proc glm p value [Résolu]

[marlene2110]

bonjour,

j'ai une petite question concernant la proc glm
Quand je fais un test de comparaison de moyenne (dunnett ou tukey) je n'ai pas les p-value qui s'affichent, est ce que qn connait une option à rajouter afin qu'elles s'affichent aussi comme dans le résultat de la proc mixed?

Merci

[olivier.decourt]

Je crois que c'est / PDIFF.

[marlene2110]

non j'avais essayé ms ca ne marchait pas, voici mon code

Code :

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proc glm DATA=data23;
class groupn;
model chol=groupn / ;
/*means groupn / dunnett('vehicle');*/
lsmeans groupn / pdiff adjust=dunnett;
run;

j ai essayé aussi :
lsmeans groupn / pdiff=controll adjust=dunnett;

[Mag35]

Bonjour,

J'ai essayé avec la syntaxe proposée plus haut et j'ai bien les pvalues qui s'affichent même si je ne rajoute pas l'option pdiff. Il n'y a pas de messages d'erreur dans la log pour avertir d'un problème avec la base?

[marlene2110]

tu as les p-values pr le test de dunnett pour chaque comparaison?
moi j'ai juste des étoiles

[Mag35]

Oui je les ai bien. J'ai repris la syntaxe et fais une table fictive

Code :

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DATA test;
input groupn $ chol;
datalines;
A 1.25
A 2.14
A 5.00
B 6.12
B 4.75
C 27.46
C 7.05
;
run;
 
proc glm DATA=test;
class groupn;
model chol=groupn / ;
/*means groupn / dunnett('vehicle');*/
lsmeans groupn / pdiff adjust=dunnett;
run; quit;

et voila ce que j'obtiens

Code :

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                                                  The GLM Procedure
                                                 Least Squares Means
                                     Adjustment FOR Multiple Comparisons: Dunnett
 
                                                                   H0:LSMean=
                                                                     Control
                                         groupn     chol LSMEAN      Pr > |t|
 
                                         A            2.7966667
                                         B            5.4350000        0.9020
                                         C           17.2550000        0.1642

[marlene2110]

en fait moi je parlais de cette partie la :

Code :

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  Comparaisons significatives au niveau 0.05 indiquées par ***.


                                                    Différence      Intervalle de
                                                         entre      confiance à 95
                   Comparaison degroupn           les moyennes       % simultané

             Ingredient 3ME  - vehicle                  6030.4      3846.0   8214.9  ***
             Ingredient 4FTE - vehicle                  3864.2      1679.8   6048.6  ***
             Ingredient 1LC  - vehicle                  3410.2      1187.2   5633.3  ***
             Ingredient 2MC  - vehicle                  3288.9      1104.5   5473.3  ***


ici ce sont les comparaisons et l'on peut voir les gpes significativement différents du contrôle. Ce n'est pas la même chose?

[marlene2110]

et si je regarde la partie adjustement comme toi j ai :

Code :

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                                          The GLM Procedure
                                         Least Squares Means
                             Adjustment FOR Multiple Comparisons: Dunnett
 
                                                               H0:LSMean=
                                               Cholesterolf      Control
                            groupn                   LSMEAN      Pr > |t|
 
                            Ingredient 1LC       6603.21992
                            Ingredient 2MC       6481.87613        0.9997
                            Ingredient 3ME       9223.43347        0.0154
                            Ingredient 4FTE      7057.15852        0.9604
                            vehicle              3192.98582        0.0010

[Mag35]

En effet, je n'ai pas non plus les pvalues qui s'affichent...

Désolée de pas avoir pu aider!

[olivier.decourt]

PDIFF=CONTROL("Vehicle") ADJUST=DUNNETT ne donne pas non plus ce que tu veux ? Sur le jeu de données de Magali, avec ce code

Code :

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DATA test;
input groupn $ chol;
datalines;
A 1.25
A 2.14
A 5.00
B 6.12
B 4.75
C 27.46
C 7.05
;
run;
 
proc glm DATA=test;
class groupn;
model chol=groupn / ;
lsmeans groupn / pdiff=CONTROL("B") adjust=dunnett ;
run; quit;

, j'obtiens :

The GLM Procedure
Least Squares Means
Adjustment for Multiple Comparisons: Dunnett

H0:LSMean=
Control
groupn chol LSMEAN Pr > |t|

A 2.7966667 0.8943
B 5.4350000
C 17.2550000 0.2876

Ça me semble être ce que tu cherches : la p-value corrigée de l'écart entre les LS Means de chaque groupe et la LS Mean de la référence.

J'ai vérifié en 9.1 et 9.2 et ça me rend ces résultats.
Bon courage.
Olivier

[marlene2110]

ok merci beaucoup!!!