question->existence module perl

[pontarose]

Bonjour,

J'ai regardé mais je ne vois, est ce quelqu'un serait si il existe en bioperl une manière de récupérer de faire ceci s'il vous plait

j'ai un fichier gff et j'aimerais ajouté à celui-ci une ligne qui contiendrait la position de début de l'UTR et la position de fin du dernier CDS

c'est sacha qui est unique

exemple:
nom1 env UTR 2 5 . + . UTR sacha
nom1 env CDS 6 25 . + . CDS sacha
nom1 env CDS 41 38 . + . CDS sacha
nom1 env UTR 39 50 . + . UTR sacha


nom1 env gene 2 50 . + . gene sacha


plusieurs cas, sont à distinguer:
* j'ai pas l'UTR ni de début ni de fin
* j'ai l'UTR de début mais pas de fin


mais si je n'ai pas de UTR, alors
nom1 env gene 6 38 . + . CDS sacha

UTR de début mais pas de fin
nom1 env gene 2 38 . + . CDS sacha