[langage] remplacer les caractères d'une chaine

**perlaud** · 11/05/2004, 12h30

Bonjour je suis débutante en Perl, et j'aimerai connaître la fonction Perl qui permet de remplacer certains caractères pas d'autres caractères ( qui correspond à la fonction str_replace en php).

Par exemple, je veux remplacer le A en U, le U en A, le G en C et le C en G.

soit ACGUCGA en UGCAGCU

merci beaucoup!

**ma2th** · 11/05/2004, 13h28

Salut,

Je crois que tu peux utiliser une des grandes forces de perl: Les expressions régulières.
Par exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

s/A/U

change les A en U.
Pour avoir des infos, va ici: http://www.lhullier.org/publications/intro_perl/chapitre10.html
Dis moi si tu y arrives! Bon courage!

Matthieu

**perlaud** · 11/05/2004, 14h14

merci de ta réponse mais je n'y arrive toujours pas!

car je ne vois pas comment il faut insérer s/A/U.

perlaud

**ma2th** · 11/05/2004, 15h03

tu peux essayer quelque chose comme ca:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
my $chaine="ACGUCGA";
$chaine=~s/A/U;
print $chaine;

Un truc comme ca. essaye et dis moi ce que ca fait!
Attention: code non testé!

Matthieu

**schnecke** · 11/05/2004, 15h15

Bonjour !
ce que tu cherches, c'est plutôt l'opérateur tr qui s'utilise comme suit:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$string =~ tr/ACGUCGA/UGCAGCU/

**rh0D'm@n** · 11/05/2004, 15h30

...
Par exemple, je veux remplacer le A en U, le U en A, le G en C et le C en G.

Bonjour,
mon explication va te paraitre un chouillat mathématique mais bon ton énnoncé me parait un peu ... biologique (ADN)

Soit $adn ta chaine de caractères à convertir.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$adn =~ tr/AUGC/UACG/g

Explications :
=~ veut dire ressemble à ...
tr pour translate
g pour global

=> ce qui donne en français : si ma chaine de caractères $adn contient les caractères A, U, G, ou C (1er motif) alors traduit moi cette chaine en remplaçant A par U ... et ce tant qu'il y a des occurences du motif (option g)

Voilà c'est tout.

A++

**ma2th** · 11/05/2004, 16h17

ah oui, c'est ca....

je savais bien qu'il y avait un truc qui faisait ca...

Matthieu

**perlaud** · 11/05/2004, 17h09

Ca ne marche tjrs pas!!

Voici, l'erreur qu'il m'indique:

File "Macintosh HD:Users:audrey

ocuments:valeur_thermodynamique.pl"; Line 50: Bareword found where operator expected near "tr/ACGU/UGCA/g"

File "Macintosh HD:Users:audrey

ocuments:valeur_thermodynamique.pl"; Line 50: syntax error near "tr/ACGU/UGCA/g"

perlaud

**schnecke** · 11/05/2004, 17h43

il faut enlever le g.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$adn =~ tr/AUGC/UACG/;

ca devrait lui regler son compte !

**rh0D'm@n** · 11/05/2004, 18h41

c'est vrai ... sans le g c'est mieux ...
ça m'apprendra à ne pas tester le code que je fourni ...

désolé ;-)

**perlaud** · 11/05/2004, 21h11

J'ai encore un problème, en fait, je n'arrive pas à "remplacer" les 4 caractères en même temps!

Voici ce que j'ai codé:

$chaine="ACGGUACGCGCGCGU";
$chaine=~tr/A/U/;
$chaine=~tr/U/A/;
$chaine=~tr/G/C/;
$chaine=~tr/C/G/;

print $chaine ."\n";

et voici ce que j'obtiens:

AGGGAAGGGGGGGGA

Donc ca change bien A en U mais après, ça rechange U en A ( idem pour G et C). Comment faire pour éviter ça?

merci

perlaud