Formatage d'un fichier

[chandlerbing87]

Bonjour à tous,

Je suis en train de formater un fichier qui correspond à ça :

A A C C A A T C T T T T
A A C G A A C C T A T T
A C T C T A G C C T A T
A A C C A A C C T T T A

où pour chaque ligne toutes les lettres sont séparées par une tabulation. Seulement le nombre de ligne et de colonne peut-être variable.

Et je souhaiterai avoir 1 colonne sur 2 un / comme ici :

A/A C/C A/A T/C T/T T/T
A/A C/G A/A C/C T/A T/T
A/C T/C T/A G/C C/T A/T
A/A C/C A/A C/C T/T T/A

j'ai déjà écris cela mais ça ne marche pas :

sed "s/\([ACGT]\)\([ACGT]\)/\1\/\2\\t/g" filename

Pouvez-vous m'aider ???

Cordialement

[zipe31]

Salut,

Un truc comme ça :

Code :

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
$ cat plop
A       A       C       C       A       A       T       C       T       T       T       T
A       A       C       G       A       A       C       C       T       A       T       T
A       C       T       C       T       A       G       C       C       T       A       T
A       A       C       C       A       A       C       C       T       T       T       A

$ sed 's#\([^\t]*\)\(\t\)\([^\t]*\)\(\t\|$\)#\1/\3\4#g' plop
A/A     C/C     A/A     T/C     T/T     T/T
A/A     C/G     A/A     C/C     T/A     T/T
A/C     T/C     T/A     G/C     C/T     A/T
A/A     C/C     A/A     C/C     T/T     T/A

Comme ta mise en forme n'est pas très explicite, il se peut que le résultat final ne soit pas conforme à tes attentes, mais la syntaxe devrait s'adapter facilement...

[chandlerbing87]

Je suis désolé d'abuser mais lorsque je tape la ligne de commande sed, ça ne fonctionne pas chez moi.... ça me sort exactement la même chose que lorsque je tape "cat plop".

[zipe31]

Quel système ?
Quelle version de sed ?
C'est bien des tabulations entre tes lettres au moins ?

Code :

cat -A ton_fichier

Pour vérifier que c'est bien des tabulations.
Le résultat doit ressembler à ça :

Code :

1
2
3
4
5
$ cat -A plop
A^IA^IC^IC^IA^IA^IT^IC^IT^IT^IT^IT$
A^IA^IC^IG^IA^IA^IC^IC^IT^IA^IT^IT$
A^IC^IT^IC^IT^IA^IG^IC^IC^IT^IA^IT$
A^IA^IC^IC^IA^IA^IC^IC^IT^IT^IT^IA$

[chandlerbing87]

Je suis sous Mac OS X 10.6.8.
Je ne connais pas la version de mon sed.
Et lorsque je fais cat -A il me dit cat : illegal option.

Merci de ton aide

[zipe31]

Envoyé par chandlerbing87

Je suis sous Mac OS X 10.6.8.
Je ne connais pas la version de mon sed.

Essaie avec sed --version

Et lorsque je fais cat -A il me dit cat : illegal option.

Essaie avec sed alors sed -n l fichier

[chandlerbing87]

Voila ce que j'obtiens en faisant sed -n l fichier

A\tA\tC\tC\tA\tA\tT\tC\tT\tT\tT\tT$
A\tA\tC\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tA\tT\tT$
A\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tC\tC\tT\tA\tT$
A\tA\tC\tC\tA\tA\tC\tC\tT\tT\tT\tA$

pour sed --version ça ne marche pas

[zipe31]

C'est bien des tabulations...

Essaie en remplaçant les "\t" par leur équivalent en hexa "\x09" :

Code :

sed 's#\([^\x09]*\)\(\x09\)\([^\x09]*\)\(\x09\|$\)#\1/\3\4#g'

[chandlerbing87]

J'abandonne même ça ne marche pas......

Merci beaucoup

[zipe31]

Attends !!! T'en vas pas...

Essaie comme ça :

Code :

sed 's#\([^\t]*\)\(\t\)\([^\t]*\)#\1/\3#g'

Des fois je suis c*n et je me complique la vie

[chandlerbing87]

Merci !!!!
Mais ça ne fonctionne toujours pas.
Il parait que la nuit porte conseil alors je vais re-regarder demain !!!

En tout cas merci beaucoup

[zipe31]

Est-ce qu'un simple sed 's/\t/ /g' fichier substitue bien toutes les tabulations par des espaces ?

[chandlerbing87]

Envoyé par zipe31

Est-ce qu'un simple sed 's/\t/ /g' fichier substitue bien toutes les tabulations par des espaces ?

Non donc mon fichier ne doit pas être bien crée.... Pourtant il n'y a pas 60 façons de le faire

[zipe31]

Je pencherai plus pour la version de sed

[chandlerbing87]

Merci ça fonctionne, j'ai testé ça sur un autre serveur et pas de problème mais avec un autre mac j'ai eu le même problème....

En tout cas merci pour tout et en particulier pour ta patience