Comparaison de deux listes

**Isabella83** · 29/03/2012, 16h01

Bonjour à tous ,

J'ai une première liste ressemblant à ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Aats-phe
Alas
aralar1
ATPsyn-beta
ATPsyn-d
ATPsyn-gamma
blw
CG10219
CG10664

Et une deuxième liste, un peu differente mais comprenant l'information de la premiere ressemblant à ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Aats-phe-RA
Alas-RA
aralar1-RA
ATPsyn-beta-RC
ATPsyn-d.a
ATPsyn-gamma-RD
blw-RE
CG10219-RF
CG10664-RE

Et je souhaite savoir si tous les elements de la premières listes sont dans la seconde, car, comme on peut le voir, chaque element de la première liste est contenu dans un element de la seconde.

J'ai donc écris ce script, qui ne fonctionne pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
 
use Bio::SeqIO;
 
my $fasta_file;
my $input;
 
my @transcript;
my @genes;
 
 
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file ,"file=s" => \$input);
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $inp,'<',$input) or die "$input : $!\n\n";
 
#deuxième liste dans mon exemple
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	push (@transcript,$id);
 
 
}
 
# première liste dans mon exemple
while (my $ligne=<$inp>) {
    push @genes,$ligne;
} 
 
 
foreach my $g (@genes){
	foreach my $t (@transcript){
 
		if ($t =~ m/$g/){
			print "transcript : $t genes : $g";
		}
	}
}

Quelqu'un pourrait m'aider ? Merci d'avance

**magicshark** · 29/03/2012, 16h31

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@ligneFic1 = <FIC1>;
@ligneFic2 = <FIC2>;
for(my $i=0;$i<@ligneFic1;$i++)
{
    $trouve = 0;
    foreach $ligne2(@ligneFic2)
    {
        if()#recherche du motif
        {
         $trouve = 1;
        }
    }
    unless($trouve)
    {
     print $i+1."pas trouvé";
    }
}

désolé je suis assez précé j'ai pas tout mis

**Philou67430** · 29/03/2012, 16h34

Quelques conseils :
- chomp les éléments chaque liste avant de les pusher
- quotemeta($g) avant de l'utiliser dans une regexp
- utilise un grep au lieu du deuxième foreach :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if (grep /$g/, @transcript)

**Isabella83** · 30/03/2012, 09h21

Bonjour et merci pour votre aide,
J'ai essayé ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
 
use Bio::SeqIO;
 
my $fasta_file;
my $input;
 
my @transcript;
my @genes;
 
 
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file ,"file=s" => \$input);
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $inp,'<',$input) or die "$input : $!\n\n";
 
# récupération des séquences et des identifiants
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	chomp $id;
	push (@transcript,$id);
 
}
 
while (my $ligne=<$inp>) {
	chomp $ligne;
	push @genes,$ligne;
} 
 
#foreach my $t(@genes){
#	print "$t\n";
#}
 
 
foreach my $g (@genes){
	chomp $g;
 
	if (grep(/$g/, @transcript)){
		print "$g\n";
	}
 
}

Mais cela ne me retourne rien alors que quand je fais un grep en ligne de commande, ca me retourne bien quelque chose ...
quand je mets quotemeta($g) j'obtiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Useless use of quotemeta in void context at verif.pl line 40.

**Philou67430** · 30/03/2012, 09h28

C'est que tu utilises mal quotemeta :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$g = quotemeta($g);

Par ailleurs, le chomp($g) est utile (les éléments de @genes sont déjà chompé)

**Isabella83** · 30/03/2012, 09h34

j'ai modifié le quotemeta mais ca ne me retourne toujours rien, je ne vois vraiment pas d'où ca peut venir ....

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
 
use Bio::SeqIO;
 
my $fasta_file;
my $input;
 
my @transcript;
my @genes;
 
 
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file ,"file=s" => \$input);
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $inp,'<',$input) or die "$input : $!\n\n";
 
# récupération des séquences et des identifiants
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	chomp $id;
	push (@transcript,$id);
 
}
 
while (my $ligne=<$inp>) {
	chomp $ligne;
	push (@genes,$ligne);
} 
 
#foreach my $t(@genes){
#	print "$t\n";
#}
 
 
foreach my $g (@genes){
	$g = quotemeta($g);	
	if (grep(/$g/, @transcript)){
		print "$g\n";
	}
 
}

**Philou67430** · 30/03/2012, 09h56

Il y a peut-être des diversités minuscule/majuscule...
essaye avec /$g/i
Sinon, il nous faut voir les données de tes tableaux pour faire des essais.
Après chacun des deux while, ajoute quelque chose comme çà :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ...
open my $T, ">", "transcript.txt";
say { $T } $_ foreach @transcript;
...
while ...
open my $G, ">", "genes.txt";
say { $G } $_ foreach @genes;

et renvoie au moins une partie des fichiers.

**Isabella83** · 30/03/2012, 10h11

Je n'arrive pas à joindre les fichiers donc je les ai mit sur une page où vous pourrez les télécharger :

le fichier avec les transcripts :
http://filez.univmed.fr/download.php?ad=8377q0lG4c

le fichier avec les genes :
http://filez.univmed.fr/download.php?ad=83789cORxM

**Isabella83** · 30/03/2012, 11h18

Le fait d'ajouter :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ...
open my $T, ">", "transcript.txt";
say { $T } $_ foreach @transcript;
...
while ...
open my $G, ">", "genes.txt";
say { $G } $_ foreach @genes;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
 
use Bio::SeqIO;
 
my $fasta_file;
my $input;
 
my @transcript;
my @genes;
 
 
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file ,"file=s" => \$input);
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $inp,'<',$input) or die "$input : $!\n\n";
 
# récupération des séquences et des identifiants
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	open my $T, ">", "transcript_98.fasta";
	say { $T } $_ foreach @transcript;
	my $id = $seq->primary_id ;
	chomp $id;
	push (@transcript,$id);
 
}
 
while (my $ligne=<$inp>) {
	open my $G, ">", "liste_98.txt";
	say { $G } $_ foreach @genes;
	chomp $ligne;
	push (@genes,$ligne);
} 
 
#foreach my $t(@transcript){
#	print "$t\n";
#}
 
 
foreach my $g (@genes){
	$g = quotemeta($g);	
	if (grep(/$g/i, @transcript)){
		print "$g\n";
	}
 
}

Ne change rien ...

**Philou67430** · 30/03/2012, 11h36

Grrrrr....
Il faut placer ces lignes APRES le while, pas DANS le while.

**Isabella83** · 30/03/2012, 11h39

oups desolée :s
Cette commande m'ecrit bien les genes et transcripts dans les fichiers ...

Code :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
 
use Bio::SeqIO;
 
my $fasta_file;
my $input;
 
my @transcript;
my @genes;
 
 
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file ,"file=s" => \$input);
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $inp,'<',$input) or die "$input : $!\n\n";
 
# récupération des séquences et des identifiants
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	chomp $id;
	push (@transcript,$id);
 
}
 
open my $T, ">", "transcript_98.fasta";
say { $T } $_ foreach @transcript;
 
 
while (my $ligne=<$inp>) {
	chomp $ligne;
	push (@genes,$ligne);
} 
 
open my $G, ">", "liste_98.txt";
say { $G } $_ foreach @genes;
 
#foreach my $t(@transcript){
#	print "$t\n";
#}
 
 
foreach my $g (@genes){
	$g = quotemeta($g);	
	if (grep(/$g/i, @transcript)){
		print "$g\n";
	}
 
}

**Philou67430** · 30/03/2012, 11h50

Oui, mais il fallait poster ces fichiers...
Bon, là, je ne serai plus dispo avant lundi. A+

**Isabella83** · 30/03/2012, 12h11

Grace aux fichier que vous m'avez fait générés et en appliquant od -c à ces fichiers, j'ai pu identifier le problème qui vient en fait de "\r" après chaque gene dans le fichiers gene.txt ....
J'ai donc ajouté

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$g =~ s/\r//g;

avant le quotemeta ... et cela fonctionne !
Merci beaucoup pour votre aide et bon week end

Comparaison de deux listes

Langage Perl

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