réordonner une matrice (Parseur)

**Philou67430** · 11/04/2012, 09h00

Je ne comprends plus vraiment :
- le tableau se trouvant après la liste n'est-il plus la matrice à ré-ordonner ?
- la matrice à ordonner se trouverait-elle dans un autre fichier ? de quel type ? comment sont organisées les données dans cet autre fichier ? ...

Bref, qu'attends-tu de plus que le script actuel ?

**Never.Down** · 11/04/2012, 10h31

Bonjour,

je n'attends plus rien de ce script. Merci beaucoup.

Vous m'avez posé la question sur ce que je voulais faire de plus concernant ce que j'ai posté tout au début (concernant l'ordre des lignes dans cette matrice) et je vous ai dis que j'ai changé d'avis; et qu'au lieu de changer l'ordre de cette matrice je vais changer l'ordre dans un autre tableau.

Ce tableau est dans un autre fichier a part et n'a rien à voir avec ce que j'ai présenté jusqu'à maintenant. Un tableau qui fournit des information sur les différentes séquences et que je veux présenter dans le même ordre que la matrice obtenu à la fin de ce script (qui est le même ordre du fichier d'entrée)

Juste pour vous monter comment est ce tableau je vous donne un exemple sur le même jeu de données(je note encore que ce tableau se trouve dans un autre fichier).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
 
Seq	logLong	freq
CparCP02	2,45	125
HjCP01	4,69	136
GclCP02	3,97	152
FoCP01	4,23	179
VdaCP02	2,99	148
VaaCP02	3,35	201
HjCP02	4,02	167
GmoCP01	3,71	192
TviCP01	2,89	165
 
que je veux ordonner selon cette liste là qu'on a afficher au début du script:
 
[
             'CparCP02',
             'HjCP01',
             'GclCP02',
             'FoCP01',
             'VdaCP02',
             'VaaCP02',
             'HjCP02',
             'GmoCP01',
             'TviCP01'
           ],

Merci et Bonne journée

**Philou67430** · 11/04/2012, 12h03

OK, bonne journée.

**Never.Down** · 11/04/2012, 12h24

j'ai modifié le script de tel façon à lui fournir le fichier directement.

j'ai également supprimé EXPECTED et REF. Chose qui devrait pas influer sur notre script.

et en l’exécutant sans les 3 lignes. je n'ai eu aucune erreur (erreur non apparente !!!)

et en gardant les 3 dernière ligne pour voir si j'obtiens le même résultat j'ai eu cette errer:

$mafft = [];

Can't use an undefined value as an ARRAY reference at reorder.pl line 16, <$MAFFT> line 1.

reorder.pl est le nom du parseur

et e ne comprends pas pourquoi il concidère la ligne 1 (line 1) vue que nous avons ignoré les 3 premières lignes !!!

voici les modification que j'ai exécuté et vous pouvez voir que je n'ai pas apporté de grandes modifications !!!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use feature qw(:5.10);
use List::MoreUtils qw(each_array pairwise);
use Data::Dumper;
 
my $mafft = "fasta.fa.hat2";
 
 
sub print_mafft {
  my ($table, $col) = @_;
 
  my @col_names = $col ? @$col : @{$table->[0]};
  say join "\t", ".", @col_names;
  my @lines = @col_names;
  foreach my $line (@{$table->[1]}{@col_names}) {
    my $line_name = shift @lines;
    say join "\t", $line_name, map $line->{$_} // $table->[1]->{$_}->{$line_name} // "0", @col_names;
  }
}
 
 
# Parsing de $mafft
open my $MAFFT, "<", \$mafft or die "Can't read variable \$mafft: $!";
# Ignorer les 3 premières lignes
<$MAFFT>;<$MAFFT>;<$MAFFT>;
#my @col_names;
my @mafft;
my @lines;
our ($a, $b);
while (defined(my $line = <$MAFFT>)) {
  if (my ($line_name) = $line =~ /\|\s*(.+?)\s*\|/) {
    # get a line name
    push @{$mafft[0]}, $line_name;
  }
  elsif (@{$mafft[0]}) {
    @lines = @{$mafft[0]} if !@lines;
    my $line_name = shift @lines;
    chomp($line);
    my @columns = split /\s+/, $line;
    $mafft[1]->{$line_name} = { pairwise { defined $b ? ($a, $b) : () } @lines, @columns };
  }
}
say Data::Dumper->Dump([\@mafft], [qw($mafft)]);
print_mafft(\@mafft);
print_mafft(\@mafft, [qw(CparCP02 FoCP01 GmoCP01 GclCP02 HjCP01 HjCP02 TviCP01 VaaCP02 VdaCP02)]);

**Philou67430** · 12/04/2012, 10h17

Le script est écrit pour lire le fichier d'entrée depuis une variable ($mafft) et non pas depuis un fichier sur le disque.

Or, tu as modifié la variable $mafft en remplaçant le contenu du fichier par son nom.
Il faut donc faire évoluer cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

open my $MAFFT, "<", \$mafft or die "Can't read variable \$mafft: $!";

ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

open my $MAFFT, "<", $mafft or die "Can't read input file $mafft: $!";

**Never.Down** · 12/04/2012, 17h50

Bonjour,

Merci pour la réponse;Effectivement j'ai fait ce que vous m'avez demandé de faire et j'ai obtenu ce que je voulais.

J'ai ajouté aussi 2 nouveaux fichiers:
un pour pouvoir enregistrer la sortie.
et un autre pour afficher la liste des séquences afin de l'exploiter ailleurs.

le soucis que j'ai c'est que le tableau de sortie est décalé !!!

il y a une ligne qui est vide et qui décale tout le tableau et je ne sais pas comment est ce possible !!!
voici le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use feature qw(:5.10);
use List::MoreUtils qw(each_array pairwise);
use Data::Dumper;
 
my $mafft = "fasta.fa.hat2";
 
my $fic="MAFFT.csv";
 
my $list= "list.csv";
 
sub print_mafft {
  my ($table, $col) = @_;
 
  my @col_names = $col ? @$col : @{$table->[0]};
  say LIST join "\n", @col_names;
  say NEWFIC join "\t", "", @col_names;
  my @lines = @col_names;
  foreach my $line (@{$table->[1]}{@col_names}) {
    my $line_name = shift @lines;
    say NEWFIC join "\t", $line_name, map $line->{$_} // $table->[1]->{$_}->{$line_name} // "0", @col_names;
  }
}
 
# Parsing de $mafft
open my $MAFFT, "<", $mafft or die "Can't read variable $mafft: $!";
 
#Créer un fichier dans lequel j'enregistre la liste des séquences
unless (open(LIST,">$list")){
print "imppssioble d'ouvrir le fichier $fic\n";
exit;
}
 
#crérer un nouveau fichier dans lequel j'enregistre la sortie
unless (open(NEWFIC,">$fic")){
print "imppssioble d'ouvrir le fichier $fic\n";
exit;
}
 
# Ignorer les 3 premières lignes
<$MAFFT>;<$MAFFT>;<$MAFFT>;
#my @col_names;
my @mafft;
my @lines;
our ($a, $b);
while (defined(my $line = <$MAFFT>)) {
  if (my ($line_name) = $line =~ /\|\s*(.+?)\s*\|/) {
    # get a line name
    push @{$mafft[0]}, $line_name;
  }
  elsif (@{$mafft[0]}) {
    @lines = @{$mafft[0]} if !@lines;
    my $line_name = shift @lines;
    chomp($line);
    my @columns = split /\s+/, $line;
    $mafft[1]->{$line_name} = { pairwise { defined $b ? ($a, $b) : () } @lines, @columns };
  }
}
print_mafft(\@mafft);

et voilà ce que j'obtiens en sortie:

CparCP02 HjCP01 GclCP02 FoCP01 VdaCP02 VaaCP02 HjCP02 GmoCP01 TviCP01
CparCP02 0 0.333 0.335 0.363 0.282 0.281 0.326 0.363
HjCP01 0 0.346 0.195 0.312 0.312 0.360 0.195
GclCP02 0.333 0 0.386 0.300 0.300 0.251 0.386
FoCP01 0.335 0.346 0 0.341 0.341 0.382 0.012
VdaCP02 0.363 0.195 0.386 0 0.008 0.306 0.342
VaaCP02 0.282 0.312 0.300 0.341 0 0.305 0.341
HjCP02 0.281 0.312 0.300 0.341 0.008 0 0.385
GmoCP01 0.326 0.360 0.251 0.382 0.306 0.305 0
TviCP01 0.363 0.195 0.386 0.012 0.342 0.341 0.385 0

et aussi j'obtien des erreurs et ces suerment que c'est erreurs qui sont la cause de se décalage.
voici les erreurs:

Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 13.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 14.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 15.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 16.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 17.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 18.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 19.
Use of uninitialized value in anonymous hash ({}) at reorderF.pl line 60, <$MAFFT> line 20.

Merci pour tout

**Never.Down** · 12/04/2012, 17h58

la matrice n'apparait pas très claire voici une image qui montre le décalage.

Cordialement

**Philou67430** · 13/04/2012, 10h30

Il me faudrait le fichier d'entrée (fasta.fa.hat2) pour pouvoir tester en réel.
Cela dit, je doute pouvoir y parvenir avant lundi

**Never.Down** · 13/04/2012, 10h45

Bonjour, Vous pouvez avoir le fichier en suivant ce lien
http://www.mediafire.com/?6fkzb6wepnyf0sx

Sinon, je vais travailler en collant le fichier directement dans le script et j'essayerai de trouver la petite lacune.

Merci et Bon Weekend

**Never.Down** · 17/04/2012, 10h12

Bonjour, Je voudrai vous faire connaitre que même en remplaçant l'exemple actuel par celui que j'envoie dans que dernier commentaire; La même chose se passe. La matrice est décalée et il y a toujours cette ligne diagonale vide qui apparait.

Ce n'est pas vraiment pour ça que je veux vous communiquer mais plutôt un autre problème auquel je suis confronté.

En passant à une échelle un peu plus grande (77 séquences) le programme n'écrit pas les distances de chaque séquence en une seule ligne mais il fait des retour à la ligne après chaque 12 valeurs. et donc je ne peux appliquer le parseur. Ce qui m'obligeait à le remettre les valeurs dans une seule ligne puis l'appliquer et ensuite modifier ce décalage.

Est il possible de remettre les distances sur une seule ligne avant de procéder la suite?

j'ai pensé à faire une boucle qui lit le nombre de séquence (à partir des noms de séquence qu'on récupère) puis lire les ligne l'une après l'autre et arrêter une fois qu'on attends (le nombre -1) puis on fait un retour à la ligne et on continue la lecture jusqu’à atteindre (le nombre -2) ainsi de suite jusqu'à la fin.

je joins ici le nouveau exemple que je prends pour le visualiser.
http://www.mediafire.com/?duldbkdl7gmdbxz

Merci beaucoup.

**Philou67430** · 18/04/2012, 15h27

Envoyé par Never.Down

la matrice n'apparait pas très claire voici une image qui montre le décalage.

Cordialement

OK, je vois la même chose, je vais passer en debug pour corriger.
Pourrais-tu me redonner ta version du script ?

**Never.Down** · 18/04/2012, 15h43

Bonjour,

j'ai compris en faite d'ou viens le probleme. C'est qu'au début de la matrice il y a un espace et c'est cet espace qui provoque le décalage est donc la colonne vide au début de chaque ligne car en suppriment cette espace au début je n'ai aucun probleme.

Par contre, le soucis reste quand même le format de la matrice en passant à une grande echelle. Pour l'instant je remets manuellement tout sur une seule ligne et je supprime manuelement aussi le premier espace et j'applique le script et il marche à merveille.

je vous fais une copie du scripte que j'ai fais pour les 29 séquence et le fichier d'entrée je l'ai posté dans les anciens commentaire.

Cordialement
P.S: dans le scriipt les modification sont déjà faites.

Voici le script:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use feature qw(:5.10);
use List::MoreUtils qw(each_array pairwise);
use Data::Dumper;
 
my $fic="MAFFT.csv";
 
my $mafft = <<"MAFFT";
1
29
0.995
   1. =8370|CgraCP01| [Colletotrichum_graminicola]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   2. =8362|CgraCP02| [Colletotrichum_graminicola]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   3. =3395|CparCP02| [Cryphonectria_parasitica]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   4. =5353|FoCP01| [Fusarium_oxysporum]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   5. =5228|FoCP02-1| [Fusarium_oxysporum]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   6. =5229|FoCP02-2| [Fusarium_oxysporum]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   7. =8380|GgrCP02| [Gaeumannomyces_graminis]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   8. =3415|GmoCP01| [Gibberella_moniliformis]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
   9. =5355|GmoCP02| [Gibberella_moniliformis]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|3_Introns|complete|
  10. =5354|GzCP01| [Gibberella_zeae]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  11. =2338|GzCP02| [Gibberella_zeae]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  12. =8363|GclCP02| [Grosmannia_clavigera]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  13. =2539|HjCP01| [Hypocrea_jecorina]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  14. =5459|HjCP02| [Hypocrea_jecorina]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  15. =5403|LmaCP01| [Leptosphaeria_maculans]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  16. =2337|MgrCP02| [Magnaporthe_grisea]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  17. =9926|MgCP02| [Mycosphaerella_graminicola]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  18. =8394|MpiCP01| [Mycosphaerella_pini]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  19. =5480|NhaeCP01| [Nectria_haematococca]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|3_Introns|complete|
  20. =5374|NhaeCP02| [Nectria_haematococca]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  21. =6601|PEchCP01| [Penicillium_chrysogenum]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|3_Introns|complete|
  22. =3449|PnoCP01| [Phaeosphaeria_nodorum]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  23. =5798|PtritCP01| [Pyrenophora_tritici-repentis]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  24. =5797|TatCP01| [Trichoderma_atroviride]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  25. =5800|TatCP02| [Trichoderma_atroviride]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  26. =5799|TviCP01| [Trichoderma_virens]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  27. =8376|TviCP02| [Trichoderma_virens]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  28. =7191|VaaCP02| [Verticillium_albo-atrum]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
  29. =3414|VdaCP02| [Verticillium_dahliae]|Ascomycota|Catalase_peroxidase|complete|
0.306 0.334 0.204 0.321 0.313 0.316 0.207 0.320 0.218 0.309 0.355 0.151 0.349 0.227 0.305 0.358 0.207 0.197 0.306 0.212 0.221 0.222 0.162 0.361 0.162 0.357 0.307 0.308
0.285 0.331 0.195 0.192 0.236 0.331 0.200 0.328 0.198 0.316 0.310 0.323 0.328 0.155 0.328 0.320 0.321 0.184 0.310 0.343 0.328 0.311 0.336 0.306 0.322 0.209 0.211
0.358 0.303 0.301 0.314 0.360 0.304 0.368 0.298 0.326 0.332 0.337 0.355 0.314 0.360 0.361 0.336 0.310 0.342 0.374 0.356 0.334 0.339 0.336 0.338 0.295 0.295
0.345 0.344 0.354 0.012 0.349 0.094 0.338 0.387 0.197 0.387 0.271 0.343 0.391 0.237 0.130 0.342 0.234 0.266 0.272 0.195 0.389 0.207 0.379 0.340 0.341
0.035 0.260 0.345 0.038 0.338 0.110 0.303 0.320 0.317 0.331 0.218 0.339 0.340 0.326 0.152 0.332 0.346 0.332 0.322 0.336 0.316 0.319 0.231 0.232
0.257 0.344 0.014 0.337 0.101 0.296 0.317 0.309 0.326 0.207 0.332 0.337 0.331 0.140 0.327 0.342 0.325 0.318 0.329 0.316 0.312 0.231 0.234
0.357 0.267 0.356 0.249 0.317 0.325 0.338 0.330 0.236 0.348 0.343 0.339 0.241 0.331 0.337 0.334 0.320 0.338 0.324 0.339 0.192 0.196
0.349 0.096 0.338 0.389 0.197 0.388 0.273 0.344 0.392 0.238 0.126 0.342 0.234 0.266 0.272 0.192 0.391 0.205 0.381 0.342 0.343
0.342 0.105 0.306 0.324 0.316 0.331 0.215 0.340 0.342 0.335 0.148 0.334 0.350 0.332 0.324 0.334 0.321 0.318 0.237 0.240
0.336 0.391 0.200 0.394 0.261 0.348 0.391 0.236 0.136 0.345 0.237 0.253 0.260 0.197 0.398 0.205 0.395 0.343 0.346
0.299 0.323 0.312 0.328 0.197 0.331 0.330 0.327 0.145 0.321 0.345 0.327 0.319 0.331 0.326 0.315 0.220 0.222
0.353 0.254 0.369 0.305 0.275 0.360 0.354 0.309 0.352 0.382 0.379 0.347 0.264 0.347 0.255 0.305 0.305
0.360 0.246 0.315 0.368 0.218 0.184 0.312 0.214 0.238 0.243 0.090 0.370 0.085 0.359 0.312 0.312
0.372 0.334 0.258 0.364 0.362 0.319 0.354 0.392 0.382 0.351 0.103 0.347 0.057 0.327 0.328
0.330 0.377 0.230 0.267 0.320 0.240 0.113 0.078 0.252 0.385 0.259 0.374 0.330 0.331
0.335 0.325 0.327 0.200 0.324 0.336 0.324 0.319 0.341 0.318 0.336 0.216 0.219
0.360 0.354 0.337 0.360 0.388 0.382 0.358 0.259 0.365 0.258 0.335 0.337
0.229 0.331 0.227 0.210 0.220 0.227 0.368 0.223 0.366 0.335 0.335
0.317 0.213 0.259 0.265 0.173 0.371 0.189 0.365 0.333 0.332
0.310 0.340 0.322 0.306 0.337 0.312 0.320 0.200 0.205
0.236 0.236 0.214 0.366 0.210 0.365 0.312 0.311
0.109 0.245 0.398 0.248 0.394 0.340 0.341
0.250 0.392 0.259 0.388 0.333 0.335
0.361 0.087 0.350 0.310 0.309
0.361 0.111 0.334 0.335
0.350 0.310 0.310
0.326 0.326
0.008
MAFFT
 
my $expected = <<"EXPECTED";
		CparCP02 FoCP01	GmoCP01	GclCP02	HjCP01	HjCP02	TviCP01	VaaCP02	VdaCP02
CparCP02	0.000	0.363	0.363	0.335	0.333	0.326	0.334	0.281	0.282
  FoCP01	0.363	0.000	0.012	0.386	0.195	0.382	0.204	0.341	0.341
  GmoCP01	0.363	0.012	0.000	0.386	0.195	0.385	0.203	0.341	0.342
  GclCP02	0.363	0.386	0.386	0.000	0.346	0.251	0.337	0.300	0.300
  HjCP01	0.335	0.386	0.195	0.346	0.000	0.360	0.085	0.312	0.312
  HjCP02	0.333	0.195	0.195	0.251	0.360	0.000	0.345	0.305	0.306
  TviCP01	0.334	0.204	0.203	0.337	0.085	0.345	0.000	0.309	0.308
  VaaCP02	0.281	0.341	0.341	0.300	0.312	0.305	0.309	0.000	0.008
  VdaCP02	0.282	0.341	0.342	0.300	0.312	0.306	0.308	0.008	0.000
EXPECTED
 
my $ref = <<"REF";
. p1 p2 p3
p1 0
p2 30 0
p3 40 55 0
REF
 
sub print_mafft {
  my ($table, $col) = @_;
 
  my @col_names = $col ? @$col : @{$table->[0]};
  say NEWFIC join "\t", "", @col_names;
  my @lines = @col_names;
  foreach my $line (@{$table->[1]}{@col_names}) {
    my $line_name = shift @lines;
    say NEWFIC join "\t", $line_name, map $line->{$_} // $table->[1]->{$_}->{$line_name} // "0", @col_names;
  }
}
 
 
 
# Parsing de $mafft
open my $MAFFT, "<", \$mafft or die "Can't read variable \$mafft: $!";
 
#crérer un nouveau fichier dans lequel j'enregistre la sortie
unless (open(NEWFIC,">$fic")){
print "imppssioble d'ouvrir le fichier $fic\n";
exit;
}
 
# Ignorer les 3 premières lignes
<$MAFFT>;<$MAFFT>;<$MAFFT>;
#my @col_names;
my @mafft;
my @lines;
our ($a, $b);
while (defined(my $line = <$MAFFT>)) {
  if (my ($line_name) = $line =~ /\|\s*(.+?)\s*\|/) {
    # get a line name
    push @{$mafft[0]}, $line_name;
  }
  elsif (@{$mafft[0]}) {
    @lines = @{$mafft[0]} if !@lines;
    my $line_name = shift @lines;
    chomp($line);
    my @columns = split /\s+/, $line;
    $mafft[1]->{$line_name} = { pairwise { defined $b ? ($a, $b) : () } @lines, @columns };
  }
}
say Data::Dumper->Dump([\@mafft], [qw($mafft)]);
print_mafft(\@mafft);

**Philou67430** · 18/04/2012, 15h58

Pour corriger l'histoire de l'espace, ajoute la ligne suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

    $line =~ s/^\s*//;

avant la ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

    @lines = @{$mafft[0]} if !@lines;

**Never.Down** · 18/04/2012, 17h03

j'ai ajouter ce que vous m'avez demander et j'ai testé et effectivement ça résoud le probleme.

Ce qui reste maintenant c'est de réarranger les lignes et tout serait fini. Merci beaucoup.

Cordialement

**Philou67430** · 18/04/2012, 17h17

Oui, je viens de voir : les lignes du tableau sont tronquées par des retours à la ligne.
La politique de lecture doit donc évoluer : il faut lire autant de ligne que nécessaire pour obtenir le nombre de colonne attendues.

J'y travaille, réponse ce soir ou demain... sous réserve.

**Never.Down** · 18/04/2012, 17h29

Oui c'est exactement ça... Est c'est un retour à la ligne après chaque 12 valeur. J'ai pris un autre exemple qui fais encore plus de séquence (82 seq) et c'est toujours la même chose (12valeurs et puis retour à la ligne) et c'est e que j'ai du remettre manuelement.

Merci énormément. j'apprécie beaucoup votre aide.

Cordialement

**Philou67430** · 18/04/2012, 19h21

Voici un nouveau script qui demande le nom du fichier fasta en paramètre d'appel :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use feature qw(:5.10);
use Data::Dumper;
 
my $mafft = $ARGV[0];
 
sub print_mafft {
  my ($table, $col) = @_;
 
  my @col_names = $col ? @$col : @{$table->[0]};
  say join "\t", ".", @col_names;
  my @lines = @col_names;
  foreach my $line (@{$table->[1]}{@col_names}) {
    my $line_name = shift @lines;
    say join "\t", $line_name, map $line->{$_} // $table->[1]->{$_}->{$line_name} // "0", @col_names;
  }
}
 
# Representation en mémoire :
# @mafft = ( [ qw(p3 p5 p2 p4 p1) ],
#            { p3 => { p3 => 0 },
#              p5 => { p3 => 12, p5 => 0 },
#            ... } );
 
# Parsing de $mafft
open my $MAFFT, "<", $mafft or die "Can't read $mafft: $!";
# Ignorer les 3 premières lignes
<$MAFFT>;<$MAFFT>;<$MAFFT>;
#my @col_names;
my @mafft;
my (@col_names, @col_matrix_line);
my $current_line_name;
while (defined(my $line = <$MAFFT>)) {
  if (my ($line_name) = $line =~ /\|\s*(.+?)\s*\|/) {
    # get a line name
    push @{$mafft[0]}, $line_name;
  }
  elsif (@{$mafft[0]}) {
    $line =~ s/^\s*//;
    # Initialize the column names vector
    @col_names = @{$mafft[0]} if !@col_names;
    # For each new matrix line, remove the first column name (distance from one to itself)
    if (!@col_matrix_line) {
      $current_line_name = shift @col_names;
      @col_matrix_line = @col_names;
    }
    chomp($line);
    my @columns = split /\s+/, $line;
    # get et remove the col_names which have to be updated with this line
    my @col_file_line = splice @col_matrix_line, 0, scalar(@columns);
    @{$mafft[1]->{$current_line_name}}{@col_file_line} = @columns;
  }
}
print_mafft(\@mafft);

Utilisation :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl matrix.pl 77fasta.fa.hat2 >MAFFT.csv

**Philou67430** · 19/04/2012, 13h50

Alors ??? ça marche ?

**Never.Down** · 20/04/2012, 16h25

Bonjour,

désolé de n'avoir pas pu me connecter et donc vous répondre avant.

j'étais hospitalisée pour une intoxication. je suis sorti ce matin.

Sinon, je viens de tester le parseur et je l'ai modifier de tel sorte que je lui fourni le fichier d'entrée et j’enregistre le résultat dans un autre fichier en sortie et il fonctionne à Merveille.

je ne sais pas comment pourrais-je vous remercier.

Merci Merci Merci et je suis désolé si je vous ai pris beaucoup de votre temps.

Cordialement