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18/04/2011, 16h13
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#21 |
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Membre à l'essai
   Laura GÉtudiant Inscription : février 2011 Messages : 38  |
Pour Bio::SeqIO, oui c'est un module bioperl.
Il faut donc que bioperl soit installé sur ta machine, tu trouveras des tutos sur internet pour ça. Ensuite, ce module permet de récupérer une séquence présente dans un format donné dans un fichier. A partir de ce moment la, tu peux récupérer cette séquence et plein d'informations sur cette séquence. Sur le forum il y a un tutoriel très bien fait pour expliquer comment il marche : http://perl.developpez.com/tutoriels...io-db-genbank/ Ce tutoriel n'est pas spécifique au Bio::SeqIO mais à partir du moment ou tu as ton objet sequence, tu peux les utiliser. Sinon la doc bioperl est très bien fait pour savoir comment le module marche : http://doc.bioperl.org/releases/biop...Bio/SeqIO.html ou http://www.bioperl.org/wiki/Module:Bio::SeqIO Si tu as d'autres questions ? Au niveau de ton erreur, je ne vois pas du tout ce à quoi elle est due... |
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18/04/2011, 16h43
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#22 |
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Invité de passage
   Étudiant Inscription : avril 2011 Messages : 11 |
re
Merci bien Laura de prendre le temps de faire ce que tu fait , je t'en suis trés reconnaissant !
Pour le module Bio::SeqIO, je me suis renseigner dessus et j'ai saisie le principe.. Pour mon programme je n'aurais pas besoin de faire appele au module Bio:  B::RefSeq pour la récupération de séquence, vu qu'elles seront génerer dans un fichier aprés extraction par les biologistes...J'ai juste besoin du Bio::SeqIO , Donc je te remercie de m'avoir montrer la voie...Pour mon probleme il semblerait que se soit un probleme d'emplacement de bioperl... en fait j'ai a bouger quelque choses du 64 o 68... un truc comme ca , il me l'a exliqué vite fait mais c'est dure en anglais ^^ Si des gens ont des connaissances à ce sujet... A bientot, |
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18/04/2011, 16h49
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#23 |
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Membre à l'essai
Laura GÉtudiant Inscription : février 2011 Messages : 38 |
Pas de soucis !
Quand j'ai un problème les gens répondent et ca m'aide beaucoup, c'est le principe de ce forum d'aider les gens  Tu travailles sous Windows ou Linux ? Sous linux quand tu installes bioperl via le gestionnaire de package (ou un nom dans ce genre je me souviens plus), il se place directement au bon endroit. Sous Windows, en utilisant le ppm (sous la console ou l'interface) je crois qu'il le place directement au bon endroit aussi ... Ca peut être intéressant de savoir la solution de ton problème, tiens nous au courant A bientot, Laura |
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