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  1. #1
    Candidat au titre de Membre du Club
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    Par défaut Ajouter des lignes dans un fichier GenBank

    Bonjour Je veux ajouter les lignes
    DEFINITION et
    VERSION
    dans un fichier genbank
    J`ai trouve cela sur internet:


    Code :
    1
    2
    3
    4
    5
    my $comment = Bio::Annotation::Comment->new;
    $comment->text("This looks like a good TATA box");
    my $coll = new Bio::Annotation::Collection;
    $coll->add_Annotation('comment',$comment);
    $objet_seq2->annotation($coll);
    Mais c`est pour ajouter la ligne :COMMENT
    Quelqu`un a une idee s`il vous plait
    Merci d`avance

  2. #2
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    Par défaut

    Si tu remplace par Version ça fonctionne pas ?

    Je sais que pour récupérer la version et la description il faut faire :

    Code :
    1
    2
    my $version = $objet->version();
    my $desc = $objet->desc();
    Code :
    1
    2
    3
    4
    5
    my $version = Bio::Annotation::Version->new;
    $version->text("Regarde bien comment est formée la ligne VERSION dans ces fichiers");
    my $coll = new Bio::Annotation::Collection;
    $coll->add_Annotation('version',$version);
    $objet_seq2->annotation($coll);
    J'ai jamais essayé ce genre de choses donc je promet rien. Sinon si tu veux modifier un fichier tu peux utiliser le module :
    Tie::File
    Il lie le fichier à un tableau et tout ce que tu fait sur le tableau se fait dans le fichier.

    Je te met un exemple d'utilisation :
    Code :
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
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    31
    32
    33
    34
    35
     
    #!/usr/bin/perl
     
    use strict;
    use warnings;
    use Tie::File;
     
    my @tab;
     
    #Initialisation du tableau (1 ligne du fichier = 1 colonne du tableau)
    tie @tab, 'Tie::File', 'fichier.txt' or die "\nErreur $!\n";
     
    shift(@tab);
    #Supprime le premier élément du tableau => la première ligne du fichier
     
    unshift('toto', @tab); 
    #Ajoute un élément au début du tableau => en première ligne du fichier
     
    reverse(@tab)
    #Assez explicite...
     
    splice (@tab, début, nb, 'element a inserer facultatif');
    #Enlève nb éléments du tableau à partir de l'indice début => supprime les lignes
    On peut éventuellement remplacer les éléments supprimés :
    splice(@tab, 1,1, ('a l indice1','a l indice2'));
    #On a supprimé à partir de la case d'indice 1 et sur 1 de long (juste la case $tab[1] bref). 
    #On a ensuite rajouté 2 éléments à l'indice 1 et à l'indice 2 (on a décalé tout le tableau)
     
    pop(@tab); 
    #Supprimer à la fin du tableau => fin de fichier
     
    push(@tab, $val); 
    #Ajouter a la fin du tableau => fin de fichier
     
    untie @tab; #Fin du traitement de fichier grâce au tie
    Je n'ai jamais utilisé le splice de façon très complexe mais il me semble que tu devrais t'en sortir avec. Entre "tie" et "untie" tout ce que tu feras subir à @tab se répercuteras sur le fichier.

    Je me suis un peu servit tu Tie::File personnellement donc si tu veux je t'envoie le script que j'ai fait pour mes test, il est assez simple mais ça pourrais t'aider.

    Dit moi et je t'envoie si tu le veux.

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