obtenir la classification phylogenetique à partird'un rapport GenBank

**marie.lefebvre1608** · 09/08/2011, 19h20

bonjour

En parsant un rapport GenBank j'ai reussi à obtenir un tableau contenant la classification de mon espece.Maintenant j'aimerai classer mes résultats par ordre ,classe et sous embranchement.
Pour cela j'ai essayer d'utiliser bio::species et bio::taxon mais impossible d'obtenir ce que je cherche la seule chose que j'arrive à obtenir c'est le genre (qui ne m'interesse pas)

si quelqu'un vois une solution je suis preneuse car là je suis complètement bloquée

Merci

**Jasmine80** · 11/08/2011, 10h11

Bonjour Marie,

En parsant un rapport GenBank j'ai reussi à obtenir un tableau contenant la classification de mon espece.Maintenant j'aimerai classer mes résultats par ordre ,classe et sous embranchement.

La classification selon quel critère?
Peux-tu me donner un accession pour lequel tu dois retrouver l'ordre, la classe et le sous-embranchement?

La taxonomie n'est pas mon domaine et je n'ai qu'une seule fois travailler sur les taxons. J'avais écrit un script récupérant l'organisme, l'isolat et le taxon. Celui-ci pourra peut-être t'aider pour te donner des pistes.

entrée :
-------------

my $query_string = "DQ426532 [Accession]";

sortie :
-----------

description : Aspergillus versicolor isolate YNLF-29 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence.
organism : Aspergillus_versicolor
accession : DQ426532
gi number : 89348008
seq_length : 521

==> division : Plants
organism : Aspergillus_versicolor
isolate : YNLF-29
mol_type : genomic DNA
db_xref : taxon:46472
isolation_source : air in hospital laboratory environment
note : PCR_primers=fwd_name: ITS1, rev_name: ITS4

Code :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
 
#------------- Feature2.pl 
# Bio::SeqFeatureI - Abstract interface of a Sequence Feature
 
 
 
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Taxonomy;
 
my $tax = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'entrez');
 
 
my $db="nucleotide";
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
 
my $query_string = "DQ426532 [Accession]";
 
my $query = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db=>$db,
				    -query=>$query_string,
				  );
 
 
 
eval { $gb->get_Stream_by_query($query)};
 
if ($@) {
	print "0\n";
}
 
else{
	my $stream = $gb->get_Stream_by_query($query);
 
	while (my $gb_data = $stream->next_seq){
 
		use Data::Dumper;
		# print Dumper $gb_data;
 
		my $description = $gb_data->desc();
		print "\ndescription : $description\n";
		my ($orga) = $description =~ m/(\w+\s\w+)/;
		$orga =~ s/\s/_/;
		print "organism : $orga\n";
 
		my $accession = $gb_data->accession_number();
		print "accession : $accession\n";
		my $gi = $gb_data->primary_id();
		print "gi number : $gi\n";
 
		my $sequence = $gb_data->seq();
		my $ref_sequence = \$sequence;
		my $seq_length = length($sequence);
		print "seq_length : $seq_length\n\n";
 
 
 
		my $taxon = $tax->get_taxon(-gi => $gi);
		my $division = $taxon->division();
 
		print "==> division : $division\n";
 
 
		my ($organism, $strain, $isolate, $mol_type, $chromosome, $db_xref, $isolation_source, $note);				
		my ($product, $len, $strand, $start, $end, $sous_seq);
 
 
		# Returns an array of sub Sequence Features
		foreach my $feat ( $gb_data->get_SeqFeatures() ) {
 
			if($feat->has_tag('organism') ){
				($organism) = $feat->get_tag_values('organism');
				$organism =~ s/\s/_/;
				print "organism : ", $organism, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('strain') ){
				($strain) = $feat->get_tag_values('strain');
				print "strain : ", $strain, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('isolate') ){
				($isolate) = $feat->get_tag_values('isolate');
				print "isolate : ", $isolate, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('mol_type') ){
				($mol_type) = $feat->get_tag_values('mol_type');
				print "mol_type : ", $mol_type, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('chromosome') ){
				($chromosome) = $feat->get_tag_values('chromosome');
				print "chromosome : ", $chromosome, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('db_xref') ){
				($db_xref) = $feat->get_tag_values('db_xref');
				print "db_xref : ", $db_xref, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('isolation_source') ){
				($isolation_source) = $feat->get_tag_values('isolation_source');
				print "isolation_source : ", $isolation_source, "\n";
			}
 
			if($feat->has_tag('note') ){
				($note) = $feat->get_tag_values('note');
				print "note : ", $note, "\n\n";
			}
 
		}
 
	}
}

NB : lorsque je dois récupérer des informations sur Genbank, lors de l'utilisation de leur objet, le module Data:

umper m'a toujours été d'une grande aide afin de voir les informations contenues dans ces objets souvent très complexes.

**marie.lefebvre1608** · 11/08/2011, 20h04

bonjour
tout d'abord merci pour ta réponse mais mon problème reste le même parceque j'ai l' impression que le module bio::taxon ne permet pas de faire ce que je veux
Je te donne une exemple pour le numéro d'accession HM385133.1 je souhaite afficher juste Crustacea Malocostra Isopoda . J’espère que j'ai été claire.
Merci d'avance

Marie

**Jasmine80** · 12/08/2011, 09h31

C'est très clair.

Voici comment utiliser Data::Dumper :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use Bio::Taxon;
use Data::Dumper;
 
 
#------------- bio_taxon.pl
# Bio::Taxon - A node in a represented taxonomy
 
 
# recherche de Crustacea Malocostra Isopoda
 
 
my $entrez_dbh = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'entrez');
 
my $gi = 300223465;
 
my $taxon = $entrez_dbh->get_taxon(-gi => $gi);
 
print Dumper $taxon;

Voici ce qui est renvoyé :

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$VAR1 = bless( {
                 '_id' => '829779',
                 'create_date' => '2010/06/17',
                 'db_handle' => bless( {
                                         '_entrez_params' => {
                                                               'retmode' => 'xml',
                                                               'report' => 'xml',
                                                               'db' => 'taxonomy',
                                                               'tool' => 'Bioperl'
                                                             },
                                         'requests_redirectable' => [
                                                                      'GET',
                                                                      'HEAD'
                                                                    ],
                                         'from' => undef,
                                         'timeout' => 180,
                                         'parse_head' => 1,
                                         'max_redirect' => 7,
                                         'protocols_forbidden' => undef,
                                         'no_proxy' => [],
                                         'protocols_allowed' => undef,
                                         'use_eval' => 1,
                                         '_entrez_url' => 'http://www.ncbi.nih.gov/entrez/eutils/',
                                         'agent' => 'libwww-perl/5.806',
                                         'def_headers' => undef,
                                         '_root_verbose' => 0,
                                         'proxy' => {},
                                         'max_size' => undef
                                       }, 'Bio::DB::Taxonomy::entrez' ),
                 '_desc' => {},
                 '_ncbi_tax_id_provided' => 1,
                 '_creation_id' => 1,
                 'update_date' => '2010/06/17',
                 '_names_hash' => {
                                    'scientific' => [
                                                      'Isopoda sp. BOLD:AAH4108'
                                                    ],
                                    'division' => [
                                                    'Invertebrates'
                                                  ]
                                  },
                 'genetic_code' => '1',
                 'mitochondrial_genetic_code' => '5',
                 'rank' => 'species',
                 'pub_date' => '2010/07/12'
               }, 'Bio::Taxon' );

Tu peux donc via Bio::Taxon récupérer Isopoda, mais pas Crustacea Malocostra.

**Jasmine80** · 12/08/2011, 11h19

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                                       'db_handle' => bless( {
                                                               'db' => {
                                                                         'node_data' => {
                                                                                          'list2' => [
                                                                                                       'Metazoa',
                                                                                                       'no rank'
                                                                                                     ],
                                                                                          'list9' => [
                                                                                                       'unclassified Isopoda',
                                                                                                       'no rank'
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                                                                                          'list5' => [
                                                                                                       'Malacostraca',
                                                                                                       'no rank'
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                                                                                          'list8' => [
                                                                                                       'Isopoda',
                                                                                                       'no rank'
                                                                                                     ],
                                                                                          'list4' => [
                                                                                                       'Crustacea',
                                                                                                       'no rank'
                                                                                                     ],
                                                                                          'list10' => [
                                                                                                        'Isopoda sp. BOLD:AAH4108',
                                                                                                        'no rank'
                                                                                                      ],
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                                                                                                       'no rank'
                                                                                                     ],
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                                                                                                       'no rank'
                                                                                                     ]
                                                                                        },

Les informations dont tu as besoin sont bien là (cf mon premier script), sans passer par Bio::Taxon.

obtenir la classification phylogenetique à partird'un rapport GenBank

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