Discussion :

[tom77380]

Bonjour,

Je dispose de 2 tables que voici

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CREATE TABLE POSITION(
NumeroChr VARCHAR(25),
IdEnsembl VARCHAR(25),
...
...
Foreign key (NumeroChr) references CHROMOSOME(NumeroChr),
Foreign key (IdEnsembl) references GENE(IdEnsembl));
 
 
 
CREATE TABLE CHROMOSOME(
NumeroChr VARCHAR(25),
Taille INT CHECK(Taille >= 0),
Primary key (NumeroChr));

Voici mon problème, je commence par insérer mes données dans la table chromosome, cela ne pause aucun problème. Mais lorsque je tente de remplir ma table POSITION, j'obtiens le message d'erreur suivant :

psycopg2.IintegrityError:insert or update on table "position" violate foreign key constraint "position_numeroChr_fkey"
DETAIL: Key (numerochr) = ("X"') is not present in table "CHROMOSOME".

Pourtant les chromosome (1,2,3... ect) sont bien implémentés dans la table position, le chromosome X est lui bel et bien présent dans la table CHROMOSOME, mais ne s'implémente pas la table POSITION, je ne comprends pas pourquoi, si vous avez une idée je suis preneur

[punkoff]

DETAIL: Key (numerochr) = ("X"') is not present in table "CHROMOSOME".

Bonjour,

Pour moi vous avez un problème de quote ou double quote (qui encadre le X)

[tom77380]

Désolé j'ai recopié le message d'erreur à la main, le X est entouré uniquement de double quote:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

"X"

[punkoff]

quel est votre requête d'insert ?
Ceci devrait marcher sans problème, je reste sur ma 1ere pensée => problème avec des quote en trop

[hariman]

Bonjour,

Cette erreur survient quand on crée un enregistrement avec une valeur inexistante pour une clé etrangère.

Vérifie si la table POSITION contient bien un enregistrement avec NumeroChr = "X".

[tom77380]

Je ne suis pas au travail actuellement, je vous montrerai la requête en fin d'après midi.

Vérifie si la table POSITION contient bien un enregistrement avec NumeroChr = "X".

Justement c'est quand je veux insérer la valeur X avec un script dans ma table POSITION que je reçois ce message d'erreur, alors que les autres valeurs de humerochr s'implémentent correctement, et le type de numerochr est VARCHAR, cela devrait marcher :/

[tom77380]

Voici mon script python permettant l'insertion (avec la requête d'insertion):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/python
 
# Import des modules python pour postgresql
import psycopg2
import psycopg2.extras
 
 
 
# Programme de lecture du fichier biomart.txt 
# de decoupage des informations pour les mettres dans la table Position
# de notre base de donnees.
 
 
# Programme Principal
if __name__ == '__main__':
 
    # Entrer le nom du schema de la base!
    schema = raw_input("Entrez le nom du schema de la base [public] : ")
    # Par defaut le nom du schema sera cours
    if schema == "":                # l'utilisateur n'a rien rentre
        schema="public"     # alors schema=public par defaut
 
 
 
    geneFileName = raw_input("Entrez le nom du fichier contenant \
la liste des genes [biomart.txt] : ")
 
    # Par defaut le nom du fichier a lire sera gene.txt
    if geneFileName == "":          # l'utilisateur n'a rien rentre
        geneFileName="biomart.txt"     # alors genefilename=valeur par defaut
 
    print geneFileName
 
    # On ouvre le fichier que l'on veut lire!
    geneFile = open(geneFileName,"r")    # r indique lecture
 
    # Lecture d'un ligne dans le fichier des genes
    # Lecture de la premiere ligne avec les noms de colonnes
    ligne = geneFile.readline()
 
    # connection a la base de donnees pour permettre l'insertion des genes
    try:
        # Connecteur a la base de donnees
        connecteur = psycopg2.connect("dbname='ma_base' host='localhost' user='postgres' password='slivoide'")
        cur = connecteur.cursor(cursor_factory=psycopg2.extras.DictCursor)
 
    except Exception, e:
            print "<h1>Erreur lors de l'execute</h1>"
            print e.pgcode
            print e.pgerror
 
 
 
    # Lecture des lignes suivantes avec les informations sur les positions.
    for ligne in geneFile.readlines():
        ligne = ligne.rstrip('\n') # on retire le dernier caractere (retour chariot)
 
        cols = ligne.split('	')    # Decoupage de la ligne pour recuperer les differents elements
        idensembl  = cols[0]       # Colonne 0 le nom du gene
        numerochr = cols[1]        # Colonne 1 le numero de chromosome
        debut = cols[2]     
        fin = cols[3]
	sens = cols[7]
 
        #
        requetePosition = "insert into "+schema+".position (numerochr,idensembl,debut,fin,sens) values ('"+str(numerochr)+"','"+str(idensembl)+"','"+str(debut)+"','"+str(fin)+"','"+str(sens)+"')";
 
 
 
        # Maintenant on peut inserer les positions
        cur.execute(requetePosition)
       	connecteur.commit()
 
 
 
 
    geneFile.close();

[punkoff]

votre probleme releve du python (ou des données de votre fichier .txt) et non de pgsql. si vous faites cette insert à la main, via pgadmin par exemple, il marchera sans problème.