion: add organism BLAST

  1. #1
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    Par défaut add organism BLAST

    Bonjour,
    j'utilise un patron de script PERL utilisant le module RemoteBlast pour lancer un BLAST au NCBI et non en local.
    Ce patron permet de Blaster sur l'organisme 'Toto_A' gràce à la ligne
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'txidToto_A [ORGN]'
    , mais je ne vois pas comment modifier ce script pour pouvoir blaster à la fois sur Toto_A et sur Toto_B !
    (j'aimerai rajouter un organisme en somme).

    Merci beaucoup

    Myca

  2. #2
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    Par défaut

    question probablement bête mais as-tu utilisé AND ?
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
     
    $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'txidToto_A [ORGN] AND txidToto_B [ORGN]'
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

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