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  1. #1
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    Par défaut Manipulation sequence fichier fasta

    Bonjour à tous,

    J'ai un problème avec la manipulation d'un fichier fasta.
    Il ressemble à cela :

    >pi1
    ATGCGTGAAATGCAT
    >pi2
    TGCCCTGATAGGGACCAGTAGAC
    >pi3
    ATGCGTGAAATGCATA
    >pi4
    TGCATGACTA
    >pi5
    ATGCGTGAAATGCATAT

    J'ai mis en gras les pi ayant la même séquence, et je souhaite garder seulement la plus longue sequence, donc mon nouveau fichier :
    >pi5
    ATGCGTGAAATGCATAT
    >pi2
    TGCCCTGATAGGGACCAGTAGAC
    >pi4
    TGCATGACTA

    Je n'ai aucune idée de comment faire ce genre de chose, quelqu'un pourrait m'aider ?

    Merci d'avance.

  2. #2
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    Par défaut

    Hello,
    Quelles sont les conditions exactes pour que le pi soit et ne soit pas choisi ?
    (longueur minimum en commun par exemple)
    Z.

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