Discussion :

[deltamoins]

Coucou les amis,

J'ai un petit soucis avec mon script.
Mon xml permet de choisir les données en input et mon script perl devrait récupérer ces arguments.

Mais ce n'est pas le cas, l'argument est remplacé par le lien mais la commande "system" ne considère pas ça comme un fichier.
J'ai testé : system ("date"); mais bizarre je n'ai même pas la date qui s'affiche O_o

gth.xml

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<tool id="gth" name="GenomeThreader" version="1.4.9">
  <description>computes gene structure predictions </description>
  <command interpreter="perl">gth.pl $inputgen $inputcdna $output  </command>
  <inputs>
    <param format ="fasta" name="inputgen"  type="data"  label="genomic sequence" />
    <param format ="fasta" name="inputcdna" type="data"  label="cdna sequence"/>
  </inputs>
  <outputs>
    <data format ="tabular" name="output" />
  </outputs>
</tool>

gth.pl

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
open (IN, "<$ARGV[0]"); #genomic 
open (IN2, "<$ARGV[1]"); #cdna
open (OUT, ">$ARGV[2]");
 
$resultat=system(" /home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1] ");
#$resultat=system("date");
 
print OUT "$resultat"; 
 
close( IN );
close (IN2);
close( OUT );

merci de votre aide ^ ^

[Beniou]

Bonjour,

Cela est normal, par défaut la commande system n'est pas faite pour récupérer le résultat d'une commande. La commande system va écrire le retour de la commande sur la sortie standard (STDOUT).

Je te conseille d'utiliser les "backquote" pour exécuter ta commande et ainsi récupérer le résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $resultat = `date`;
print OUT $resultat;
close(OUT);

[deltamoins]

Alors ce que je voudrais justement c'est utiliser la commande system car en faisant comme tu dis, j'obtiendrai juste le string "date".
Alors que moi je voudrais obtenir la date actuelle.

[Beniou]

C'est parce que ce n'est pas une simple quote (') mais une backquote (`)...

La backquote est en dessous du chiffre 7 sur un clavier azerty (combinaison des touches AltGr+7)

[deltamoins]

Merci Beniou ça marche parfaitement !