Calcul taille intergenique

[shadow19c]

Voici le fichier reciprocal best blast hit.
Donc le but c'est d'aller chercher les CV-*** qui se suivent , c'est a dire CV-00001 CV-00002 ou le contraire , CV-00002 CV-00001 ensuite verfier le Aster -*** d'en face si les genes se suivent aussi.

Ensuite pour le calcul des sens je fixe CV-00001 comme gene A et CV-00002 comme gene B .
Voici le debut du code pour les fichiers cds

Code :

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loadHash("coco_cds" );
    loadHash("aster_cds" );
 
 
 
    sub loadHash {
     my $filename = shift;
     open my $desc, '<', $filename;
     while (my $line = <$desc> ) {
       next if ($line =~ m/^\#/);
       chomp $line;
       my ( $id, $strand, $coord) = $line =~ m/[\w-]+\t([\w-]+)\t\d+\t([-+])\tORIGINAL JGI\t\d+\t[\#\w\.]+\t([,\d\.]+)/;

Ensuite je dois faire la complexite des strands

[shadow19c]

Je reprends depuis le debut en refaisant un schema, en esperant que je sois mieux compris .

En fait je rajoute car je n'arrive toujours pas a régler mon problème, en fait
je recommence mon problème, je pars d'un fichier (mis en pièce jointe).
Je dois regarder les differents couples de C-**** qui se suivent et regarder si les couples Aster-*** qui sont en face d'eux , eux aussi se suivent,
exemple:
C169v2-03066 Aster-04710
C169v2-03065 Aster-04711
on a bien C169v2-03065 qui suit C169v2-0306 et en face les Aster correspondant pareil, par contre il n y a pas de restriction pour les Aster, je m'explique le suivis peut etre different ca ne pose pas de soucis.Comme dans cet exemple C169v2-03065 Aster-04711
C169v2-03066 Aster-04710

Ce qui compte le plus c'est le suivi.
Merci

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Bonjour, voici le premier programme il manquait juste un test en plus:

Code :

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 #!/usr/local/bin/perl
 
my $A=+1;
my $B=-1;
open my $fh, '<', 'intron2.txt' or die;
 
# liste des positions du gène C
my @C_array;
 
# liste des positions du gène Aster
my @Aster_array;
 
while ( my $l = <$fh>){
 
	if ($l =~ m/C169v2-(\d+)\tAster-(\d+)/){
		push (@C_array, $1);
		push (@Aster_array, $2);
	}
}
 
for (my $i =0; $i<$#C_array; $i++){
 
	# on prend les gènes C deux par deux (j'ai gardé ta nomination A et B))
 
	my $A = $C_array[$i];
	my $B = $C_array[$i+1];
	my $C = $Aster_array[$i];
	my $D = $Aster_array[$i+1];
 
	# on vérifie que la différence
	# soit au plus de 1
 
	if ((abs ($A - $B) == 1) &&(abs($C-$D)==1)){
 		if ($A>$B){
			print "C169v2-".$B."\t"."Aster-".$D."\t"."C169v2-".$A."\t"."Aster-".$C."\n" ;
 
		}
		else{
			print "C169v2-".$A."\t"."Aster-".$C."\t"."C169v2-".$B."\t"."Aster-".$D."\n";
 
		}
    }
}

J'ai mis dans un fichier le résultat ce qui va me permettre par la suite , un meilleur accès aux données.

[shadow19c]

Bonsoir,
voici un code que j'ai commence pour répondre a mon sujet, cependant j'ai un souci dans le calcul du strand, pour coco_cds j'ai la multiplication qui fonctionne bien, sauf pour aster ca marche pas .
Je ne comprend pas le soucis???

Code :

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 #!/usr/local/bin/perl
 
my $P=1;
my $N=-1;
 
 
open (DESC3, "aster_cds");
while(<DESC3>){
	next if /^\#/;
	chomp;
	 %hash;
	my ($id,$strand)=(split/\t/)[1,3];
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;
 
	}		
 
 
 
open (DESC2, "coco_cds");
while(<DESC2>){
	next if /^\#/;
	chomp;
	 %hash;
	my ($id,$strand)=(split/\t/)[1,3];
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;
 
 
	}
 
open my $fh, '<', 'mamoud.txt' or die;
 
while ( my $l = <$fh>){
	chomp;
	my ($A,$C,$B,$D)=(split/\t/,$l);
	if ( ($hash{$A}*$hash{$B})==($hash{$C}*$hash{$D}) ){
	#if ( (($hash{$A}*$hash{$B})==($hash{$C}*($hash{$D})) ||   ( ($hash{$A}==1 && $hash{$B}==-1) && ($hash{$C}==-1) && (($hash{$D}==1)))){
		print $A."\t".$B."\t".$hash{$A}*$hash{$B}."\n";
		print $C."\t".$D."\t".$hash{$C}*$hash{$D}."\n";
 
}
	}

Merci

[shadow19c]

Bonsoir,
j'ai bien avance mais je bloque sur une complexite dont j'ai ecrit la solution mais j'arrive pas a le faire en test,

donc le but de la complexite etait de verifier l'etat des sens de lecture des genes, donc ce qui ma ramene a ajoute les SScoco et SSaster,
Complexite:
Les filtres :1er
si SScoco >0 et SScoco ==SSaster ok
si SScoco<1 et sscoco==SSaster
SS coco1==S(mini Aster A et Aster B) ok

ensuite il faut que j'integre la suite des tests que j'ai mis dans le programme, ce qui me permet de faire le calcul intergenique

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 #!/usr/local/bin/perl
 
my $P=1;
my $N=-1;
 
 
my %hash = ();# hash des strand
 
 
open (DESC2, "coco_cds");
while(<DESC2>){
	next if /^\#/;
	chomp;
 
	 my ($id,$strand,$coord)=(split/\t/)[1,3,-1];
	 my @cds=();
	 foreach my $exon (split/,/,$coord){
		my ($s,$e)=split(/\.\./,$exon);
		push @cds,($s..$e)
	}
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
		@cds=reverse(@cds);
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;# hash des strand pour coco
	my $count=0;
	for (my $i=0;$i<@cds;$i+=3){
		 $count++;
		$aa2geno{$id}{$count}=$cds[$i];# hash des genomes pour coco
 
	}
 
 
 
}
 
 
open (DESC3, "aster_cds");
while(<DESC3>){
	next if /^\#/;
	chomp;
 
	 my ($id,$strand,$coord)=(split/\t/)[1,3,-1];
	 my @cds=();
	 foreach my $exon (split/,/,$coord){
		my ($s,$e)=split(/\.\./,$exon);
		push @cds,($s..$e)
	}
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
		@cds=reverse(@cds);
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;# hash des strand pour aster
	my $count=0;
	for (my $i=0;$i<@cds;$i+=3){
		 $count++;
		$aa2geno{$id}{$count}=$cds[$i];# hash des genomes pour aster
 
	}
 
 
 
}
 
 
open my $fh, '<', 'gene.txt' or die;
 
while (<$fh>){
	chomp;
	 my ($A,$C,$a1,$a2,$c1,$c2,$B,$D,$b1,$b2,$d1,$d2)=split(/\t/);#split pour avoir les donnees
	#print $D,"\t",$d1,"\t",$d2,"\n" ;
	my ($geneA,$asterC,$geneB,$asterD) = map { /(\d+)$/ } (split/\t/)[0,1,6,7] ;#split par rapport aux chiffres pour pouvoir faire la comparaison
 
	#print "$A: start $gene{$A}->{start}, end $gene{$A}->{end}\n" ;
	my $SScocco = $hash{$A}*$hash{$B};
	my $SSaster = $hash{$C}*$hash{$D};#construction des strand
 
	#partie des tests que je n'arrive pas
	if ($SScocco>0 && ($SScocco==$SSaster)){
	if ($hash{$A}==1){
		my $cocco1= $a2;
		my $orthcocco1= $c2;
 
		}
	else{
		my $cocco1= $a1;
		my $orthcocco1= $c1;
		}
	if ($hash{$B}==1){
		my $cocco2= $b1;
		my $orthococco2 = $d1;
		}
	else{
		my $cocco2= $b2;
		my $orthococco2 = $d2;
		 $aa2geno{$B}{$cocco2};
		}
 
	}	
	elsif($SScocco>0 && ($SScocco==$SSaster)){
 
	if ($hash{$A}==1){
		my $cocco1= $a2;
		my $orthcocco1= $c2;
 
		}
	else{
		my $cocco1= $a1;
		my $orthcocco1= $c1;
		}
	if ($hash{$B}==1){
		my $cocco2= $b1;
		my $orthococco2 = $d1;
		}
	else{
		my $cocco2= $b2;
		my $orthococco2 = $d2;
		 $aa2geno{$B}{$cocco2};
		}
	}
 
 
 
 
 
	#print $aa2geno{$B}{$cocco2};
print join("\t",$A,$B,abs($aa2geno{$B}{$cocco2}-$aa2geno{$A}{$cocco1}+1),$C,$D,abs($aa2geno{$D}{$orthococco2}-$aa2geno{$C}{$$orthcocco}+1))."\n";
}

voci le fichier gene.txt:
une partie

Code :

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C169v2-03065	Aster-04711	13	127	50	165	C169v2-03066	Aster-04710	3	62	7	66
C169v2-02882	Aster-02471	10	312	5	307	C169v2-02883	Aster-02472	218	369	5	152			
C169v2-02880	Aster-02469	1	115	1	115	C169v2-02881	Aster-02470	23	406	14	397
C169v2-01286	Aster-00794	62	575	80	594	C169v2-01287	Aster-00793	4	213	11	221
C169v2-05054	Aster-06211	5	144	1	139	C169v2-05055	Aster-06212	32	356	68	384
C169v2-07517	Aster-03535	1	520	1	496	C169v2-07518	Aster-03536	50	618	3	575
C169v2-06080	Aster-03170	75	290	3	211	C169v2-06081	Aster-03169	49	610	2	562
C169v2-06088	Aster-03218	72	186	16	129	C169v2-06089	Aster-03219	1	98	1	98
C169v2-00366	Aster-01967	13	311	29	319	C169v2-00367	Aster-01968	60	523	10	474
C169v2-05830	Aster-01552	4	316	25	337	C169v2-05831	Aster-01553	17	176	16	179
C169v2-02608	Aster-00505	9	275	3	269	C169v2-02609	Aster-00506	1	329	1	329
C169v2-00604	Aster-01037	23	545	2	465	C169v2-00605	Aster-01038	88	160	1	73
C169v2-04030	Aster-04405	1	62	1	62	C169v2-04031	Aster-04406	2	87	18	103
C169v2-00446	Aster-03747	33	194	1	162	C169v2-00447	Aster-03748	610	631	227	248
C169v2-00994	Aster-02517	81	160	86	159	C169v2-00995	Aster-02518	36	362	22	368
C169v2-00194	Aster-06365	3	27	266	290	C169v2-00195	Aster-06364	61	455	1	399
C169v2-05018	Aster-04265	1	227	1	215	C169v2-05019	Aster-04264	12	336	24	352
C169v2-04634	Aster-06757	1	72	1	72	C169v2-04635	Aster-06756	8	158	11	185
C169v2-03360	Aster-02046	6	124	1	118	C169v2-03361	Aster-02047	8	196	6	194
C169v2-08190	Aster-03861	81	504	1	423	C169v2-08191	Aster-03860	76	191	1	116
C169v2-01108	Aster-01807	1	732	30	760	C169v2-01109	Aster-01808	322	350	251	279
C169v2-01455	Aster-02239	27	64	239	276	C169v2-01456	Aster-02240	1	208	6	212
C169v2-01102	Aster-01703	77	357	18	299	C169v2-01103	Aster-01702	1	361	5	364
C169v2-00276	Aster-02021	2	327	64	371	C169v2-00277	Aster-02022	8	114	22	130
C169v2-00270	Aster-02011	64	461	4	386	C169v2-00271	Aster-02010	1	1636	6	1649
C169v2-05222	Aster-02876	1	226	101	321	C169v2-05223	Aster-02875	6	346	3	343
C169v2-05226	Aster-02857	17	570	1	551	C169v2-05227	Aster-02856	31	400	92	462
C169v2-03774	Aster-00841	2	214	11	221	C169v2-03775	Aster-00842	16	525	9	511
C169v2-04170	Aster-06806	85	356	40	316	C169v2-04171	Aster-06805	124	629	7	498
C169v2-03195	Aster-01238	4	82	79	147	C169v2-03196	Aster-01237	1	301	13	389

[Jasmine80]

Bonjour,


Alors, tu t'en sors?

[shadow19c]

Bonjour , jai fini presque tout mon code sauf jai un probleme pour le minimun car en perl il nexiste pas de focntion min?

voci mon code

Code :

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 #!/usr/local/bin/perl
 
my $P=1;
my $N=-1;
 
 
my %hash = ();# hash des strand
 
 
open (DESC2, "coco_cds");
while(<DESC2>){
	next if /^\#/;
	chomp;
 
	 my ($id,$strand,$coord)=(split/\t/)[1,3,-1];
	 my @cds=();
	 foreach my $exon (split/,/,$coord){
		my ($s,$e)=split(/\.\./,$exon);
		push @cds,($s..$e)
	}
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
		@cds=reverse(@cds);
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;# hash des strand pour coco
	my $count=0;
	for (my $i=0;$i<@cds;$i+=3){
		 $count++;
		$aa2geno{$id}{$count}=$cds[$i];# hash des genomes pour coco
 
	}
 
 
 
}
 
 
open (DESC3, "aster_cds");
while(<DESC3>){
	next if /^\#/;
	chomp;
 
	 my ($id,$strand,$coord)=(split/\t/)[1,3,-1];
	 my @cds=();
	 foreach my $exon (split/,/,$coord){
		my ($s,$e)=split(/\.\./,$exon);
		push @cds,($s..$e)
	}
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
		@cds=reverse(@cds);
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;# hash des strand pour aster
	my $count=0;
	for (my $i=0;$i<@cds;$i+=3){
		 $count++;
		$aa2geno{$id}{$count}=$cds[$i];# hash des genomes pour aster
 
	}
 
 
 
}
 
 
open my $fh, '<', 'gene.txt' or die;
 
 
while (<$fh>){
	chomp;
	 my ($A,$C,$a1,$a2,$c1,$c2,$B,$D,$b1,$b2,$d1,$d2)=split(/\t/);#split pour avoir les donnees
	 my $cocco1;
	 my $cocco2;
	 my $orth1;
	 my $orth2;
 
	#print $D,"\t",$d1,"\t",$d2,"\n" ;
	my ($geneA,$asterC,$geneB,$asterD) = map { /(\d+)$/ } (split/\t/)[0,1,6,7] ;#split par rapport aux chiffres pour pouvoir faire la comparaison
 
	#print "$A: start $gene{$A}->{start}, end $gene{$A}->{end}\n" ;
	my $SScocco = $hash{$A}*$hash{$B};
	my $SSaster = $hash{$C}*$hash{$D};#construction des strand
 
	#debut des filtrages 
	if ($SScocco>0 && ($SScocco==$SSaster)){
		if ($hash{$A}==1 && $hash{$B}==1 ){
			 $cocco1=$a2;
			 $cocco2=$b1;
			 $orth1=$c2;
			 $orth2=$d1;
 
 
		}
		if  ($hash{$A}==-1 && $hash{$B}==-1 ){
			 $cocco1=$a1;
			 $cocco2=$b2;
			 $orth1=$c1;
			 $orth2=$d2;
 
		}
	}
	elsif($SScocco<1 && ($SScocco==$SSaster)){
 
		if ($hash{$A}==-1 && $hash{$B}==1){
			 $cocco1=$a1;
			 $cocco2=$b1;
			 $orth1=$c1;
			 $orth2=$d1;
		}
		if ($hash{$A}==1 && $hash{$B}==-1){
			 $cocco1=$a2;
			 $cocco2=$b2;
			 $orth1=$c2;
			 $orth2=$d2;
		}
	}
 
	print join("\t",$A,$B,abs($aa2geno{$B}{$cocco2}-$aa2geno{$A}{$cocco1}+1),$C,$D,abs($aa2geno{$D}{$orthococco2}-$aa2geno{$C}{$$orthcocco}+1))."\n";
 
}
 
 
 
 
 
 
 
	#print $aa2geno{$B}{$cocco2};
#print join("\t",$A,$B,abs($aa2geno{$B}{$cocco2}-$aa2geno{$A}{$cocco1}+1),$C,$D,abs($aa2geno{$D}{$orthococco2}-$aa2geno{$C}{$$orthcocco}+1))."\n";
 
 
 
__END__

[shadow19c]

Desole j'ai oublie ce que je voulais faire avec le min:
En fait dans le deuxieme test je voudrais faire un test en plus en disant que :
Strand de cocco 1 cest a dire hash{$A} ==Strand min( Aster A et Aster B)
en sachant que ( Aster A et Aster B) en fait cest $asterC et $asterD, car le minimum cest le chiffre de L'ID.

Merci

[Jasmine80]

coucou,

pour la fonction min()

Code :

1
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4
use List::Util qw[min max];
 
print min(1, 2, 3);
print max(1, 2, 3);

si non, tu peux regarder les valeurs une à une et vérifier à chaque fois quelle est la plus petit afin de trouver le minimum

[shadow19c]

Ok merci, en esperant que tout mon code soit bon car je dois le montrer a mon maitre de stage, enfin la bioinfo cest tout un art lol.

Merci en tout cas, je vais ouvrir un topic pour demander pour la bioinfo car la je suis en plein doute pour mon master 2 ( recherche ou pro ) en bioinfo.

[Jasmine80]

alors, si j'ai bien compris quand tu dis

Strand de cocco 1 cest a dire hash{$A} ==Strand min( Aster A et Aster B)
en sachant que ( Aster A et Aster B) en fait cest $asterC et $asterD, car le minimum cest le chiffre de L'ID.

Essaie quelque chose de ce genre :

Code :

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# Strand de cocco 1 cest a dire hash{$A} ==Strand min( Aster A et Aster B)
# en sachant que ( Aster A et Aster B) en fait cest $asterC et $asterD, car le minimum cest le chiffre de L'ID.
 
 
my %hash = ( k => 698, );
 
my ($asterC, $asterD) = ('ID_756', 'ID_698');
 
 
 
# recherche du numéro d'identifiant le plus petit
 
my ($n_D) = $asterD =~ m/(\d+$)/;
my ($n_C) = $asterC =~ m/(\d+$)/;
 
my $min;
 
if ($n_D < $n_C){
	$min = $n_D;
}
else {
	$min = $n_C;
}
 
 
# on vérifie que le num de l'ID est bien égal à 
if ($hash{'k'} == $min){
	print "OK\n";
}

[shadow19c]

En fait dans le hash il n y a que les strand.
Cest dans la partie deux de mon code:

Code :

1
2
 
my ($geneA,$asterC,$geneB,$asterD) = map { /(\d+)$/ } (split/\t/)[0,1,6,7] ;

car la jai les aster sous forme de chiffre:, je recupere ques les parties chiffrées,
donc je veux prendre le minimum pour regarder le plus petit des aster, mais je suis bloque car je dois quand meme garde le Id car ensuite je dois faire if ($hash{$A}==($min )

voici mon code

Code :

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 #!/usr/local/bin/perl
use List::Util qw[min max];
 
 
my $P=1;
my $N=-1;
 
 
my %hash = ();# hash des strand
 
 
open (DESC2, "coco_cds");
while(<DESC2>){
	next if /^\#/;
	chomp;
 
	 my ($id,$strand,$coord)=(split/\t/)[1,3,-1];
	 my @cds=();
	 foreach my $exon (split/,/,$coord){
		my ($s,$e)=split(/\.\./,$exon);
		push @cds,($s..$e)
	}
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
		@cds=reverse(@cds);
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;# hash des strand pour coco
	my $count=0;
	for (my $i=0;$i<@cds;$i+=3){
		 $count++;
		$aa2geno{$id}{$count}=$cds[$i];# hash des genomes pour coco
 
	}
 
 
 
}
 
 
open (DESC3, "aster_cds");
while(<DESC3>){
	next if /^\#/;
	chomp;
 
	 my ($id,$strand,$coord)=(split/\t/)[1,3,-1];
	 my @cds=();
	 foreach my $exon (split/,/,$coord){
		my ($s,$e)=split(/\.\./,$exon);
		push @cds,($s..$e)
	}
	if ($strand eq "-"){
		$strand=$N;
		@cds=reverse(@cds);
	}
	else{
		$strand=$P;
	}
	 $hash{$id}=$strand;# hash des strand pour aster
	my $count=0;
	for (my $i=0;$i<@cds;$i+=3){
		 $count++;
		$aa2geno{$id}{$count}=$cds[$i];# hash des genomes pour aster
 
	}
 
 
 
}
 
 
open my $fh, '<', 'gene.txt' or die;
 
 
while (<$fh>){
	chomp;
	 my ($A,$C,$a1,$a2,$c1,$c2,$B,$D,$b1,$b2,$d1,$d2)=split(/\t/);#split pour avoir les donnees
	 my $cocco1;
	 my $cocco2;
	 my $orth1;
	 my $orth2;
 
	#print $D,"\t",$d1,"\t",$d2,"\n" ;
	my ($geneA,$asterC,$geneB,$asterD) = map { /(\d+)$/ } (split/\t/)[0,1,6,7] ;#split par rapport aux chiffres pour pouvoir faire la comparaison
 
	#print "$A: start $gene{$A}->{start}, end $gene{$A}->{end}\n" ;
	my $SScocco = $hash{$A}*$hash{$B};
	my $SSaster = $hash{$C}*$hash{$D};#construction des strand
 
	#debut des filtrages 
	if ($SScocco>0 && ($SScocco==$SSaster)){
		if ($hash{$A}==1 && $hash{$B}==1 ){
			 $cocco1=$a2;
			 $cocco2=$b1;
			 $orth1=$c2;
			 $orth2=$d1;
 
 
		}
		if  ($hash{$A}==-1 && $hash{$B}==-1 ){
			 $cocco1=$a1;
			 $cocco2=$b2;
			 $orth1=$c1;
			 $orth2=$d2;
 
		}
	}
	elsif($SScocco<1 && ($SScocco==$SSaster)){
	 my $min=min($asterC,$asterD);
 
	 if ($hash{$A}==($min){ #!!!!!!!!!!cest ici que je bloque
		if ($hash{$A}==-1 && $hash{$B}==1){
			 $cocco1=$a1;
			 $cocco2=$b1;
			 $orth1=$c1;
			 $orth2=$d1;
		}
		if ($hash{$A}==1 && $hash{$B}==-1){
			 $cocco1=$a2;
			 $cocco2=$b2;
			 $orth1=$c2;
			 $orth2=$d2;
		}
	     }
	}
 
	#print join("\t",$A,$B,abs($aa2geno{$B}{$cocco2}-$aa2geno{$A}{$cocco1}+1),$C,$D,abs($aa2geno{$D}{$orthococco2}-$aa2geno{$C}{$$orthcocco}+1))."\n";
 
}

[Jasmine80]

Si tu as besoin des ID_chiffres et des chiffres seuls, tu peux créer 2 tableaux

[shadow19c]

Comment ca?

Je mets dans deux tableaux distincts.

merci

[shadow19c]

Bonjour, jai un souci
je dois a partir d'un fichier reciprocal , aller chercher les genes qui se suivent:
par couple:

Code :

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567
568
569
570
571
572
573
 
C169v2-04488	Aster-02037	
C169v2-04486	Aster-01953	
C169v2-04487	Aster-01955	
C169v2-04480	Aster-01952	
C169v2-04481	Aster-02044	
C169v2-03069	Aster-05875	
C169v2-03068	Aster-01970	
C169v2-03061	Aster-09631	
C169v2-03060	Aster-05848	
C169v2-03067	Aster-05871	
C169v2-03066	Aster-05821	
C169v2-03065	Aster-05822	
C169v2-03064	Aster-02229	
C169v2-03285	Aster-04817	
C169v2-03283	Aster-09580	
C169v2-03282	Aster-04854	
C169v2-03281	Aster-08098	
C169v2-03280	Aster-00683	
C169v2-03289	Aster-04366	
C169v2-03288	Aster-04853	
C169v2-07315	Aster-08200	
C169v2-07314	Aster-02529	
C169v2-07615	Aster-01715	
C169v2-02221	Aster-07576	
C169v2-02882	Aster-09328	
C169v2-02883	Aster-09329	
C169v2-02880	Aster-09326	
C169v2-02881	Aster-09327	
C169v2-02886	Aster-05256	
C169v2-01756	Aster-01973	
C169v2-01755	Aster-09492	
C169v2-01753	Aster-04906	
C169v2-01752	Aster-08130	
C169v2-07312	Aster-09080	
C169v2-01759	Aster-08117	
C169v2-01758	Aster-09060	
C169v2-09503	Aster-04029	
C169v2-03931	Aster-00704	
C169v2-03930	Aster-06862	
C169v2-03933	Aster-04202	
C169v2-09505	Aster-00556	
C169v2-03938	Aster-04180	
C169v2-02082	Aster-01121	
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C169v2-07262	Aster-00048	
C169v2-08866	Aster-01020	
C169v2-00622	Aster-06807	
C169v2-08864	Aster-01052	
C169v2-08865	Aster-01060	
C169v2-08862	Aster-04861	
C169v2-08863	Aster-01061	
C169v2-08860	Aster-09222	
C169v2-08737	Aster-04798	
C169v2-01037	Aster-01473	
C169v2-07658	Aster-01794	
C169v2-07659	Aster-01013	
C169v2-01035	Aster-06554	
C169v2-07517	Aster-06915	
C169v2-02036	Aster-08962	
C169v2-04134	Aster-04592	
C169v2-03979	Aster-04411	
C169v2-02742	Aster-00632	
C169v2-09542	Aster-02135	
C169v2-05507	Aster-07361	
C169v2-02745	Aster-08965	
C169v2-03972	Aster-05352	
C169v2-03974	Aster-04191	
C169v2-02032	Aster-00983	
C169v2-05407	Aster-07325	
C169v2-05505	Aster-07351	
C169v2-02747	Aster-04185	
C169v2-05950	Aster-05665	
C169v2-05501	Aster-07352	
C169v2-05954	Aster-00122	
C169v2-05400	Aster-09155	
C169v2-02598	Aster-04134	
C169v2-02595	Aster-06623	
C169v2-02596	Aster-02914	
C169v2-01719	Aster-06733	
C169v2-01718	Aster-08152	
C169v2-01711	Aster-06037	
C169v2-01715	Aster-08205	
C169v2-01714	Aster-02560	
C169v2-00444	Aster-05312	
C169v2-00445	Aster-05313	
C169v2-00446	Aster-06835	
C169v2-00447	Aster-06836	
C169v2-00442	Aster-04989	
C169v2-00992	Aster-07501	
C169v2-00990	Aster-05971	
C169v2-00448	Aster-02602	
C169v2-00449	Aster-06833	
C169v2-00994	Aster-07502	
C169v2-00995	Aster-07503	
C169v2-02628	Aster-00557	
C169v2-02629	Aster-04122	
C169v2-08632	Aster-06661	
C169v2-08630	Aster-06690	
C169v2-02622	Aster-00784	
C169v2-02623	Aster-04160	
C169v2-02620	Aster-09071	
C169v2-02626	Aster-04109	
C169v2-02627	Aster-00722	
C169v2-02625	Aster-04158	
C169v2-01825	Aster-06608	
C169v2-01824	Aster-05969	
C169v2-01827	Aster-01126	
C169v2-01826	Aster-02957	
C169v2-01821	Aster-00236	
C169v2-01820	Aster-05142	
C169v2-01823	Aster-08305	
C169v2-01829	Aster-01187	
C169v2-01828	Aster-09466	
C169v2-06299	Aster-03604	
C169v2-06298	Aster-03592	
C169v2-00661	Aster-06849	
C169v2-00190	Aster-03053	
C169v2-00191	Aster-09284	
C169v2-00665	Aster-06841	
C169v2-00194	Aster-03056	
C169v2-00195	Aster-03055	
C169v2-00199	Aster-03049	
C169v2-05018	Aster-04700	
C169v2-05019	Aster-04699	
C169v2-05011	Aster-04706	
C169v2-05013	Aster-02228	
C169v2-05014	Aster-04712	
C169v2-05015	Aster-04704	
C169v1-03688	Aster-02390	
C169v2-09358	Aster-08385	
C169v2-09351	Aster-03711	
C169v2-04639	Aster-01959	
C169v2-04633	Aster-05641	
C169v2-04632	Aster-02013	
C169v2-04631	Aster-02051	
C169v2-04630	Aster-02012	
C169v2-04636	Aster-01962	
C169v2-04635	Aster-01993	
C169v2-04634	Aster-01994	
C169v2-05908	Aster-05231	
C169v2-05909	Aster-05228	
C169v2-05901	Aster-02566	
C169v2-05907	Aster-05229	
C169v2-05904	Aster-05783	
C169v2-05905	Aster-07703	
C169v2-06909	Aster-09149	
C169v2-06908	Aster-00619	
C169v2-06907	Aster-01249	
C169v2-06905	Aster-01251	
C169v2-06904	Aster-03368	
C169v2-06903	Aster-07890	
C169v2-06901	Aster-03371	
C169v2-03364	Aster-01400	
C169v2-03366	Aster-02494	
C169v2-03367	Aster-02308	
C169v2-03360	Aster-01204	
C169v2-03361	Aster-01207	
C169v2-08192	Aster-06993	
C169v2-08193	Aster-05490	
C169v2-08190	Aster-09000	
C169v2-08191	Aster-08999	
C169v2-03368	Aster-02314	
C169v2-08194	Aster-06597	
C169v2-08195	Aster-05493	
C169v2-02365	Aster-04053	
C169v2-02363	Aster-04072	
C169v2-02361	Aster-04152	
C169v2-02360	Aster-04440	
C169v2-02369	Aster-04103	
C169v2-06843	Aster-03439	
C169v2-06841	Aster-02077	
C169v2-06846	Aster-09499	
C169v2-06844	Aster-03435	
C169v2-06845	Aster-09468	
C169v2-06848	Aster-08132	
C169v2-06849	Aster-09502	
C169v2-03500	Aster-02524	
C169v2-03503	Aster-08963	
C169v2-03504	Aster-02326	
C169v2-03505	Aster-02321	
C169v2-03506	Aster-07385	
C169v2-03507	Aster-02325	
C169v2-03508	Aster-07118	
C169v2-08998	Aster-01577	
C169v2-08999	Aster-01637	
C169v2-02102	Aster-06427	
C169v2-02101	Aster-07076	
C169v2-07460	Aster-04653	
C169v2-07467	Aster-00497	
C169v2-07469	Aster-01365	
C169v2-07468	Aster-04751	
C169v2-06599	Aster-08484	
C169v2-05652	Aster-06414	
C169v2-06593	Aster-09292	
C169v2-06596	Aster-01062	
C169v2-08170	Aster-05496	
C169v2-09487	Aster-09690	
C169v2-09485	Aster-06744	
C169v2-06338	Aster-00258	
C169v2-01108	Aster-04976	
C169v2-06335	Aster-03033	
C169v2-06337	Aster-00163	
C169v2-06330	Aster-07782	
C169v2-06331	Aster-00203	
C169v2-06332	Aster-07405	
C169v2-01101	Aster-07102	
C169v2-02316	Aster-04076	
C169v2-00859	Aster-02150	
C169v2-02317	Aster-04086	
C169v2-00857	Aster-02236	
C169v2-02314	Aster-04074	
C169v2-00855	Aster-07986	
C169v2-02312	Aster-01732	
C169v2-02313	Aster-04869	
C169v2-07880	Aster-04223	
C169v2-07883	Aster-06468	
C169v2-02310	Aster-04058	
C169v2-07887	Aster-09043	
C169v2-07886	Aster-06442	
C169v2-07889	Aster-09041	
C169v2-07888	Aster-07822

par exemple C169v2-03066 Aster-05821
C169v2-03065 Aster-05822

ceci est bon

voci mon code:

Code :

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
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15
16
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19
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27
28
29
30
31
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38
39
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48
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53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
 
#!/usr/local/bin/perl
 
 
my %hash = ();
my %hash2 = ();
 
 
 
open my $fh, '<', 'RBH.txt' or die;
 
# liste des positions du gène C
my @C_array;
 
# liste des positions du gène Aster
my @Aster_array;
 
while ( my $l = <$fh>){
 
 
	if ($l =~ m/C169v2-(\d+)\tAster-(\d+)/){
		push (@C_array, $1);
		push (@Aster_array, $2);
 
 
 
	}
}
 
 
 
 
for (my $i =0; $i<$#C_array; $i++){
 
	# on prend les gènes C deux par deux (j'ai gardé ta nomination A et B))
 
	my $A = $C_array[$i];
 
	my $B = $C_array[$i+1];
 
	my $C = $Aster_array[$i];
 
	my $D = $Aster_array[$i+1];
 
while ( my $l = <$fh>){
	chomp;
	 my ($cv,$ast)=split(/\t/,$l);	
	# on vérifie que la différence
	# soit au plus de 1
 }
	if ((abs ($A - $B) == 1) &&(abs($C-$D)==1)){
 		if ($A>$B){
			print "C169v2-".$B."\t"."Aster-".$D."\t". "C169v2-".$A."\t"."Aster-".$C."\n";
 
 
		}
		else{
			print "C169v2-".$A."\t"."Aster-".$C."\t". "C169v2-".$B."\t"."Aster-".$D."\n";
 
		}
    }
 
}

Je voulais mettre d'entree en piece jointe mais ca ne marche pas, le souci cest que je pense que mon code est bon mais il y a quelqun qui a touver plus que moi en sortie donc je pense qu'il ya une erreur??

Merci

[Jasmine80]

Envoyé par shadow19c

Je voulais mettre d'entree en piece jointe mais ca ne marche pas, le souci cest que je pense que mon code est bon mais il y a quelqun qui a touver plus que moi en sortie donc je pense qu'il ya une erreur??

Merci

Que veux-tu dire par 'une pièce jointe' ? QQun a trouvé plus que toi...d'association C169v-Aster?

[shadow19c]

Bonjour,
oui il trouve plus de couples, en fait je pense qu'il faut mettre dans un hash ensuite verfier un par un si les couples CV-*** ASter-*** CV-*** Aster-*** se suivent.
Car de cette maniere (ancienne version), on se base directement de la mise en page du fichier.
Car je m'apercois, qu'il oubli des couples car il sont eloignes dans le fichier.
exemple:
si j'ai CV-125 Aster-002
CV-124 Aster-001
CV-148Aster-412
CV-123 Aster-000

Il oubli le CV-123 Aster-000
CV-124 Aster-001





merci

PS: J'ai mis une partie du fichier car il est trop lourd.