Discussion :

[laura_]

Bonjour,

J'aimerais savoir s'il existe un module BioPerl qui permettent de passer d'un identifiant d'une banque à un autre.
Par exemple
UniProt <=> NCBI
NCBI <=> EMBL
NCBI <=> GeneDB

Je suis en train de faire une base de données, j'ai tous les identifiants GeneDB et ils me faudraient leur correspondance.

Si vous avez une idée ?

Merci beaucoup de votre aide.

[shadow19c]

Je ne sais pas si il existe un module pour ca, il faudrait lire les docs bioperl, moi je connais que biopython, mais il n y pas tout sinon si dans la base de données souvent il y a un référencement vers une autre base de données donc tu peux avoir des infos la dessus.

Bon courage

[laura_]

En fait, je peux récupérer tous les identifiants assez facilement avec l'identifiant sur NCBI, mais celui que j'ai est un SP (identifiant de GeneDB pour la levure S. pombe) et je ne connais aucun module qui l'utilise.

J'ai regarder dans la documentation sans trouver quelque chose d'intéressant (je ne sais pas très bien comment définir ma recherche).

Je vais regarder du coté des sites des banques de données pour voir si je trouve une information.