Tests corrigé de Benjamini Hochberg [Résolu]

[joyeux_lapin13]

Bonjour, je cherche à effectuer la correction de BH sur les tests de Welch et Wilcoxon.

J'ai vue sur le support SAS que l'on pouvait appliquer cette correction sur le test des moyennes (quid du nom?) via la proc MULTTEST mais je ne retrouve pas la même p-valeur qu'avec R. De plus je ne trouve pas cette possibilité pour Wilcoxon.

Je voulais donc demander si vous saviez comment faire ou bien si vous connaissez un site proposant en macro ces tests, voir un site proposant en macro plusieurs tests tout court que je puisse visiter dans l'espoir de les y trouver.

Merci d'avance.

[Manoutz]

apparemment le calcul du fasle discovery rate a l'air assez simple a développer sous sas

http://courses.ttu.edu/isqs6348-west...olmBenHoch.htm

Dans quelle proportion tes résultats sous R diffèrent avec ceux de SAS? Question toute bête, as tu contôlé que tu codes exactement la même chose sous les deux logiciels?

[joyeux_lapin13]

Salut Manoutz, merci pour ta réponse!

En fait j'utilise le programme R de ma boîte et j'essaie de faire la même chose sous SAS. Donc le script sous R est 'ok' mais celui sous SAS me donne un résultat trop différent (ex: p-valeur de 0.003 avec R contre une de 0.0007 avec SAS pour ce fameux test).

Aprés pour ce qui est de contrôler malheureusement c'est ce que j'aimerais faire mais c'est pas évident de faire correspondre la doc sous ces deux logiciels...

[joyeux_lapin13]

Ok, autant pour moi, je m'étais planté dans ma syntaxe... à vue d'oeil le test semble avoir le même effet entre les p-valeurs ajustés qu'elles calculent et leur version brute... la seule chose qu'il me faut résoudre c'est l'option Welch et Wilcoxon pour cette procédure, 'means' faisant un test qui n'est pas celui de Welch malheureusement...

[Manoutz]

Que cherches tu à faire? Le test de Welch est utilisé pour comparer des moyennes de K distributions normales en cas d'hétéroscedasticité (me semble-t-il)

[joyeux_lapin13]

Bonjour Manoutz, en fait je pensais que la correction de BH se fait en fonction du test et par ton lien j'ai compris que ça n'avait rien à avoir, c'est un algorithme à part qui prend une liste de p-valeur et les corrige.

Si tu veux j'ai fait l'amalgame par rapport au fait que le test que j'utilise sous R se nomme pWilcoxonAdj et pWelchAdj, mais en fait c'est le nom que le prog R renvoi pour dire qu'il a corrigé les p-valeur de Wilcoxon et de Welch.

Bref je pense que la PROC MULTEST ne permet pas de faire les tests de Wilcoxon et de Welch mais permet d'appliquer la correction de BH. Aussi j'aurais aimé savoir (dés foi que quelqu'un connaisse bien cette procédure) si c'est possible d'entrer directement une table contenant les p-valeurs et appliquer la procédure pour les corriger.

Aprés mon but, vis à vis de ma boîte, c'est avant tout de profiter des procédures de SAS pour les mettre en valeur devant mon unité de recherche... mais bon si je dois faire une macro ben soit, mais si je peux gagner du temps ça m'arrange.

Encore merci Manoutz de t'interresser à mon topic.

[Manoutz]

Aussi j'aurais aimé savoir (dés foi que quelqu'un connaisse bien cette procédure) si c'est possible d'entrer directement une table contenant les p-valeurs et appliquer la procédure pour les corriger.

Ce n'est pas ce qui est fait dans le lien que je t'ai fourni? Que cherches tu à montrer quand tu utilises les test de Wilcoxon et Welch?

[joyeux_lapin13]

Euh... faut que je regarde le code SAS de ton lien! sinon je cherche juste à faire sous SAS ce que le code R que mon unité utilise fait, à savoir le test de Welch et Wilcoxon brute et une correction par BH de leurs p-valeurs respectives.

[Manoutz]

T'as de la doc la dessus?

[joyeux_lapin13]

Autant pour moi!

Code :

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9
 
DATA pvalues;
   input raw_p @@;
cards;
.012 .033 .212 .9 .98 .001 .999 .0003 .00001
;
proc multtest pdata= pvalues holm fdr;
run;
Output:

Bah oui! en effet ce code fait exactement ce que je veux!

MERCI Manoutz!