récupération de séquences via Bio::DB::EntrezGene

[Jasmine80]

Bonjour à tous,


J'ai une série de MIM dont j'aimerais récupérer la séquence :

MIM
600528
602044
600879
600438
608886
604517
601413
172430
131360
600857
191760
610958
116897
116898
601487
184756
164360
603774
138190
516040
113730
602490
605565
180250

On obtient ces entrées en frappant '600528 [MIM]' en query dans la DB Gene


J'ai donc installé le module Bio::DB::EntrezGene
Je travaille sur la séquence http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1374


Je n'ai pas réussi à récupérer la séquence à partir du MIM.
Par exemple pour le MIM 600528 dont le GI est 1374 :

Code :

1
2
3
4
my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;
 
my $seq = $db->get_Seq_by_id(1374); 
print "id is ", $seq->display_id, "\n";		id is CPT1A

Je récupère bien le gène CPT1A, via le gi (que je dois récupérer manuellement). J'ai ensuite essayé de faire un Dumper sur $seq ... mais la séquence n'est pas présente.


Savez-vous comment récupérer les séquences associées à CPT1A (il y a plusieurs transcrits : ex ENST00000540367) de la DB Gene si possible en partant du MIM 600528 et au pire en partant du GI 1374?


Merci, tout conseil est le bien venu