Bonjour,

Je vous propose un nouvel élément à utiliser : Comment récupérer (proprement) les séquences d'un fichier fasta ?

Le but est de récupérer les identifiants et leur séquence une à une de façon simple et rapide grâce au module Bio::SeqIO. Fichier d'entrées :

test.txt
>A1
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>A2
TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>B1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT
>B2
GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTGATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT
>C1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>C2
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT


Résultat
>A1
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGA
CCTGCATTATAGATCTGACTT
>A2
TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>B1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT
>B2
GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTGATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT
>C1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>C2
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT

Qu'en pensez-vous ?