PROC MIXED : option SLICE

[Mag35]

Bonjour,

Je suis nouvelle sur le site et je souhaiterai recevoir un peu d'aide. Je suis en stage dans les essais cliniques et je travaille sur des analyses de la variance avec le temps en mesures répétées (pour un même sujet, un paramètre clinique ou biologique est mesuré pour chacune de ses visites).

Le modèle construit est : parametre = traitement + temps + traitement * temps. L’analyse réalisée est une ANOVA à deux facteurs fixes avec mesures répétées sur le temps. Elle permet d’étudier l’évolution des paramètres au cours du temps entre les différents traitements.

Dans le cas où l’interaction traitement*temps est significative, l’effet traitement est à observer pour chaque temps de mesures séparément. Il est alors possible de réaliser une ANOVA à un facteur (traitement) pour chaque temps de mesure, ce qui induit de séparer les données par temps d’où des analyses moins puissantes :

Code :

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proc mixed DATA=donnees;
BY temps;
class traitement;
model parametre = traitement;
run;

Une alternative à cette méthode est l'option SLICE proposée par la PROC MIXED :

Code :

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6
proc mixed DATA=donnees;
class traitement;
model parametre = traitement temps traitement*temps;
repeated / type=matrice sub=sujet;
LSMEANS traitement * temps / SLICE = temps ;
run;

Après des recherches sur internet, il en est ressorti que cette option n'est pas très utilisée. Je souhaiterai comparer les résultats pour les deux procédures précédentes en calculant le test à la main. Dans l'aide SAS, une formule est disponible pour l'option SLICE mais je n'arrive pas à l'appliquer dans mon cas.

http://www.sfu.ca/sasdoc/sashtml/sta...mixedinference
(partie Inference and Test Statistics)

Dans l'aide, le modèle présente à la fois des effets fixes et des effets aléatoires. Le test utilise les calculs matriciels mais je n'arrive pas à l'appliquer dans mon cas. Auriez-vous des informations complémentaires concernant cette option?

En vous remerciant d’avance,

Magali

[Mag35]

Pour compléter mon message précédent, l'option SLICE est utilisée quand l'interaction TIME*TREATMENT est significative pour faire une analyse à niveau fixé d'un des facteurs (exemple : regarder l'effet du traitement par rapport au placebo à T30). Elle est équivalente à l'option CONTRAST et elle a pour avantage de limiter le temps d'écriture (j'ai une dizaine de temps de mesures donc plus de 10 instructions CONTRAST à écrire). Cependant il n'est pas possible avec cette option de prendre en compte le risque en utilisant des ajustements. En effet, si l'option adjust=dunnett par exemple est rajoutée à l'instruction lsmeans

Code :

lsmeans TREATMENT*TIME/ slice=TIME adjust=dunnett;

ce ne sont pas les bons ajustements qui sont réalisés.
Auriez-vous des informations pour réaliser les ajustements nécessaires pour les comparaisons multiples? La fonction probMC peut-elle être utilisée si oui comment ?

Merci pour votre aide

[AnalytX]

Bonjour à tous,

Je me permets de rebondir sur le Mag35. Est-ce que quelqu'un aurait avancer sur le problème de l'ajustement de Dunnett avec l'option slice? De mon côté, je n'ai rien trouvé. Je suis très intéressé par la réponse...

Merci d'avance

[AnalytX]

Bonjour à tous,

Je vois bien que ce topic a peu de succès, alors je vais d'enter un peu dans les détails pour tenter d'être un peu plus explicite...

Dans mon étude, 5 traitements (dont une référence) et 5 temps. Je souhaite savoir si pour chaque temps, j'ai une différence de mes traitements par rapport à ma référence.

Dans ma PROC MIXED, je teste par exemple pour le premier temps :

Code :

lsmeans Traitement*Temps / pdiff adjust=dunnett diff=control('Reference' 'Temps 1');

J'obtiens en sortie toutes le comparaisons possibles (à tous les temps et tous les produits) contre la référence définie ('Reference' 'Temps 1'), alors que je ne suis intéressé dans ce cas qu'aux comparaisons au 'Temps 1'. J'ai l'impression que l'ajustement de Dunnett est réalisé sur l'ensemble de ces comparaisons, et pas sur les comparaisons qui ne concernent que le 'Temps 1'.

Avez-vous une idée pour réaliser le bon ajustement de Dunnett?

Un grand merci d'avance pour votre réponse.