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  1. #1
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    Par défaut Traiter un fichier EMBL

    Bonjour,

    Je souhaite récupérer toutes les données d'un fichier EMBL en PERL.
    C'est-à-dire, j'aimerais récupérer les tags et les infos séparément.

    Par exemple avoir :

    $tag_id = "ID";
    $infos_id = "EU552783; SV 1; linear; genomic DNA; STD; VRT; 574 BP.";



    Un petit bout de fichier EMBL pour illustrer :
    Code :
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    ID   EU552783; SV 1; linear; genomic DNA; STD; VRT; 574 BP.
    XX
    AC   EU552783;
    XX
    DT   27-APR-2008 (Rel. 95, Created)
    DT   27-APR-2008 (Rel. 95, Last updated, Version 1)
    XX
    DE   Opisthonema oglinum voucher H98 16S ribosomal RNA gene, partial sequence;
    DE   mitochondrial.
    En réalité je sais récupérer toutes les parties d'un fichier au format FASTA grâce à Bio::SeqIO en utilisant les fonctions primary_id(), desc(), seq(), je voudrais faire la même chose dans un fichier EMBL mais avec tout les tags. Savez-vous comment je dois m'y prendre ? Quel module utiliser ? Quelles fonctions à connaître ?

    /!\ Je ne demande pas de faire le travail à ma place, juste de m'aiguiller sur les choses à utiliser. J'aime bien les exemples mine de rien ça aide pas mal ^^

    Merci beaucoup.

    PS : Etant nouveau sur ce forum je dit à tous : Bonjour !

  2. #2
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    Par défaut

    T'as le module "Swissknife" qui permet de faire cela

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