Discussion :

[karaudrey88]

Bonjour,
J'ai intégré quelques fonctions R dans un script perl.
Les fichiers voulus sont bien créés en revanche j'ai un petit problème avec le fichier de sortie R. Dans ce fichier je doit retrouver le résultat des fonctions R et non le script lui même.
Quelqu'un pourrait il m'aider SVP Merci.
Voici le code utilisé

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
 
my ($sample1,$sample2);
GetOptions(	"sample1:s" => \$sample1,
		"sample2:s" => \$sample2			
);
 
if (!defined $sample1) {
	die "Error : samlpe1 missing\n";
}
if (!defined $sample2) {
	die "Error : samlpe2 missing\n";
}
 
#create R file instructions file
my $routfile = "$sample1\_$sample2.R";
open (ROUT,">$routfile")or die "\nError : $routfile file could not be created: $!\n";
print ROUT qq(
m <- read.table ("$sample1\")
p <- read.table ("$sample2\")
res <- numeric(ncol(m))
for(i in 1:ncol(m))
	res[i] <- var.test(m[,i]  , p[,i])\$p.value  
	res
);
close ROUT;
 
 
#create qsub file
my $qsuboutfile = "$sample1\_$sample2.qsub";
open (QSUB,">$qsuboutfile")or die "\nError : $qsuboutfile file could not be created: $!\n";
print QSUB qq(#!/bin/bash
#\$ -S /bin/bash
#\$ -V
#\$ -m ea
#\$ -o $qsuboutfile.out
#\$ -e $qsuboutfile.err
#\$ -cwd
#\$ -q short.q
#\$ -pe thread 3
 
# command(s):
R CMD BATCH  $routfile
);
close QSUB;

[Beniou]

Bonjour,

Les fichiers voulus sont bien créés en revanche j'ai un petit problème avec le fichier de sortie R. Dans ce fichier je doit retrouver le résultat des fonctions R et non le script lui même.

C'est un peu flou comme demande : que veux-tu dire ?

Le fichier de sortie de R pour toi est le fichier $routfile (ROUT) ou bien le fichier de sortie après l'exécution de la commande R CMD BATCH ??

Donne un exemple de ce que tu as et de ce que tu souhaites pour comprendre un peu mieux...

[karaudrey88]

Les fichiers .R et .qsub sont bien créés mais pas par contre les fichiers .qsub.err et .qsub.out ne sont pas créés. Or moi j'aimerai ce qu'il se créé quand je lance le programme ainsi je n'ai pas besoin de taper la commande qsub file.qsub pour chaque échantillon.

[Beniou]

Grosso modo, tu veux lancer la commande qsub sur ton fichier à la fin de ton script si je comprends bien. Pour lancer uen commande en PERL et récupérer la sortie (ici ton Job ID), tu peux utiliser les backquotes (`)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Launch file on cluster
my $job_id = `qsub $qsuboutfile`;
print "JOB ID : $job_id\n";

Note : attention les backquotes (`) sont différents des quotes normales (')...

[karaudrey88]

Merci beaucoup BENJOU
Cela fonctionne très bien

[mathgon]

qsub, ça sent la grille Sun. Bon courage