Traiter un fichier EMBL [Résolu]

[Quantactique]

Bonjour,

Je souhaite récupérer toutes les données d'un fichier EMBL en PERL.
C'est-à-dire, j'aimerais récupérer les tags et les infos séparément.

Par exemple avoir :

$tag_id = "ID";
$infos_id = "EU552783; SV 1; linear; genomic DNA; STD; VRT; 574 BP.";


Un petit bout de fichier EMBL pour illustrer :

Code :

1
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3
4
5
6
7
8
9
ID   EU552783; SV 1; linear; genomic DNA; STD; VRT; 574 BP.
XX
AC   EU552783;
XX
DT   27-APR-2008 (Rel. 95, Created)
DT   27-APR-2008 (Rel. 95, Last updated, Version 1)
XX
DE   Opisthonema oglinum voucher H98 16S ribosomal RNA gene, partial sequence;
DE   mitochondrial.

En réalité je sais récupérer toutes les parties d'un fichier au format FASTA grâce à Bio::SeqIO en utilisant les fonctions primary_id(), desc(), seq(), je voudrais faire la même chose dans un fichier EMBL mais avec tout les tags. Savez-vous comment je dois m'y prendre ? Quel module utiliser ? Quelles fonctions à connaître ?

/!\ Je ne demande pas de faire le travail à ma place, juste de m'aiguiller sur les choses à utiliser. J'aime bien les exemples mine de rien ça aide pas mal ^^

Merci beaucoup.

PS : Etant nouveau sur ce forum je dit à tous : Bonjour !

[hajarita]

T'as le module "Swissknife" qui permet de faire cela