Discussion :

[shadow19c]

Bonjour, je ne suis pas expert en R, j'ai deux jeux de donnees , je voudrais creer deux histogrammes cote a cote sans les superposer, par la suite je veux relier les points des max de chaque histogramme pour chaque colonne.

Je suis bloque, a la partie de mettre deux histogrammes dans la meme fenetre, et relier les points des max:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> c = read.table("Cv2")
> c[c>1000] = 1000
> png("Cv2.png",height=600,width=800)
> hist(c[c!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size
distribution for Cv2", col="grey")
> dev.off()
 
> a = read.table("Aster")
> a[a>1000] = 1000
> png("Aster.png",height=600,width=800)
> hist(a[a!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size
distribution for Aster", col="grey")
> dev.off()

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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451
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273
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266
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550
303
297
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275
313
212
203
241
665
354
506
314
260
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246
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298
217
255
355
279
345
249
442
214
389
392
334
393
205
669
219
406
0
469
433
558
526
217
203
330
262
196
722
494
357
393
185
233
118
196
304
532
382
233
203
229
319
585
647
332
303
326
175
110
122
86
135
238
109
0
710
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241
302
280
569
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219
267
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Je mets des bouts de mes deux fichiers merci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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393
308
454
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437
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205
191
237
206
204
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169
303
267
250
252
297
247
236
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535
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226
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209
291
186
106
139
0
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398
133
90
123
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182
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213
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0
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95
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107
128
178
144
124
158
105
113
158
125
137
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299
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309
283
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209
273
172
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96
94
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232
226
188
252
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282
322
257
206
0
448
438
361
630
612
277
327
344
296
567
232

[A. D.]

Bonjour,

Pour afficher deux graphiques dans une même fenêtre, il faut avoir recours à la commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 par(mfrow=c(i,j))

qui donne une répartition des graphes sur i lignes et j colonnes.

Pour votre cas, cela donnerait par exemple quelquechose du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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png("Monpng.png",height=600,width=800)
 
par(mfrow=c(1,2))
 
hist(c[c!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size distribution for Cv2", col="grey")
hist(a[a!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size distribution for Aster", col="grey")
 
dev.off()

Ensuite, pour ce qui est de "relier les points des max", je ne suis pas sûre de bien comprendre ce que vous cherchez à faire : relier les points max de chacun des "bâtons" de l'histogramme?

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[pitipoisson]

Bonjour,

Si j'ai bien compris la question, il s'agit de faire une ligne entre deux graphiques (?).
Dans ce cas, il faut faire un peu de gymnastique en faisant des aller-retours entre différents systèmes de coordonnées. Voici un petit exemple qui montre comment s'y prendre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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par(mfrow=c(1, 2))

##################################################
## Premier histogramme :
bp1 <- hist(rnorm(100))

## Calcul des coordonnées du premier point max
## dans le système naturel ("user") :
y1 <- max(bp1$count)
x1 <- mean(bp1$breaks[(0:1) + which.max(bp1$count)])

## abline(v=x1, col="red")                 # Pour vérification du bon calcul de x.

## Conversion en coordonnées standardisées pour
## la région intérieure (aux marges externes) :
y1nic <- grconvertY(y1, "user", "nic")
x1nic <- grconvertX(x1, "user", "nic")

##################################################
## Second histogramme :
bp2 <- hist(rnorm(100), ylim=c(0, 50))

## Calcul des coordonnées du second point max
## dans le système naturel ("user") :
y2 <- max(bp2$count)
x2 <- mean(bp2$breaks[(0:1) + which.max(bp2$count)])

## Conversion des coordonnées standardisées du premier point
## vers le nouveau système de coordonnées "user" :
y1user <- grconvertY(y1nic, "nic", "user")
x1user <- grconvertX(x1nic, "nic", "user")

## On trace la ligne :
lines(c(x1user, x2), c(y1user, y2),
      xpd=NA,                           # Pour pouvoir tracer en dehors de la zone graphique.
      col="red")

[shadow19c]

Bonjour,
en fait ce que j'obtiens de mon premier programme ce sont les deux images qui sont en pièces jointes.
Ce que je voudrais c'est tracer dans la même fenêtre graphique les points qui passent sur les max de chaque bar avec deux couleurs différentes pour Cv et aster pour avoir un visuel de l'évolution des deux dans la même fenêtre.

Merci

[pitipoisson]

Il faudrait être plus précis dans la description de ce que tu souhaites obtenir. Je ne comprends pas ce que veut dire

...les points qui passent sur les max de chaque bar avec deux couleurs différentes...

Est-ce la courbe qui se superpose à l'histogramme ? (Mais quel intérêt dans ce cas ?)

Une petite image de démo construite à partir de tes deux exemples peut-être ? Ça pourrait nous aider...

[shadow19c]

Bonjour, oui je mets en piece jointe une image que j'ai faite à la main.

merci

[pitipoisson]

Donc au final, tu ne veux pas les histogrammes mais justes les deux courbes de densité sur un même graphique, c'est bien ça ?

[shadow19c]

Je pense que c'est le mieux, car au début je voulais faire comme l'image que je mets en pièce jointe, mais je ne sais pas si les deux seront visibles.

Merci.

[pitipoisson]

...mais je ne sais pas si les deux seront visibles.

Je pense que c'est parfaitement possible à faire, mais ce n'est effectivement pas une question triviale.
Je me penche dessus dès que je trouve un peu de temps.

[shadow19c]

Ok merci, mais sinon si ça vous prend du temps je préfère la courbe de densité.

Merci en tout cas.

[A. D.]

Bonjour,

Je dois avouer que moi aussi j'avais un peu de mal à comprendre ce que vous cherchiez à faire. Si j'ai bien compris cette fois , voici un exemple de ce qui est faisable (il faut peut-être encore ajuster certains paramêtres) :

Code :

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x<-rnorm(100)
y<-rnorm(100)-1
 
hx<-hist(x)
hy<-hist(y)
 
v<-c(hx$breaks,hy$breaks)
v<-v[order(v)]
 
z<-c(hx$counts,hy$counts)
z<-z[order(z)]
 
hist(x,border="red",xlim=range(v),ylim=range(z))
hist(y,border="blue",add=TRUE)

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[shadow19c]

Bonjour, oui ca marche bien mais j'ai pas compris comment vous lisez le fichier au début, je pense que la courbe de densité est pas mal.

Merci

[A. D.]

mais j'ai pas compris comment vous lisez le fichier au début

Dans l'exemple que j'ai donné, je ne lis aucun fichier, j'ai généré deux vecteurs aléatoires x et y pour me servir de données.
Si vous souhaitez reprendre mon code avec vos données, il vous suffit de remplacer par exemple comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x<-read.table("Cv2")
y<-read.table("Aster")

et éventuellement adapter le code à vos données.

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[A. D.]

Sur le même principe que mon exemple précédent, pour obtenir les courbes de densité, on peut par exemple faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x<-rnorm(100)
y<-rnorm(100)-1
 
dx<-density(x)
dy<-density(y)
 
v<-c(dx$x,dy$x)
 
z<-c(dx$y,dy$y)
 
plot(dx,xlim=range(v),ylim=range(z),type="l",col="red")
lines(dy,col="blue")

En espérant que cela réponde à votre question


Cordialement,

A.D.

[shadow19c]

Bonjour,
j'ai un petit soucis, j'ai fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x<-read.table("Cv2")
> y<-read.table("Aster")
> dx<-density(x)
Erreur dans density.default(x) : l'argument 'x' doit être numérique

Je comprends pas l'erreur.

Merci

[pitipoisson]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x<-read.table("Cv2")
> y<-read.table("Aster")
> dx<-density(x)
Erreur dans density.default(x) : l'argument 'x' doit être numérique

Je comprends pas l'erreur.

C'est que x n'est probablement pas un vecteur après obtention par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

read.table(...)

.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x<-rnorm(100)
y<-rnorm(100)-1
 
hx<-hist(x)
hy<-hist(y)
 
v<-c(hx$breaks,hy$breaks)
v<-v[order(v)]
 
z<-c(hx$counts,hy$counts)
z<-z[order(z)]
 
hist(x,border="red",xlim=range(v),ylim=range(z))
hist(y,border="blue",add=TRUE)

Oui, c'est l'idée pour les histogrammes, mais il reste un problème majeur : la sur-impression de classes plus abondantes qui cachent les anciennes.

Le problème peut être contourné en utilisant des transparences (je le donne pour info si ça intéresse quelqu'un) :

Code :

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x1 <- rnorm(300, 20, 6)
x2 <- rnorm(300, 10, 5)

## Histogrammes non-imprimés :
bp1 <- hist(x1, plot=FALSE, nclass=20)  # 20 classes...
bp2 <- hist(x2, plot=FALSE, nclass=20)  #

## Calcul de minima/maxima :
hlims <- range(c(bp1$breaks, bp2$breaks))
vlims <- range(c(bp1$counts, bp2$counts))

## Couleurs de remplissage, dont une avec ajout de transparence :
histcol <- sapply(apply(rbind(col2rgb(c("orangered2", "lightblue"))/255,
                              alpha = c(1, 0.5)), # Première couleur opaque, 50% de transparence pour la seconde.
                        2, as.list),
                  do.call, what = rgb)

## Création du graphique :
hist(x1, border="darkred", xlim=hlims, ylim=vlims,
     nclass=20,                         # 20 classes...
     col=histcol[1])

hist(x2, border="darkblue", add=TRUE,
     breaks=seq(from=min(hlims), to=max(hlims), by=diff(bp1$breaks[1:2])), # ...largeur de classes égale à celle
                                                                           # du précédent graphique
     col=histcol[2])      # Couleur transparente (en sur-impression).

[A. D.]

Oui, c'est l'idée pour les histogrammes, mais il reste un problème majeur : la sur-impression de classes plus abondantes qui cachent les anciennes.

Bien vu, je n'avais pas pensé à cela.
Votre astuce est fort intéressante


Cordialement,

A.D.

[shadow19c]

Bonjour, comment peut on modifier pour les valeurs car je ne comprends pas pourquoi ca ne marche pas pour cette fois ci.
J'ai toujours un problème de valeurs numériques.


Merci

[pitipoisson]

En reprenant ton premier exemple de fichier et en le chargeant comme tu l'indiques, j'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> class(x)
[1] "data.frame"

x n'est donc pas un vecteur.

Mais tu sélectionnais les valeurs différentes de zéro et

Code :

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> class(x[x!=0])
[1] "integer"
 
> is.vector(x[x!=0])
[1] TRUE

C'est pour ça que la fonction hist fonctionnait. Mais ce qui se passe ici (changement de classe d'objet) est tellement implicite que je déconseille d'y avoir recours. D'autant que ce type d'indice pour une data.frame est pour le moins douteux (dans le sens "pas clair").

Le mieux est d'explicitement ne conserver que la première et unique colonne de x comme un vecteur d'entiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> x <- x[ , 1]

et ensuite faire comme A.D. l'a indiqué pour les densités ou bien utiliser la dernière solution "histogramme".

[shadow19c]

Bonjour, j'ai essayé votre méthode mais j'ai un problème à la ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 > x=read.table("Cv2")
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
> y[y>1000]=1000
> hist(x[x!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size
+ + distribution for Cv2", col="grey")
> hist(y[y!=0],border="blue",add=TRUE)
> x=read.table("Cv2")
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
> y[y>1000]=1000
> hist(x[x!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size
+ + distribution for Cv2", col="grey")
> hist(y[y!=0],col="blue",add=TRUE)
> x=read.table("Cv2")
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
> y[y>1000]=1000
> bp1=hist(x[x!=0],plot=FALSE,nclass=20)
> bp2=hist(y[y!=0],plot=FALSE,nclass=20)
> hlims=range(c(bp1$breaks,bp2$breaks))
> vlims=range(c(bp1$counts,bp2$counts))
> histcol=sapply(apply(rbind(col2rgb(c("orangered2","lightblue"))/255,alpha=c(1,0.5)),2,as.list),do.call,what=rgb)
> hist(x[x!=0],border="darkred",xlims=hlims,ylim=vlims,nclass=20,col=histcol[1])
Messages d'avis :
1: In title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab, ...) :
  "xlims" n'est pas un paramètre graphique
2: In axis(1, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique
3: In axis(2, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique
> hist(y[y!=0],border="darkblue",add=TRUE,breaks=seq(from=min(hlims),by=diff(bp1$breaks[1:2])),col=histcol[2])
Erreur dans hist.default(y[y != 0], border = "darkblue", add = TRUE, breaks = seq(from = min(hlims),  : 
  nombre de 'breaks' incorrect
> hist(y[y!=0],border="darkblue",add=TRUE,breaks=seq(from=min(hlims),by=diff(bp2$breaks[1:2])),col=histcol[2])
Erreur dans hist.default(y[y != 0], border = "darkblue", add = TRUE, breaks = seq(from = min(hlims),  : 
  nombre de 'breaks' incorrect
> hist(y[y!=0],border="darkblue",add=TRUE,breaks=seq(from=min(hlims),by=diff(bp1$breaks[1:3])),col=histcol[2])
Erreur dans hist.default(y[y != 0], border = "darkblue", add = TRUE, breaks = seq(from = min(hlims),  : 
  des valeurs de 'x' n'ont pas été comptées ; peut-être 'breaks' ne couvrent pas l'étendue de 'x'

J'ai un nombre de breaks incorrect , j'ai le premier graphique qui se dessine en orange.

Merci