conseils livre linux [Résolu]

[Jasmine80]

Bonjour,


Je reviens des Journées Perl de Paris, où une personne super sympa m'y a expliqué l’intérêt d'utiliser linux. Étant dans la bioinformatique (biologiste de formation), n'ayant pas des connaissances poussées en informatique et encore moins en linux, avez-vous un livre à me conseiller pour débuter? Style 'Linux pour le nul' ou 'linux facile appliqué à la bioinfo'. Je vais déjà commencer par voir si je peux obtenir un second PC au boulot et regarder les commandes de base de linux que l'on trouve sur le net.



Merci beaucoup,

[Senaku-seishin]

Les librairies regorgent de livre sous Linux. Je te conseil http://www.framabook.org/ubuntu.html et http://www.eyrolles.com/Informatique...-9782212124439. Chacun de ces livres est spécialisé dans une distribution, même si ces deux là (Ubuntu et Debian). La distribution Debian Med semble être celle qui corresponderait le mieux à tes besoins.

Bien évidemment, il y a des livres plus généraliste et sur d'autre distribution. Mais c'est les seules livres que j'ai lu qui pourrait t’intéresser.

La bio-informatique doit être un sujet passionnant, il faudrait que je me renseigne un peu plus .

D'après se que je sais, les bio-informaticiens utilisent généralement du perl et du python, donc il n'y aura aucun soucie sous Linux, bien au contraire !

Pour la bio-informatique sous Linux, le net regorge d'information ! Exemple : http://2009.rmll.info/IMG/pdf/RMLL20...e_analysis.pdf

[frp31]

je préconise les éditions Eyrolles, O'reilly et EMI pour ce qui est livres techniques informatique en général et pour unix en particulier.
pour débuter un livre qui n'est pas spécifique à une distribution est indispensable : http://www.eyrolles.com/Informatique...-9782746065109 par exemple

[Jasmine80]

Merci à vous deux pour ces conseils, je vais y regarder de près. En effet, la bioinformatique est un sujet qui me passionne. La Vie m'a toujours intéressée et travaillant en génétique moléculaire, j'analyse des séquences d'ADN (string) avec Perl et ses regexp, programmer est jouissif intellectuellement.

[Jasmine80]

Envoyé par Senaku-seishin

La distribution Debian Med semble être celle qui corresponderait le mieux à tes besoins.

Qu'est-ce qui différencie Debian, d'Ubuntu ... Ubuntu n'est-il justement pas basé sur Debian? Pourrais-tu argumenter en quoi Debian Med serait un choix judicieux en bioinformatique?

Quelques précisions au sujet de mon travail. Le baba qui revient au quotidien : récupérer des séquence d'ADN dans des banques de données publiques, les formater et les stocker dans une DB MySQL locale ou des fichiers textes, les envoyer vers un programme d'alignement de séquences (ClustalW) ou autres programmes d'analyse ... le tout étant supporté par des modules perl.

Merci.

[frp31]

ubutnu est avant tout une couche user-friendly par dessus debian, mais ça implique d'avoir une "grosse" installation avec pleins de trucs et de machins voir même des gadgets.. tout ça souvent inutiles.
ça ne gêne pas le fonctionnement au pire ça prend un peu de place et un tout petit peu de ressources.

[Jasmine80]

Envoyé par frp31

ubutnu est avant tout une couche user-friendly par dessus debian, mais ça implique d'avoir une "grosse" installation avec pleins de trucs et de machins voir même des gadgets.. tout ça souvent inutiles.
ça ne gêne pas le fonctionnement au pire ça prend un peu de place et un tout petit peu de ressources.

Je vois, merci pour cette précision, mais quand on ne connait que windows et que la console linux effraie, n'est ce-pas justement utile de passer par une couche user-friendly? Mon but avant d'être super performante est surtout de m'en sortir sans être totalement noyée dans de nouveaux concepts.

[frp31]

Envoyé par Jasmine80

Je vois, merci pour cette précision, mais quand on ne connait que windows et que la console linux effraie, n'est ce-pas justement utile de passer par une couche user-friendly? Mon but avant d'être super performante est surtout de m'en sortir sans être totalement noyée dans de nouveaux concepts.

Ubuntu reste une excellente distrib (complète), et oui c'est bien pour se familiariser, tout en sachant qu'on peut absolument tout faire avec, sur des machines modernes de toute façon la différence de performances se remarque peu.
C'est un bon choix. La couche graphique 'gnome' ou 'kde' sont des clickodrome, un peu à la windows ou à la macOS donc pas de panique, tu ne te sentiras pas trop perdu, et puis il reste le forum pour trouver de l'aide.

[Jasmine80]

Envoyé par frp31

donc pas de panique, tu ne te sentiras pas trop perdu, et puis il reste le forum pour trouver de l'aide.

C'est sûr, l'ambiance y est très sympa, je n'hésiterai pas à revenir y chercher de l'aide.

[Senaku-seishin]

Pourrais-tu argumenter en quoi Debian Med serait un choix judicieux en bioinformatique?

Je te conseil Debian et ses dérivées, car la bibliothèque de paquet est très bien fournie (29 000 paquets). Il arrive souvent que les distributions ne fabrique pas certain paquet, car peu utilisé. Se qui peut être problématique, quand on travail dans un domaine particulier.
Mais je te rassure toutes les distributions ont MySQL et Perl

L'avantage de Debian Med, c'est qu'elle possède des méta-paquets ( une sorte de liste de paquet sur un thème ) sur le domaine médical et scientifique. Après ne t'empêche de cherche les noms des programme et les installer sous Ubuntu.

Voici les programmes sélectionner par Debian Med : http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/

[Jasmine80]

Merci Senaku-seishin pour ces explications.

Envoyé par Senaku-seishin

Je te conseil Debian et ses dérivées, car la bibliothèque de paquet est très bien fournie (29 000 paquets). Il arrive souvent que les distributions ne fabrique pas certain paquet, car peu utilisé. Se qui peut être problématique, quand on travail dans un domaine particulier.
Mais je te rassure toutes les distributions ont MySQL et Perl

Je suppose que les paquets dont tu parles sont ceux de la liste que tu obtiens via la fonction 'search' de linux(?) Cette grande variété de paquet est-elle la même que pour le packages perl, en aurais-je plus sur Debian que sur Ubuntu?

Voici par exemple un package perl qui ne fonctionne pas sous windows : Bio::Grep - Perl extension for searching in DNA and Protein sequences

Il est donc plus probable que je le retrouve sur Debian que Ubuntu? (^^ il existe bien sur Ubuntu, je l'ai testé, c'est juste une exemple).

Envoyé par Senaku-seishin

L'avantage de Debian Med, c'est qu'elle possède des méta-paquets ( une sorte de liste de paquet sur un thème ) sur le domaine médical et scientifique. Après ne t'empêche de cherche les noms des programme et les installer sous Ubuntu.

Voici les programmes sélectionner par Debian Med : http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/

Je ne vois pas trop ce que c'est. Prenons par exemple le premier de la liste

Biology - paquet Debian Med pour la micro-biologie

Ce meta-paquet installera les paquets Debian en relation avec la biologie moléculaire, la biologie structurelle et la bio-informatique pour un usage en sciences naturelles.

Donc, un paquet est un programme? Concrètement qu'aurons-nous ... des outils d'analyses biologiques appelables en ligne de commande?

Voici des programmes que j'utilise quotidiennement en bioinformatique : Blast, ClustalW ... je dois les installer sur mon PC afin de pouvoir les appeler via mon programme perl ... font-ils partie de ces 'pakages' Debian?


Merci ... désolée mais je ne connais vraiment rien en linux, je débute et ce que tu m'expliques n'est pas clair.

[zipe31]

Salut,

Envoyé par Jasmine80

Voici des programmes que j'utilise quotidiennement en bioinformatique : Blast, ClustalW ... je dois les installer sur mon PC afin de pouvoir les appeler via mon programme perl ... font-ils partie de ces 'pakages' Debian?

En cliquant sur le lien, tu tombes sur cette page qui énumère la liste des programmes qui font partie du paquet Biology, et on retrouve dans cette liste Blast2 et ClustalW entre autre...

[frp31]

Envoyé par Jasmine80

Merci Senaku-seishin pour ces explications.



Je suppose que les paquets dont tu parles sont ceux de la liste que tu obtiens via la fonction 'search' de linux(?) Cette grande variété de paquet est-elle la même que pour le packages perl, en aurais-je plus sur Debian que sur Ubuntu?

Voici par exemple un package perl qui ne fonctionne pas sous windows : Bio::Grep - Perl extension for searching in DNA and Protein sequences

Il est donc plus probable que je le retrouve sur Debian que Ubuntu? (^^ il existe bien sur Ubuntu, je l'ai testé, c'est juste une exemple).

tu auras tout ce que tu veux que ce soit par packages ou par compilation.
Mais y'a pas vraiment moins de packages d'une distrib à une autre... il peut y avoir plus ou moins dans les dépôts "de base".

Donc, un paquet est un programme?

En quelque sorte oui c'est un programme + sa donc + ses librairies et parfois des exemples aussi. D'où le nom même de "paquet".

Pour ce qui est de perl et de ses librairies tu devrais trouver ton bonheur.

[Jasmine80]

merci à vous tous

Envoyé par frp31

tu auras tout ce que tu veux que ce soit par packages ou par compilation.

aïe ... 'compilation' c'est le mot à ne pas dire car me fait peur . Etant biologiste de formation, j'ai souvent l'impression de 'bricoler' en informatique ... ça finit toujours par marcher (merci à l'aide du forum) mais parfois j'ai beaucoup de mal. Je suppose que linux ne peut que me faire du bien de ce côté là, me forcer à plus utiliser le shell et à moins compter sur l'interface graphique ... soyons honnête, c'est là mon problème.

Envoyé par frp31

Mais y'a pas vraiment moins de packages d'une distrib à une autre... il peut y avoir plus ou moins dans les dépôts "de base".

donc avec Debian, j'installerai plus facilement plus de packages.

Par exemple pour parler de perl sous windows que je connais bien. Pour installer un de ses package on peut utiliser l'interface graphique TK mais si il n'est pas disponible, l'installer en ligne de commande en le téléchargeant, le décompressant et le compilant. Il y a aussi des librairies donnant accès à plus ou moins de packages. Je vois ça de façon similaire sous linux.

Envoyé par frp31

En quelque sorte oui c'est un programme + sa donc + ses librairies et parfois des exemples aussi. D'où le nom même de "paquet".

Pour ce qui est de perl et de ses librairies tu devrais trouver ton bonheur.

Ah oui, ça rejoint la notion de package perl : la doc et le code associé.

Envoyé par zip31

En cliquant sur le lien, tu tombes sur cette page qui énumère la liste des programmes qui font partie du paquet Biology, et on retrouve dans cette liste Blast2 et ClustalW entre autre...

Ok, merci. C'est super ça, si j'installe le paquet Biology, j'ai d'un coup plusieurs programmes!

[Jasmine80]

Bonjour,


J'ai Debian testing wheezy et j'aimerais installer le meta-package 'Biology'de Debian-med.

Est-ce possible en ligne de commande? Faut-il ajouter des dépôts dans les sources de logiciel?


Merci,

[zipe31]

Salut,

Envoyé par Jasmine80

J'ai Debian testing wheezy et j'aimerais installer le meta-package 'Biology'de Debian-med.

Que te renvoie la commande aptitude search biology

Est-ce possible en ligne de commande? Faut-il ajouter des dépôts dans les sources de logiciel?

Normalement un simple aptitude install science-biology devrait le faire, mais c'est rapport à la commande précédente...

[Jasmine80]

Merci, c'était bien ça.