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  1. #1
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    Par défaut commande "system" dans Perl

    Coucou les amis,

    J'ai un petit soucis avec mon script.
    Mon xml permet de choisir les données en input et mon script perl devrait récupérer ces arguments.

    Mais ce n'est pas le cas, l'argument est remplacé par le lien mais la commande "system" ne considère pas ça comme un fichier.
    J'ai testé : system ("date"); mais bizarre je n'ai même pas la date qui s'affiche O_o

    gth.xml
    Code :
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    <tool id="gth" name="GenomeThreader" version="1.4.9">
      <description>computes gene structure predictions </description>
      <command interpreter="perl">gth.pl $inputgen $inputcdna $output  </command>
      <inputs>
        <param format ="fasta" name="inputgen"  type="data"  label="genomic sequence" />
        <param format ="fasta" name="inputcdna" type="data"  label="cdna sequence"/>
      </inputs>
      <outputs>
        <data format ="tabular" name="output" />
      </outputs>
    </tool>
    gth.pl
    Code :
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    #!/usr/bin/perl -w
    open (IN, "<$ARGV[0]"); #genomic 
    open (IN2, "<$ARGV[1]"); #cdna
    open (OUT, ">$ARGV[2]");
     
    $resultat=system(" /home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1] ");
    #$resultat=system("date");
     
    print OUT "$resultat"; 
     
    close( IN );
    close (IN2);
    close( OUT );
    merci de votre aide ^ ^

  2. #2
    Membre expérimenté Avatar de Beniou
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    Par défaut

    Bonjour,

    Cela est normal, par défaut la commande system n'est pas faite pour récupérer le résultat d'une commande. La commande system va écrire le retour de la commande sur la sortie standard (STDOUT).

    Je te conseille d'utiliser les "backquote" pour exécuter ta commande et ainsi récupérer le résultat :
    Code :
    1
    2
    3
    my $resultat = `date`;
    print OUT $resultat;
    close(OUT);

  3. #3
    Invité régulier
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    Par défaut

    Alors ce que je voudrais justement c'est utiliser la commande system car en faisant comme tu dis, j'obtiendrai juste le string "date".
    Alors que moi je voudrais obtenir la date actuelle.

  4. #4
    Membre expérimenté Avatar de Beniou
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    Par défaut

    C'est parce que ce n'est pas une simple quote (') mais une backquote (`)...

    La backquote est en dessous du chiffre 7 sur un clavier azerty (combinaison des touches AltGr+7)

  5. #5
    Invité régulier
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    Par défaut

    Merci Beniou ça marche parfaitement !

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